More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2556 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  67.57 
 
 		 518 aa  712    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  66.6 
 
 		 518 aa  706    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  70.66 
 
 		 518 aa  758    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  71.62 
 
 		 518 aa  766    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  71.24 
 
 		 518 aa  761    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  68.34 
 
 		 518 aa  733    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  71.43 
 
 		 518 aa  763    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  71.62 
 
 		 518 aa  765    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  68.04 
 
 		 514 aa  711    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 518 aa  1047    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  71.04 
 
 		 518 aa  762    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  71.04 
 
 		 518 aa  762    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  71.62 
 
 		 518 aa  765    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  70.85 
 
 		 518 aa  759    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  77.41 
 
 		 530 aa  835    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  62.28 
 
 		 518 aa  652    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  28.65 
 
 		 536 aa  218  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  30.77 
 
 		 518 aa  208  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  28.11 
 
 		 520 aa  198  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  34.64 
 
 		 614 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  27.98 
 
 		 521 aa  193  8e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  28.28 
 
 		 518 aa  186  7e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 461 aa  185  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  33.24 
 
 		 696 aa  183  6e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 645 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 642 aa  181  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 451 aa  180  4.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  35.48 
 
 		 668 aa  179  8e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  35.84 
 
 		 671 aa  179  8e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  29.75 
 
 		 645 aa  176  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  34.9 
 
 		 690 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  28.02 
 
 		 565 aa  172  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  28.54 
 
 		 524 aa  171  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 653 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  34.56 
 
 		 677 aa  169  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 460 aa  157  5.0000000000000005e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  28.22 
 
 		 516 aa  152  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  27.93 
 
 		 516 aa  148  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  34.02 
 
 		 464 aa  141  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  26.39 
 
 		 508 aa  139  7.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 631 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  28.76 
 
 		 559 aa  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  42.68 
 
 		 474 aa  137  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 378 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 521 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 461 aa  135  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 622 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  38.5 
 
 		 355 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  39.36 
 
 		 388 aa  134  6e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.07 
 
 		 791 aa  133  7.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 388 aa  133  9e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 427 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  39.77 
 
 		 457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 555 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  38.08 
 
 		 610 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.94 
 
 		 438 aa  132  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.04 
 
 		 772 aa  131  3e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 625 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 483 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 308 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 308 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 625 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 625 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  40.61 
 
 		 391 aa  130  6e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 316 aa  130  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 630 aa  130  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 309 aa  130  8.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  40.36 
 
 		 722 aa  129  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0457  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 472 aa  129  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100839  normal  0.562676 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 372 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 599 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  41.28 
 
 		 392 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 901 aa  129  1.0000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3509  diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 384 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.604082  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 304 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.25 
 
 		 820 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 459 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  37.72 
 
 		 424 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 621 aa  127  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 346 aa  127  3e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  42.59 
 
 		 325 aa  128  3e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3638  diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 378 aa  128  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.882001  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0843  diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 384 aa  127  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1589  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 538 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 355 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  39.24 
 
 		 325 aa  127  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.95 
 
 		 348 aa  127  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  38.99 
 
 		 308 aa  127  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.95 
 
 		 348 aa  127  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 624 aa  127  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 628 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 414 aa  127  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  33.19 
 
 		 355 aa  127  6e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  37.77 
 
 		 1726 aa  127  7e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0076  GGDEF domain-containing protein  40.88 
 
 		 524 aa  127  7e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.790276  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 481 aa  126  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  36.46 
 
 		 316 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  42.14 
 
 		 625 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 320 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 614 aa  125  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>