More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2220 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_2220  GGDEF  100 
 
 		 226 aa  450  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.244171 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  42.77 
 
 		 585 aa  130  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  45.25 
 
 		 512 aa  119  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 614 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  41.33 
 
 		 587 aa  115  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  40 
 
 		 569 aa  115  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 1004 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 448 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 448 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03378  Putative signal protein with GGDEF domain  42.53 
 
 		 510 aa  113  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0905  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0585872 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 507 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 520 aa  112  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 281 aa  112  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  39.67 
 
 		 568 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 		 464 aa  110  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 507 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 599 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1589  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 538 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 382 aa  109  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 381 aa  109  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 342 aa  109  4.0000000000000004e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 521 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 349 aa  107  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 382 aa  107  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 459 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 620 aa  107  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.2 
 
 		 574 aa  107  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 416 aa  106  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 516 aa  106  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 316 aa  106  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 411 aa  105  4e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3858  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 362 aa  105  5e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.870189  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 390 aa  105  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 417 aa  105  5e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 417 aa  105  6e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 354 aa  105  7e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 345 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 490 aa  105  8e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1036  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 363 aa  105  8e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.19224 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1163  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 363 aa  104  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 381 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 653 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3663  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 362 aa  103  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.622797  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  31.22 
 
 		 347 aa  103  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 312 aa  103  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  36.31 
 
 		 425 aa  102  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 636 aa  102  4e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2687  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 316 aa  102  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563731 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 674 aa  102  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1356  diguanylate cyclase  37 
 
 		 380 aa  102  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.299965 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 490 aa  102  6e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 381 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 490 aa  102  7e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0094  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.41 
 
 		 602 aa  101  8e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.666294  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 517 aa  101  9e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 351 aa  101  9e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 491 aa  101  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  36.53 
 
 		 321 aa  100  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0541  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 285 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.750858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  41.77 
 
 		 312 aa  101  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 583 aa  100  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 492 aa  100  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001391  GGDEF domain protein  35.54 
 
 		 327 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00410317  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0356  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.82 
 
 		 667 aa  100  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.589026  normal  0.448313 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.12 
 
 		 572 aa  100  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 354 aa  100  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 261 aa  100  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4358  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.57 
 
 		 868 aa  99.8  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0223815  normal  0.0668738 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  36.93 
 
 		 451 aa  99.8  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 733 aa  99.8  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 563 aa  99.8  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0408  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.77 
 
 		 809 aa  99.8  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03814  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 142 aa  100  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  32.79 
 
 		 322 aa  99.4  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 350 aa  99.4  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2345  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.09 
 
 		 346 aa  99.4  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.184389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0290  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 409 aa  99.4  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2790  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.04 
 
 		 296 aa  99.4  4e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.301061  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.07 
 
 		 625 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 625 aa  99.4  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0735  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.04 
 
 		 347 aa  99.4  4e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 508 aa  99  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 625 aa  99.4  5e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 318 aa  99  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 426 aa  99  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3603  diguanylate cyclase  38.06 
 
 		 381 aa  99  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.943579  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 387 aa  99.4  5e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  35.59 
 
 		 297 aa  99  6e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  36.46 
 
 		 418 aa  98.6  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 360 aa  99  6e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 460 aa  98.6  6e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 202 aa  99  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  37.68 
 
 		 559 aa  98.6  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 324 aa  98.2  8e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 324 aa  98.2  8e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 324 aa  98.2  8e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1270  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 318 aa  98.2  9e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.57 
 
 		 578 aa  98.2  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1733  diguanylate cyclase  33.87 
 
 		 568 aa  97.8  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0602531  normal  0.409385 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>