More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_2339 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  100 
 
 		 705 aa  1385    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 659 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0495  CdaR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 645 aa  271  2e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  33.72 
 
 		 741 aa  271  2.9999999999999997e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  28.43 
 
 		 665 aa  135  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  27.89 
 
 		 645 aa  125  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  30.82 
 
 		 639 aa  115  4.0000000000000004e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  25 
 
 		 553 aa  111  6e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  29.53 
 
 		 619 aa  110  9.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  28.57 
 
 		 648 aa  110  1e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  29.57 
 
 		 558 aa  103  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 564 aa  103  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  28.05 
 
 		 627 aa  102  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  21.5 
 
 		 555 aa  98.6  4e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  26.65 
 
 		 602 aa  96.3  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  27.34 
 
 		 614 aa  93.2  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  23.01 
 
 		 562 aa  90.1  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  25.09 
 
 		 553 aa  90.1  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5254  putative transcriptional regulator, PucR family  30.9 
 
 		 415 aa  88.6  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  26.59 
 
 		 562 aa  86.7  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  36.09 
 
 		 518 aa  86.3  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  23.24 
 
 		 597 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  23.88 
 
 		 739 aa  84.7  0.000000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 403 aa  83.6  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  35.17 
 
 		 601 aa  82.8  0.00000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  36 
 
 		 404 aa  82  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  26.93 
 
 		 520 aa  80.1  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  38.3 
 
 		 525 aa  80.5  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  35.36 
 
 		 501 aa  80.5  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  23.28 
 
 		 407 aa  80.5  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 563 aa  80.1  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  36.88 
 
 		 525 aa  78.6  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2528  PucR family transcriptional regulator  28.61 
 
 		 405 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0819646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  41.79 
 
 		 644 aa  78.6  0.0000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 477 aa  77.8  0.0000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3188  hypothetical protein  28.33 
 
 		 389 aa  76.6  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295168  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 537 aa  77  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1641  transcriptional regulator, CdaR  35.17 
 
 		 416 aa  77  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  22.22 
 
 		 740 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  24.83 
 
 		 538 aa  76.3  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 552 aa  75.1  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  27.08 
 
 		 537 aa  73.2  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  28.65 
 
 		 647 aa  72.8  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  37.86 
 
 		 520 aa  72  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2453  serine phosphatase  34.44 
 
 		 438 aa  72  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  29.23 
 
 		 413 aa  72  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 602 aa  72.4  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.525886  normal  0.309242 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  30.61 
 
 		 404 aa  72  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2216  transcriptional regulator, PucR family  28.17 
 
 		 542 aa  72  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  27.47 
 
 		 616 aa  71.2  0.00000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  22.64 
 
 		 616 aa  70.5  0.00000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2555  PucR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 524 aa  70.5  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.13215  normal  0.819457 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0764  putative transcriptional regulator, PucR family  37.84 
 
 		 311 aa  69.3  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.829875  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  35.54 
 
 		 650 aa  69.7  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 305 aa  69.3  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  42.39 
 
 		 543 aa  69.3  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  39.04 
 
 		 637 aa  68.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4149  purine catabolism PurC domain-containing protein  37.9 
 
 		 509 aa  68.2  0.0000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1869  transcriptional regulator, PucR family  34.97 
 
 		 609 aa  68.2  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  28 
 
 		 600 aa  68.2  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3439  serine phosphatase  29.58 
 
 		 584 aa  67.8  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  35.46 
 
 		 505 aa  68.2  0.0000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0388  purine catabolism PurC domain-containing protein  30.71 
 
 		 379 aa  67.8  0.0000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000701457  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  28.64 
 
 		 514 aa  66.6  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3284  purine catabolism PurC-like protein  32.21 
 
 		 502 aa  66.6  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0796347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3346  purine catabolism PurC domain-containing protein  32.21 
 
 		 492 aa  66.2  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.728632  normal  0.0930873 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3295  purine catabolism PurC domain-containing protein  32.21 
 
 		 492 aa  66.2  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.159277 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0907  transcriptional regulator, PucR family  49.18 
 
 		 486 aa  65.5  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  35.71 
 
 		 558 aa  65.5  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1941  metal dependent phosphohydrolase  28.35 
 
 		 357 aa  65.1  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000817968  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  34.25 
 
 		 425 aa  64.7  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  34.19 
 
 		 400 aa  64.7  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  28.35 
 
 		 399 aa  64.3  0.000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  25.61 
 
 		 547 aa  64.3  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2209  PucR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 405 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.75848 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  29.1 
 
 		 436 aa  63.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0531  transcriptional regulator, PucR family  42.25 
 
 		 512 aa  63.5  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3278  PucR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 405 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.698814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5017  transcriptional regulator, PucR family  34.03 
 
 		 510 aa  62.8  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2162  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  27.38 
 
 		 1017 aa  62.8  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.266871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  29.03 
 
 		 410 aa  62.4  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0637  purine catabolism PurC domain-containing protein  29.73 
 
 		 486 aa  62  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1023  putative transcriptional regulator, PucR family  27.08 
 
 		 518 aa  62.4  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0774134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.1 
 
 		 1017 aa  62  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  27.56 
 
 		 399 aa  62  0.00000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3775  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.37 
 
 		 548 aa  61.6  0.00000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.86 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1217  metal dependent phosphohydrolase  26.85 
 
 		 371 aa  60.8  0.00000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  48.44 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0789  putative transcriptional regulator, PucR family  21.34 
 
 		 421 aa  60.8  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.691092  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.86 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.86 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.86 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.86 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.86 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0431  putative PucR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 514 aa  60.5  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.517464  normal  0.914585 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1201  metal dependent phosphohydrolase  27.74 
 
 		 719 aa  60.1  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  29.41 
 
 		 520 aa  60.5  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.79 
 
 		 732 aa  59.3  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.88 
 
 		 385 aa  59.3  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>