More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_5330 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  100 
 
 
627 aa  1218    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  58.4 
 
 
645 aa  629  1e-179  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  62.48 
 
 
637 aa  627  1e-178  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  58.8 
 
 
644 aa  583  1.0000000000000001e-165  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  52.62 
 
 
665 aa  550  1e-155  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  59.07 
 
 
639 aa  541  9.999999999999999e-153  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  52.91 
 
 
647 aa  511  1e-143  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  52.8 
 
 
648 aa  507  9.999999999999999e-143  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  49.84 
 
 
614 aa  483  1e-135  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  51.5 
 
 
619 aa  477  1e-133  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  27.2 
 
 
659 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  29.18 
 
 
705 aa  123  8e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  29.94 
 
 
553 aa  120  7.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  27.59 
 
 
562 aa  114  6e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  27.77 
 
 
563 aa  109  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
403 aa  108  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  28.05 
 
 
520 aa  96.3  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  24.96 
 
 
597 aa  95.9  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  33.12 
 
 
525 aa  89.7  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  23.84 
 
 
553 aa  90.1  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  30.21 
 
 
305 aa  89.4  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  26.72 
 
 
741 aa  89.4  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0495  CdaR family transcriptional regulator  26.13 
 
 
645 aa  89  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.53 
 
 
356 aa  88.2  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
537 aa  87  9e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.43 
 
 
362 aa  86.7  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  25.46 
 
 
558 aa  84.7  0.000000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  27.92 
 
 
494 aa  83.6  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  21.34 
 
 
739 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0011  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.57 
 
 
715 aa  82  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  29.73 
 
 
616 aa  82.4  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  31.56 
 
 
525 aa  81.6  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.18 
 
 
715 aa  81.3  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.99155  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  30.42 
 
 
602 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 
2161 aa  79.3  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.354922 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  22.28 
 
 
555 aa  79  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.68 
 
 
756 aa  78.6  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  32.14 
 
 
785 aa  77.8  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2414  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 
545 aa  75.9  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  23.6 
 
 
493 aa  75.9  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20880  purine catabolism regulator-like protein  24.24 
 
 
585 aa  75.5  0.000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0170372 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2414  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  35.76 
 
 
756 aa  74.3  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1321  HD-GYP domain-containing protein  24.11 
 
 
848 aa  73.6  0.000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4452  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.85 
 
 
2153 aa  73.9  0.000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.758306 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  28.11 
 
 
733 aa  72.8  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.43 
 
 
1785 aa  72.4  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2453  serine phosphatase  33.33 
 
 
438 aa  71.2  0.00000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  20.36 
 
 
740 aa  71.2  0.00000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03709  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  26.67 
 
 
772 aa  70.5  0.00000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  28.62 
 
 
342 aa  70.5  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  26.27 
 
 
558 aa  70.1  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3775  GAF sensor signal transduction histidine kinase  25.58 
 
 
548 aa  70.5  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.1 
 
 
2783 aa  69.3  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.296104 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2576  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  33.1 
 
 
755 aa  69.7  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4114  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.15 
 
 
3470 aa  68.9  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1201  metal dependent phosphohydrolase  27.87 
 
 
719 aa  68.9  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  27.47 
 
 
518 aa  68.6  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3064  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.23 
 
 
544 aa  68.6  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.980645 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3631  signal transduction histidine kinase  28.38 
 
 
666 aa  68.6  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281267  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0011  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.78 
 
 
726 aa  68.2  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0439  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  28.65 
 
 
766 aa  67.8  0.0000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.293101  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  35.85 
 
 
616 aa  67.4  0.0000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2264  putative GAF sensor protein  26.56 
 
 
236 aa  66.2  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1039  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  28.4 
 
 
743 aa  67  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00843837  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  22.24 
 
 
600 aa  65.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1734  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  29.38 
 
 
759 aa  65.5  0.000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36 
 
 
1101 aa  65.5  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.61 
 
 
1017 aa  65.1  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0884  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  34.04 
 
 
755 aa  65.5  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  23.76 
 
 
404 aa  65.1  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1133  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  27.81 
 
 
744 aa  65.1  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000186405  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1421  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  27.92 
 
 
995 aa  64.7  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1604  putative GAF sensor protein  26.18 
 
 
631 aa  64.7  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0719591 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3570  metal dependent phosphohydrolase  28.57 
 
 
571 aa  64.7  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.9 
 
 
677 aa  64.3  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3746  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.25 
 
 
373 aa  64.3  0.000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.200726  normal  0.275416 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  24.19 
 
 
538 aa  64.3  0.000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.38 
 
 
464 aa  64.3  0.000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3866  transcriptional regulator, PucR family  28.66 
 
 
557 aa  63.9  0.000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4627  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.02 
 
 
662 aa  63.9  0.000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.622134  hitchhiker  0.00510111 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0197  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.08 
 
 
710 aa  63.5  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.283964 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  30.64 
 
 
353 aa  63.5  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2820  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.32 
 
 
545 aa  63.5  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.771324  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.43 
 
 
732 aa  62.4  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0507  Histidine kinase  32.37 
 
 
373 aa  62.4  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4451  signal transduction histidine kinase  25.51 
 
 
647 aa  62.4  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0783644  hitchhiker  0.000419686 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2748  metal dependent phosphohydrolase  32.11 
 
 
574 aa  62.8  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.941576  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
552 aa  62.4  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.11 
 
 
819 aa  62.4  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3845  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  28.67 
 
 
762 aa  62  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0077  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.54 
 
 
588 aa  61.6  0.00000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  21.26 
 
 
399 aa  62  0.00000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  20.87 
 
 
399 aa  61.2  0.00000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  38.46 
 
 
505 aa  61.6  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.73 
 
 
947 aa  61.2  0.00000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0144  sensory box histidine kinase  28.76 
 
 
709 aa  61.2  0.00000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  24.14 
 
 
650 aa  61.2  0.00000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3398  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  26.54 
 
 
748 aa  60.8  0.00000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00100115  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0905  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  26.54 
 
 
748 aa  61.2  0.00000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0677572  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.08 
 
 
1014 aa  60.8  0.00000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>