More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3916 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 
614 aa  1177    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  51.71 
 
 
645 aa  497  1e-139  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  51.99 
 
 
644 aa  467  9.999999999999999e-131  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  48.81 
 
 
665 aa  461  9.999999999999999e-129  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  48.64 
 
 
648 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  49.92 
 
 
637 aa  444  1e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  49.84 
 
 
627 aa  420  1e-116  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  51.13 
 
 
639 aa  421  1e-116  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  46.95 
 
 
647 aa  410  1e-113  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  46.62 
 
 
619 aa  392  1e-108  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  30.15 
 
 
616 aa  120  9.999999999999999e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  25.94 
 
 
659 aa  113  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  27.64 
 
 
562 aa  108  4e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  29.31 
 
 
553 aa  105  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  27.1 
 
 
705 aa  101  5e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  29.23 
 
 
563 aa  97.1  9e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  21.93 
 
 
739 aa  93.6  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.73 
 
 
362 aa  89.7  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
305 aa  88.6  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  23.46 
 
 
553 aa  84  0.000000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.32 
 
 
356 aa  80.9  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  25.84 
 
 
403 aa  80.5  0.00000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2453  serine phosphatase  29.58 
 
 
438 aa  79.3  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.51 
 
 
732 aa  79  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4452  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.12 
 
 
2153 aa  79  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.758306 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.95 
 
 
2161 aa  78.6  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.354922 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  32.66 
 
 
785 aa  77.4  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  28.61 
 
 
520 aa  77  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3775  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.9 
 
 
548 aa  77  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  26.08 
 
 
537 aa  75.5  0.000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.73 
 
 
1014 aa  75.1  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1321  HD-GYP domain-containing protein  26.63 
 
 
848 aa  73.6  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  30.16 
 
 
717 aa  72.8  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.32 
 
 
756 aa  72.4  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.58 
 
 
1017 aa  72.8  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23280  hypothetical protein  30.14 
 
 
512 aa  72  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.122242  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0507  Histidine kinase  33.95 
 
 
373 aa  71.6  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03709  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  29.03 
 
 
772 aa  71.6  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  30.58 
 
 
602 aa  71.6  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 
2783 aa  71.2  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.296104 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  26.36 
 
 
558 aa  69.7  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3746  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.4 
 
 
373 aa  70.1  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.200726  normal  0.275416 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1201  metal dependent phosphohydrolase  29.32 
 
 
719 aa  70.1  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  31 
 
 
733 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  24.28 
 
 
650 aa  69.3  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3845  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  28.12 
 
 
762 aa  68.9  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0566  transcriptional regulator, PucR family  32.78 
 
 
532 aa  68.6  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.7 
 
 
1785 aa  67.8  0.0000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3570  metal dependent phosphohydrolase  28.79 
 
 
571 aa  67.8  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.23 
 
 
602 aa  67.4  0.0000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.525886  normal  0.309242 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  26.77 
 
 
600 aa  67.4  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  29.89 
 
 
525 aa  66.6  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  24.14 
 
 
741 aa  65.9  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
477 aa  65.5  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3045  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.23 
 
 
954 aa  65.1  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00011876  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4880  putative transcriptional regulator, PucR family  29.62 
 
 
522 aa  65.5  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.750606  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  25.24 
 
 
616 aa  64.7  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  30.53 
 
 
525 aa  64.3  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4627  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.49 
 
 
662 aa  64.3  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.622134  hitchhiker  0.00510111 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3016  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  27.44 
 
 
748 aa  64.3  0.000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0585389  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2414  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.14 
 
 
545 aa  63.9  0.000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  27.03 
 
 
597 aa  63.9  0.000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2264  putative GAF sensor protein  27.38 
 
 
236 aa  63.5  0.000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4114  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.1 
 
 
3470 aa  63.9  0.000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4451  signal transduction histidine kinase  26.62 
 
 
647 aa  63.9  0.000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0783644  hitchhiker  0.000419686 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0905  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  28.03 
 
 
748 aa  63.9  0.000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0677572  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2549  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 
456 aa  63.2  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0077  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.86 
 
 
588 aa  63.2  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2414  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  31.93 
 
 
756 aa  63.5  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3631  signal transduction histidine kinase  25.54 
 
 
666 aa  63.2  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281267  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2748  metal dependent phosphohydrolase  29.84 
 
 
574 aa  63.2  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.941576  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2555  PucR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
524 aa  63.5  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.13215  normal  0.819457 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.72 
 
 
947 aa  63.2  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.31 
 
 
715 aa  62.4  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.99155  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3398  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  28.66 
 
 
748 aa  62.8  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00100115  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0227  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.9 
 
 
421 aa  62.8  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  35.26 
 
 
486 aa  62.8  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3197  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  28.05 
 
 
749 aa  62.8  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00965467  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1039  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  30 
 
 
743 aa  62.4  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00843837  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0831  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.8 
 
 
957 aa  62.4  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0691  helix-turn-helix, Fis-type  29.35 
 
 
486 aa  62.4  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.819144  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.89 
 
 
819 aa  62  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4616  GAF sensor hybrid histidine kinase  27.16 
 
 
701 aa  62.4  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.55 
 
 
819 aa  62  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0011  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
715 aa  61.6  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  22.42 
 
 
399 aa  61.6  0.00000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  20.37 
 
 
399 aa  61.6  0.00000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  33.05 
 
 
518 aa  61.6  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1421  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  27.5 
 
 
995 aa  61.2  0.00000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5201  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.68 
 
 
393 aa  60.8  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.849708 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  30.7 
 
 
537 aa  60.5  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  29.61 
 
 
342 aa  60.1  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1796  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.67 
 
 
1965 aa  60.1  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0761  putative transcriptional regulator, PucR family  41.12 
 
 
400 aa  60.5  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3064  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.75 
 
 
544 aa  59.3  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.980645 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3823  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  27.78 
 
 
748 aa  59.3  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00003425  normal  0.576063 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.46 
 
 
1101 aa  59.3  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0884  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  31.68 
 
 
755 aa  59.3  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0091  adenylate/guanylate cyclase  26.32 
 
 
859 aa  58.9  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.101175 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1734  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  27.33 
 
 
759 aa  58.5  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>