259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_2516 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  100 
 
 		 650 aa  1308    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  25.35 
 
 		 616 aa  103  7e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  25.24 
 
 		 665 aa  92  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  26.45 
 
 		 619 aa  89.4  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 553 aa  87.8  6e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  23.52 
 
 		 659 aa  85.5  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  20.85 
 
 		 555 aa  86.3  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  25.73 
 
 		 558 aa  85.5  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  30.82 
 
 		 525 aa  85.1  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 563 aa  79.7  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  18.47 
 
 		 739 aa  77.8  0.0000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  20.32 
 
 		 562 aa  77.8  0.0000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  23.9 
 
 		 627 aa  75.9  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  29.69 
 
 		 525 aa  75.5  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  22.35 
 
 		 553 aa  74.7  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 305 aa  73.2  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  24.36 
 
 		 645 aa  73.6  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  20.23 
 
 		 413 aa  72.8  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  24.46 
 
 		 614 aa  72  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  24.94 
 
 		 537 aa  69.7  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  35.54 
 
 		 705 aa  69.3  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  17.42 
 
 		 740 aa  69.3  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 403 aa  69.3  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  20.18 
 
 		 600 aa  67.4  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5234  putative DNA-binding protein  29.38 
 
 		 515 aa  66.6  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.198671  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 410 aa  67  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5322  putative DNA-binding protein  29.38 
 
 		 515 aa  66.6  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.266784 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  21.97 
 
 		 404 aa  66.2  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5614  putative DNA-binding protein  29.38 
 
 		 515 aa  66.2  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.3289 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  25.97 
 
 		 518 aa  65.9  0.000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  21.16 
 
 		 399 aa  65.1  0.000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  23.61 
 
 		 410 aa  65.1  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2216  transcriptional regulator, PucR family  20.63 
 
 		 542 aa  64.7  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  24.88 
 
 		 644 aa  64.7  0.000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  26.29 
 
 		 616 aa  64.3  0.000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  25.42 
 
 		 602 aa  64.3  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 552 aa  63.9  0.000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2798  putative DNA-binding protein  41.24 
 
 		 530 aa  63.2  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.322592  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  25 
 
 		 374 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  23.65 
 
 		 554 aa  63.5  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  25.76 
 
 		 637 aa  62  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2598  transcriptional regulator CdaR  26.09 
 
 		 511 aa  62.4  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  30.6 
 
 		 365 aa  61.6  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 564 aa  60.8  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  25.91 
 
 		 365 aa  60.8  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  25.58 
 
 		 389 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  39.08 
 
 		 543 aa  60.1  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1295  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor(s)  26.94 
 
 		 584 aa  60.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 410 aa  60.5  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1264  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor(s)  26.94 
 
 		 584 aa  60.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0051  metal dependent phosphohydrolase  26.7 
 
 		 407 aa  59.3  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1487  hypothetical protein  29.41 
 
 		 438 aa  59.7  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  18.59 
 
 		 410 aa  58.9  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 390 aa  58.2  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  28.15 
 
 		 367 aa  58.2  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 597 aa  58.2  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  25.08 
 
 		 547 aa  58.2  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1604  putative GAF sensor protein  25.75 
 
 		 631 aa  58.2  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0719591 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0076  transcriptional regulator, CdaR  27.79 
 
 		 611 aa  57.4  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.105438  normal  0.388356 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4880  putative transcriptional regulator, PucR family  27.89 
 
 		 522 aa  57.4  0.0000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.750606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  40 
 
 		 365 aa  57.4  0.0000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  20.67 
 
 		 399 aa  57  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1394  transcriptional regulator, CdaR  32.94 
 
 		 393 aa  56.6  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.684667  hitchhiker  0.0014878 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0388  purine catabolism PurC domain-containing protein  35.06 
 
 		 379 aa  56.6  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000701457  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  24.09 
 
 		 538 aa  55.8  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  39.68 
 
 		 480 aa  56.2  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2428  putative transcriptional regulator, PucR family  21.02 
 
 		 563 aa  55.8  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  18.53 
 
 		 537 aa  55.8  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  21.13 
 
 		 411 aa  55.8  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  22.54 
 
 		 407 aa  55.5  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  34.18 
 
 		 363 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0319  transcriptional regulator, CdaR  25.64 
 
 		 518 aa  55.5  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  39.68 
 
 		 478 aa  55.5  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  20.56 
 
 		 407 aa  55.5  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20880  purine catabolism regulator-like protein  26.94 
 
 		 585 aa  55.5  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0170372 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  24.82 
 
 		 520 aa  54.7  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1253  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  27.11 
 
 		 1332 aa  54.3  0.000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  27.8 
 
 		 537 aa  54.3  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2339  transcriptional regulator, CdaR  23.91 
 
 		 409 aa  54.3  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.46045  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  29.41 
 
 		 639 aa  54.3  0.000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  38.71 
 
 		 363 aa  53.9  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0431  putative PucR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 514 aa  53.1  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.517464  normal  0.914585 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0447  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.95 
 
 		 1527 aa  53.1  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4149  purine catabolism PurC domain-containing protein  33.14 
 
 		 509 aa  53.5  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  26.67 
 
 		 562 aa  53.5  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  33.67 
 
 		 404 aa  53.1  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0227  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.88 
 
 		 421 aa  53.5  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1946  putative DNA-binding protein  29.37 
 
 		 514 aa  53.5  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  24.5 
 
 		 647 aa  52.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2227  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  30 
 
 		 608 aa  52.8  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.025766  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1711  NifA subfamily transcriptional regulator  30 
 
 		 608 aa  52.8  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.478536  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  25.75 
 
 		 382 aa  52.4  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5287  CdaR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 429 aa  52.8  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1305  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  33.64 
 
 		 540 aa  53.1  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2137  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  30 
 
 		 608 aa  52.8  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475688  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5376  CdaR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 429 aa  52.8  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5666  CdaR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 429 aa  52.8  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0801  transcriptional regulator, CdaR  28.12 
 
 		 454 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.140313  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0409  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor  23.94 
 
 		 925 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.231334  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  23.49 
 
 		 413 aa  52.8  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>