141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3278 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3278  PucR family transcriptional regulator  100 
 
 		 405 aa  821    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.698814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2528  PucR family transcriptional regulator  71.11 
 
 		 405 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0819646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2209  PucR family transcriptional regulator  70.37 
 
 		 405 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.75848 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3188  hypothetical protein  71.47 
 
 		 389 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295168  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  52.57 
 
 		 410 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  52.57 
 
 		 410 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  52.57 
 
 		 410 aa  386  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  52.32 
 
 		 410 aa  383  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  52.32 
 
 		 410 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  52.32 
 
 		 410 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  52.32 
 
 		 410 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  46.4 
 
 		 425 aa  338  9.999999999999999e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0764  putative transcriptional regulator, PucR family  42.75 
 
 		 311 aa  200  3.9999999999999996e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.829875  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  21.79 
 
 		 399 aa  85.1  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  21.84 
 
 		 399 aa  82.8  0.00000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 537 aa  71.2  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 403 aa  70.5  0.00000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  29.37 
 
 		 740 aa  69.7  0.00000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1869  transcriptional regulator, PucR family  35.77 
 
 		 609 aa  69.7  0.00000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  23.36 
 
 		 555 aa  68.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  31.97 
 
 		 525 aa  63.5  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  30.86 
 
 		 520 aa  63.2  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  32.91 
 
 		 558 aa  62.8  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 563 aa  61.6  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3335  PucR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 517 aa  60.5  0.00000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  36.04 
 
 		 525 aa  60.5  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 390 aa  60.1  0.00000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  25.56 
 
 		 353 aa  59.3  0.0000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 305 aa  59.3  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3231  PucR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 586 aa  58.9  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  26.21 
 
 		 404 aa  58.5  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  35.19 
 
 		 618 aa  58.5  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  27.07 
 
 		 705 aa  58.9  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  31.45 
 
 		 538 aa  58.5  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  25 
 
 		 353 aa  57.8  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 553 aa  57.8  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 564 aa  57.4  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  31.97 
 
 		 553 aa  57.8  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  27.46 
 
 		 739 aa  57.4  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  31.43 
 
 		 601 aa  57  0.0000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7392  putative transcriptional regulator, PucR family  36.9 
 
 		 362 aa  57  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1467  putative PucR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 408 aa  55.8  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  32.48 
 
 		 501 aa  55.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1722  transcriptional regulator, PucR family  33.07 
 
 		 502 aa  55.5  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1035  PucR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 502 aa  55.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0689331 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1957  putative transcriptional regulator, PucR family  35.29 
 
 		 485 aa  53.9  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.665292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4149  purine catabolism PurC domain-containing protein  27.65 
 
 		 509 aa  53.9  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 597 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  28.06 
 
 		 505 aa  53.5  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 552 aa  53.5  0.000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  30.93 
 
 		 558 aa  53.1  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3007  purine catabolism PurC domain-containing protein  36.8 
 
 		 596 aa  53.1  0.000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.535112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20880  purine catabolism regulator-like protein  29.63 
 
 		 585 aa  53.1  0.000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0170372 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  28.57 
 
 		 493 aa  53.1  0.000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  25.81 
 
 		 616 aa  52.8  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39770  putative regulatory protein  27.7 
 
 		 515 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1487  hypothetical protein  26.74 
 
 		 438 aa  52.4  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  32.14 
 
 		 518 aa  52.8  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  29.22 
 
 		 616 aa  52.4  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  29.46 
 
 		 514 aa  52.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0761  putative transcriptional regulator, PucR family  29.31 
 
 		 400 aa  52.8  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0495  transcriptional regulator, PucR family  33.06 
 
 		 492 aa  51.6  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.579171  normal  0.289183 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  28.34 
 
 		 520 aa  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2555  PucR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 524 aa  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.13215  normal  0.819457 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  28.4 
 
 		 665 aa  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 477 aa  51.6  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  27.27 
 
 		 741 aa  51.2  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0097  regulator of polyketide synthase expression-like  34.13 
 
 		 524 aa  51.2  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3032  putative transcriptional regulator, PucR family  40.85 
 
 		 399 aa  50.8  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.173584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  39.13 
 
 		 648 aa  50.4  0.00005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1003  PucR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 516 aa  50.4  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.481265  normal  0.280145 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3926  putative transcriptional regulator, PucR family  29.67 
 
 		 399 aa  50.4  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00603602 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0431  putative PucR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 514 aa  50.4  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.517464  normal  0.914585 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4043  putative transcriptional regulator, PucR family  42.47 
 
 		 504 aa  50.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0389127  decreased coverage  0.00142198 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5017  transcriptional regulator, PucR family  29.27 
 
 		 510 aa  49.7  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23030  hypothetical protein  32.14 
 
 		 418 aa  49.7  0.00008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.131719 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  31.43 
 
 		 644 aa  49.7  0.00009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4625  CdaR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 535 aa  48.9  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  25.1 
 
 		 562 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1029  transcriptional regulator CdaR  33.02 
 
 		 536 aa  49.3  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.133296 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3866  transcriptional regulator, PucR family  30 
 
 		 557 aa  49.3  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3793  putative transcriptional regulator, PucR family  28.19 
 
 		 415 aa  49.3  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.254116  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  25.52 
 
 		 602 aa  48.5  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0861  transcriptional regulator, CdaR  34.44 
 
 		 500 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.975541  normal  0.0962087 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5254  putative transcriptional regulator, PucR family  28.65 
 
 		 415 aa  48.1  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  29.41 
 
 		 645 aa  48.5  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  29.29 
 
 		 486 aa  48.5  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  34.62 
 
 		 639 aa  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  33.64 
 
 		 543 aa  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2216  transcriptional regulator, PucR family  23.19 
 
 		 542 aa  47.8  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3382  transcriptional regulator, PucR family  33.64 
 
 		 547 aa  47.4  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.180418  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4079  transcriptional regulator, PucR family  36.36 
 
 		 523 aa  47.4  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0691  helix-turn-helix, Fis-type  32.21 
 
 		 486 aa  47  0.0006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.819144  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2205  putative transcriptional regulator, PucR family  26.62 
 
 		 505 aa  47  0.0006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0290612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  29.19 
 
 		 637 aa  47  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3378  purine catabolism PurC domain-containing protein  35.44 
 
 		 445 aa  46.6  0.0007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264385  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5251  PucR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 312 aa  46.6  0.0007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.60944  normal  0.261771 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 494 aa  46.6  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2065  transcriptional regulator, PucR family  33.61 
 
 		 549 aa  46.6  0.0009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 410 aa  45.8  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>