262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_0844 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  99.15 
 
 
353 aa  697    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  100 
 
 
353 aa  701    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  33.33 
 
 
385 aa  191  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  32.18 
 
 
383 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  32.36 
 
 
382 aa  178  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  30.71 
 
 
387 aa  170  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  31.48 
 
 
413 aa  166  4e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  30.95 
 
 
380 aa  167  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  29.68 
 
 
379 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  30.32 
 
 
376 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  30.41 
 
 
371 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
410 aa  156  6e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
410 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.53 
 
 
385 aa  153  4e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  30.4 
 
 
393 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
410 aa  152  7e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  30.4 
 
 
387 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  30.4 
 
 
387 aa  152  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  30.49 
 
 
413 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.27 
 
 
385 aa  151  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  30.4 
 
 
387 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.02 
 
 
385 aa  150  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  30.49 
 
 
413 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  26.32 
 
 
400 aa  149  1.0000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  27.56 
 
 
413 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  30.23 
 
 
413 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  29.32 
 
 
407 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.76 
 
 
385 aa  147  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  28.3 
 
 
363 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  28.21 
 
 
385 aa  146  6e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.21 
 
 
385 aa  146  6e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  28.21 
 
 
385 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  28.21 
 
 
385 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.21 
 
 
385 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.21 
 
 
385 aa  145  9e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.65 
 
 
385 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.65 
 
 
385 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.65 
 
 
385 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.65 
 
 
385 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.91 
 
 
384 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.65 
 
 
385 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.24 
 
 
376 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.95 
 
 
385 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  26.29 
 
 
367 aa  143  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  30.05 
 
 
377 aa  143  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.2 
 
 
385 aa  143  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  25.81 
 
 
384 aa  142  8e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  28.34 
 
 
363 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  27.25 
 
 
374 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  31.01 
 
 
371 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  30.73 
 
 
371 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  31.28 
 
 
371 aa  139  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  26.76 
 
 
370 aa  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  30.62 
 
 
371 aa  136  5e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  30.62 
 
 
371 aa  136  5e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  30.62 
 
 
371 aa  136  5e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  30.62 
 
 
371 aa  136  5e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  26.97 
 
 
370 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  30.62 
 
 
371 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  27.59 
 
 
375 aa  133  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  25.29 
 
 
365 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  27.3 
 
 
375 aa  132  9e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  27.32 
 
 
375 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  30.34 
 
 
371 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  26.06 
 
 
389 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  26.06 
 
 
365 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  30.45 
 
 
371 aa  129  6e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
372 aa  129  7.000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  27.51 
 
 
488 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  29.1 
 
 
402 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  27.51 
 
 
488 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  28.3 
 
 
381 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  27.03 
 
 
483 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  24.93 
 
 
365 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  29.55 
 
 
387 aa  125  1e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  31.52 
 
 
381 aa  124  3e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
390 aa  120  3e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  28.18 
 
 
386 aa  110  4.0000000000000004e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  45.05 
 
 
371 aa  107  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  32.56 
 
 
360 aa  85.5  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  24.1 
 
 
518 aa  79.7  0.00000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  25.2 
 
 
525 aa  77.4  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  27.78 
 
 
525 aa  76.6  0.0000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  22.81 
 
 
477 aa  69.3  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  27.52 
 
 
364 aa  67.4  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1512  transcriptional regulator CdaR  30.39 
 
 
375 aa  64.7  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.428477  normal  0.947433 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2117  CdaR family transcriptional regulator  26.43 
 
 
379 aa  62  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  21.89 
 
 
388 aa  62.4  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  27.02 
 
 
493 aa  62  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  20.65 
 
 
436 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3188  hypothetical protein  22.89 
 
 
389 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295168  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1861  CdaR family transcriptional regulator  21.35 
 
 
361 aa  61.2  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0198483  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2528  PucR family transcriptional regulator  22.89 
 
 
405 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0819646  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3278  PucR family transcriptional regulator  23.08 
 
 
405 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.698814  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2209  PucR family transcriptional regulator  22.35 
 
 
405 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.75848 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  22.86 
 
 
393 aa  59.7  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  26.17 
 
 
425 aa  59.3  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  24.69 
 
 
554 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  30.3 
 
 
410 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  30.3 
 
 
410 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>