More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5031 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5031  diguanylate cyclase  100 
 
 		 532 aa  1038    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  41.33 
 
 		 516 aa  352  1e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 507 aa  345  1e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 507 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  36.95 
 
 		 520 aa  318  2e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  34.65 
 
 		 517 aa  300  3e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 614 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  37.1 
 
 		 585 aa  209  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  30.62 
 
 		 448 aa  200  6e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  30.62 
 
 		 448 aa  200  6e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03378  Putative signal protein with GGDEF domain  37.94 
 
 		 510 aa  184  4.0000000000000006e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  28.7 
 
 		 521 aa  171  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1589  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 538 aa  160  4e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 512 aa  159  9e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 599 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  27.17 
 
 		 568 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32350  diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  42.19 
 
 		 628 aa  116  1.0000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.32989 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  34.39 
 
 		 334 aa  115  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  28.12 
 
 		 548 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 476 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  34.56 
 
 		 671 aa  115  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  34.56 
 
 		 668 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  28.76 
 
 		 636 aa  114  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  31.71 
 
 		 696 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 381 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  36.61 
 
 		 381 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.36 
 
 		 332 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  27.43 
 
 		 565 aa  111  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  35.79 
 
 		 361 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2173  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 416 aa  111  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.355193 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  32.07 
 
 		 1073 aa  110  6e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 459 aa  110  6e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.39 
 
 		 332 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 378 aa  110  7.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 362 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1806  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 291 aa  109  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.851232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  35.54 
 
 		 411 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.32 
 
 		 407 aa  108  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 291 aa  108  3e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.81 
 
 		 315 aa  108  4e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 569 aa  107  5e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0712  diguanylate cyclase  22.95 
 
 		 523 aa  107  6e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 583 aa  107  7e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3966  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.29 
 
 		 332 aa  107  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756589  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 355 aa  107  8e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 733 aa  106  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  36.56 
 
 		 634 aa  105  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 405 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1003  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.29 
 
 		 538 aa  105  2e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 492 aa  105  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  27.78 
 
 		 345 aa  105  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 559 aa  105  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 470 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 608 aa  105  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.33 
 
 		 550 aa  105  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 440 aa  105  2e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 464 aa  105  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  34.4 
 
 		 387 aa  104  3e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 471 aa  104  3e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.79 
 
 		 424 aa  105  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 461 aa  105  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 459 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 559 aa  104  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  30.65 
 
 		 690 aa  104  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2220  GGDEF  39.77 
 
 		 226 aa  104  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.244171 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 559 aa  104  4e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 620 aa  104  5e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  33.98 
 
 		 615 aa  104  5e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  38.41 
 
 		 307 aa  104  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  32.71 
 
 		 614 aa  103  6e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 775 aa  103  6e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 563 aa  103  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 322 aa  103  7e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02658  GGDEF domain protein  33.53 
 
 		 366 aa  103  8e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  38.41 
 
 		 306 aa  103  8e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.44 
 
 		 772 aa  103  8e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 512 aa  103  9e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  29.55 
 
 		 353 aa  102  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 355 aa  103  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  37.36 
 
 		 382 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.11 
 
 		 438 aa  102  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  34.9 
 
 		 642 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.96 
 
 		 505 aa  102  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.72 
 
 		 1078 aa  102  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.06 
 
 		 572 aa  102  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  37.84 
 
 		 721 aa  101  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 312 aa  101  3e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  28.86 
 
 		 298 aa  102  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.78 
 
 		 686 aa  101  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  34.43 
 
 		 312 aa  101  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  36.07 
 
 		 977 aa  100  4e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  32.53 
 
 		 722 aa  101  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.13 
 
 		 557 aa  101  4e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4238  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.21 
 
 		 348 aa  101  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 381 aa  101  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4126  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.21 
 
 		 348 aa  101  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.859123  normal  0.0985842 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01448  predicted diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 347 aa  100  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 645 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  32.92 
 
 		 485 aa  100  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01461  hypothetical protein  32.46 
 
 		 347 aa  100  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>