80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0603 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0603  response regulator receiver protein  100 
 
 		 183 aa  380  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4770  response regulator receiver protein  43.81 
 
 		 161 aa  88.2  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000679 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0504  response regulator receiver protein  39.81 
 
 		 139 aa  68.2  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2062  response regulator receiver protein  33.65 
 
 		 489 aa  52.4  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.276214 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.21 
 
 		 228 aa  52  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3848  response regulator receiver protein  39.53 
 
 		 107 aa  52  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  31.76 
 
 		 237 aa  51.2  0.000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  29.84 
 
 		 248 aa  49.7  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.61 
 
 		 250 aa  49.7  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2603  response regulator receiver protein  38.71 
 
 		 141 aa  50.1  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0555217 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0191  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.51 
 
 		 234 aa  49.3  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.20678  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3377  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.32 
 
 		 319 aa  49.3  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  29.79 
 
 		 244 aa  48.9  0.00004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2822  response regulator receiver domain-containing protein  30 
 
 		 304 aa  48.9  0.00004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.135551  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  30.3 
 
 		 253 aa  48.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.26 
 
 		 244 aa  48.1  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1287  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 242 aa  47.8  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.692184 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2221  response regulator receiver protein  28 
 
 		 309 aa  46.6  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.728261 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  32.84 
 
 		 268 aa  47  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.46 
 
 		 248 aa  46.6  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0904  LytTR family two component transcriptional regulator  23.93 
 
 		 243 aa  46.6  0.0002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0503  response regulator receiver protein  29.46 
 
 		 143 aa  46.2  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3118  LytTR family two component transcriptional regulator  30.86 
 
 		 236 aa  46.6  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00259319  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2142  CO metabolism transcriptional regulator RcoM  26.67 
 
 		 267 aa  45.8  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0995058 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  30.12 
 
 		 231 aa  46.2  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01905  response regulator  34.94 
 
 		 243 aa  46.2  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0028  CO metabolism transcriptional regulator RcoM2  27.83 
 
 		 267 aa  45.4  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.28119 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3104  response regulator receiver protein  30 
 
 		 272 aa  45.1  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.49 
 
 		 258 aa  44.7  0.0007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.59 
 
 		 260 aa  44.7  0.0007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0114  LytTR family two component transcriptional regulator  35.38 
 
 		 226 aa  44.7  0.0007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.310837  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0765  LytR/AlgR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 247 aa  44.7  0.0007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.584976  normal  0.255142 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  29.89 
 
 		 275 aa  44.7  0.0008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2784  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.3 
 
 		 358 aa  44.7  0.0008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4004  response regulator receiver domain-containing protein  23.91 
 
 		 269 aa  44.7  0.0008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.174802  normal  0.249031 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.07 
 
 		 250 aa  44.3  0.0009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.88 
 
 		 236 aa  43.9  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3167  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.62 
 
 		 285 aa  44.3  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616861  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2951  LytTr DNA-binding region  26.73 
 
 		 283 aa  43.9  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.757299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.8 
 
 		 254 aa  43.9  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  35 
 
 		 238 aa  43.1  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2766  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 241 aa  43.1  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  29.13 
 
 		 264 aa  43.5  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3896  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.89 
 
 		 245 aa  43.5  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.73 
 
 		 238 aa  43.1  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3172  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.27 
 
 		 258 aa  43.5  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00901875  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5410  putative response regulator  31.65 
 
 		 238 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0150801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5541  putative response regulator  31.65 
 
 		 238 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0307727  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1822  response regulator receiver protein  25 
 
 		 300 aa  43.1  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.332263  normal  0.137599 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  28.97 
 
 		 250 aa  43.1  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3622  response regulator receiver protein  27.17 
 
 		 301 aa  42.4  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  44.64 
 
 		 251 aa  42.7  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  28.47 
 
 		 241 aa  42.7  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5546  response regulator, putative  31.65 
 
 		 238 aa  42  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.183398  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5211  LytTR family two component transcriptional regulator  30.99 
 
 		 238 aa  42.4  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.546332  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0033  DNA-binding response regulator  25 
 
 		 239 aa  42.4  0.004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00150761  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5270  response regulator  31.65 
 
 		 238 aa  42  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.246846  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5097  response regulator  31.65 
 
 		 238 aa  42.4  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.047582  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5114  response regulator  31.65 
 
 		 238 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.603206  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5667  response regulator  31.65 
 
 		 238 aa  42  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000414392  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  34.15 
 
 		 233 aa  42.4  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5597  putative response regulator  31.65 
 
 		 238 aa  42  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0176672  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5512  putative response regulator  31.65 
 
 		 238 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.18 
 
 		 281 aa  42.4  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  27.83 
 
 		 254 aa  42  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  25.93 
 
 		 249 aa  42  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.25 
 
 		 257 aa  42  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0116  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.42 
 
 		 233 aa  41.6  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0975218 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.63 
 
 		 248 aa  41.6  0.006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2482  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.36 
 
 		 288 aa  41.6  0.006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.162526 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6429  response regulator receiver protein  28.1 
 
 		 553 aa  41.6  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.17 
 
 		 268 aa  41.6  0.007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  28.95 
 
 		 229 aa  41.6  0.007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  32.1 
 
 		 276 aa  41.6  0.007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  30.43 
 
 		 276 aa  41.2  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.91 
 
 		 235 aa  41.2  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0583  response regulator  33.8 
 
 		 236 aa  41.2  0.008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0428  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.61 
 
 		 237 aa  41.2  0.009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.472628  hitchhiker  0.000034032 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.67 
 
 		 244 aa  41.2  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.27 
 
 		 232 aa  40.8  0.01  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>