More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5658 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  100 
 
 		 395 aa  798    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4831  diguanylate cyclase  33.69 
 
 		 392 aa  206  5e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2408  diguanylate cyclase  35.32 
 
 		 427 aa  196  5.000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0116  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 382 aa  187  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378777  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 393 aa  164  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1296  diguanylate cyclase  30.67 
 
 		 389 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 202 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 398 aa  137  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 410 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  34.54 
 
 		 363 aa  132  7.999999999999999e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0946  GGDEF domain-containing protein  30.73 
 
 		 369 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.647748  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1004  GGDEF domain-containing protein  30.73 
 
 		 369 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.662201  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 493 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  42.2 
 
 		 493 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  41.79 
 
 		 401 aa  130  5.0000000000000004e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  42.78 
 
 		 400 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 385 aa  127  3e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  34.64 
 
 		 385 aa  126  5e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 493 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 351 aa  126  8.000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 401 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2725  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 368 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 381 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0794  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 394 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 312 aa  124  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  44.03 
 
 		 308 aa  124  4e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 381 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 623 aa  123  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 628 aa  123  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  41.38 
 
 		 355 aa  123  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  40.11 
 
 		 792 aa  122  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 495 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 659 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  41.51 
 
 		 836 aa  122  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 556 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.55 
 
 		 841 aa  122  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 587 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1938  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 391 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 385 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2219  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 413 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.568447  normal  0.728186 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2282  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 325 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4568  hypothetical protein  38.75 
 
 		 325 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 385 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 385 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5582  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 241 aa  121  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.503288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 456 aa  120  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 386 aa  120  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  38.79 
 
 		 456 aa  120  3.9999999999999996e-26  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 659 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3823  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 690 aa  120  6e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 307 aa  119  6e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  36.97 
 
 		 381 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  36.97 
 
 		 381 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2240  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 388 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0930  diguanylate cyclase  40 
 
 		 390 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  40 
 
 		 263 aa  119  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  34.6 
 
 		 574 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  35.14 
 
 		 372 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  40.7 
 
 		 454 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  40.7 
 
 		 454 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  43.87 
 
 		 512 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2009  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 482 aa  118  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  40.7 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  40.7 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.62 
 
 		 730 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 502 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.76 
 
 		 512 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 1037 aa  117  1.9999999999999998e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 352 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  31.54 
 
 		 409 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 680 aa  118  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 477 aa  118  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 312 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  40.7 
 
 		 466 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 349 aa  117  3e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 487 aa  117  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  40.66 
 
 		 377 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  41.72 
 
 		 411 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 390 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3128  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 241 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 471 aa  117  3.9999999999999997e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 357 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3663  GGDEF domain-containing protein  38.18 
 
 		 433 aa  117  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.241866 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 355 aa  116  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  41.76 
 
 		 634 aa  117  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 357 aa  116  5e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 365 aa  116  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2066  diguanylate cyclase  38.18 
 
 		 419 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.484782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 397 aa  116  6e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  39.74 
 
 		 364 aa  116  6.9999999999999995e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2044  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 325 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.82426  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.18 
 
 		 312 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  40 
 
 		 753 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1910  GGDEF family protein  31.42 
 
 		 413 aa  116  6.9999999999999995e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.382207  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 611 aa  116  7.999999999999999e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 578 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>