More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acel_1559 on replicon NC_008578
Organism: Acidothermus cellulolyticus 11B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
176 aa  341  2.9999999999999997e-93  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  58.08 
 
 
172 aa  174  6e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  52.66 
 
 
171 aa  160  8.000000000000001e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  48.24 
 
 
187 aa  160  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  53.25 
 
 
170 aa  158  4e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  50.89 
 
 
170 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  48.81 
 
 
171 aa  150  8.999999999999999e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  50 
 
 
174 aa  149  3e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  44.69 
 
 
180 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  47.02 
 
 
172 aa  144  7.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  43.58 
 
 
180 aa  143  1e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  45.93 
 
 
173 aa  142  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  45.98 
 
 
179 aa  141  6e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  49.4 
 
 
167 aa  141  6e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  43.79 
 
 
169 aa  137  7.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  45.29 
 
 
173 aa  134  5e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  43.53 
 
 
172 aa  132  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  44.12 
 
 
173 aa  131  6e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  44.12 
 
 
173 aa  131  6e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  44.12 
 
 
173 aa  131  6e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  47.13 
 
 
184 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  44.31 
 
 
181 aa  128  5.0000000000000004e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  46.84 
 
 
177 aa  125  4.0000000000000003e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  42.61 
 
 
176 aa  120  8e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  46.3 
 
 
174 aa  120  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 
225 aa  119  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  41.28 
 
 
194 aa  111  4.0000000000000004e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  43.79 
 
 
172 aa  112  4.0000000000000004e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  42.93 
 
 
200 aa  111  5e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  40.48 
 
 
184 aa  103  1e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  38.46 
 
 
197 aa  102  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  43.29 
 
 
188 aa  102  3e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  36.2 
 
 
168 aa  101  4e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  36.63 
 
 
181 aa  101  5e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  40.46 
 
 
182 aa  97.8  7e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  35.33 
 
 
204 aa  96.7  1e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0540  16S rRNA processing protein RimM  32.73 
 
 
166 aa  96.7  2e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000769846  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  41.82 
 
 
182 aa  95.5  3e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  41.32 
 
 
214 aa  94.4  8e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  34.32 
 
 
191 aa  93.6  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  32.12 
 
 
166 aa  93.2  2e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  35.12 
 
 
172 aa  92.4  3e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  39.05 
 
 
210 aa  90.1  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  31.52 
 
 
167 aa  89.7  2e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  32.54 
 
 
167 aa  89.7  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  32.54 
 
 
167 aa  89.7  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  35.23 
 
 
176 aa  87.8  7e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  35.58 
 
 
204 aa  87  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  34.83 
 
 
178 aa  86.7  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  35.06 
 
 
176 aa  85.9  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  35.15 
 
 
173 aa  86.7  2e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  37.58 
 
 
223 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  29.52 
 
 
169 aa  85.5  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  37.58 
 
 
223 aa  84.7  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  33.72 
 
 
171 aa  84.7  6e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  35.71 
 
 
172 aa  84.3  8e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  34.27 
 
 
182 aa  83.6  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
199 aa  83.6  0.000000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  29.09 
 
 
169 aa  83.6  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  35.8 
 
 
182 aa  83.2  0.000000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  28.99 
 
 
167 aa  82.8  0.000000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  30.18 
 
 
176 aa  82  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  32.78 
 
 
202 aa  82  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  35.98 
 
 
212 aa  81.6  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  34.36 
 
 
179 aa  81.3  0.000000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  29.81 
 
 
166 aa  81.6  0.000000000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  34.25 
 
 
186 aa  80.9  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
189 aa  80.9  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  32.7 
 
 
198 aa  80.5  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  35.71 
 
 
186 aa  80.1  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  28.32 
 
 
179 aa  80.5  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  31.79 
 
 
171 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 
189 aa  79.7  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 
189 aa  79.7  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  32.12 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  35.76 
 
 
224 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  33.73 
 
 
179 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 
187 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  30.81 
 
 
171 aa  78.6  0.00000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  35 
 
 
233 aa  78.6  0.00000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  35.37 
 
 
231 aa  78.6  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
171 aa  79  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
171 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
171 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
171 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
171 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  34.88 
 
 
181 aa  78.2  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  34.34 
 
 
169 aa  78.2  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  30.23 
 
 
171 aa  78.2  0.00000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  28.02 
 
 
179 aa  77.8  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  31.18 
 
 
177 aa  77.8  0.00000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 
176 aa  77.4  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  34.76 
 
 
167 aa  77  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  28.4 
 
 
175 aa  77.4  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  33.75 
 
 
176 aa  76.3  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  26.01 
 
 
179 aa  76.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  32.72 
 
 
185 aa  76.3  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  30.11 
 
 
176 aa  76.3  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  30.11 
 
 
176 aa  76.3  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  36.42 
 
 
201 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>