208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1437 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  100 
 
 		 371 aa  720    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  67.89 
 
 		 370 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  67.04 
 
 		 370 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 374 aa  310  2e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  51.27 
 
 		 365 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  51.27 
 
 		 389 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  51.27 
 
 		 365 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  50.82 
 
 		 363 aa  296  4e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  49.86 
 
 		 365 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  48.43 
 
 		 367 aa  274  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  48.38 
 
 		 363 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  37.82 
 
 		 387 aa  237  3e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  39.25 
 
 		 377 aa  216  7e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  34.92 
 
 		 382 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  37.01 
 
 		 385 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  34.54 
 
 		 407 aa  209  8e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  33.16 
 
 		 383 aa  207  3e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  35.71 
 
 		 413 aa  203  5e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  36.56 
 
 		 393 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  36.78 
 
 		 387 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  36.78 
 
 		 387 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  36.78 
 
 		 387 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  37.47 
 
 		 385 aa  199  5e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.47 
 
 		 385 aa  199  5e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  37.47 
 
 		 385 aa  199  5e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.47 
 
 		 385 aa  199  5e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.47 
 
 		 385 aa  199  9e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  37.2 
 
 		 385 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.2 
 
 		 385 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.47 
 
 		 385 aa  198  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  40.74 
 
 		 384 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  32.46 
 
 		 381 aa  197  2.0000000000000003e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 410 aa  197  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.2 
 
 		 385 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.2 
 
 		 385 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.68 
 
 		 385 aa  196  5.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.2 
 
 		 385 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.2 
 
 		 385 aa  196  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.2 
 
 		 385 aa  196  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 410 aa  196  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.33 
 
 		 376 aa  195  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.01 
 
 		 385 aa  192  7e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  36.34 
 
 		 376 aa  192  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.01 
 
 		 385 aa  191  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  36.07 
 
 		 379 aa  191  2e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.01 
 
 		 385 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  33.15 
 
 		 380 aa  189  5e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  34.72 
 
 		 384 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  35.88 
 
 		 400 aa  180  4e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  34.3 
 
 		 375 aa  178  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  34.04 
 
 		 375 aa  176  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 372 aa  175  9e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  33.51 
 
 		 375 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  36.81 
 
 		 488 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  36.81 
 
 		 483 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  36.88 
 
 		 488 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  46.02 
 
 		 413 aa  163  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  36.24 
 
 		 402 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  45.09 
 
 		 413 aa  153  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  45.09 
 
 		 413 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  45.09 
 
 		 413 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 410 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 390 aa  137  4e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  22.74 
 
 		 387 aa  115  8.999999999999998e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  21.89 
 
 		 381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  45.05 
 
 		 353 aa  106  7e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  45.05 
 
 		 353 aa  106  8e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  27.59 
 
 		 371 aa  101  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  25.97 
 
 		 371 aa  94  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  25.67 
 
 		 371 aa  92.4  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  25.67 
 
 		 371 aa  92.4  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  25.67 
 
 		 371 aa  92.4  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  25.67 
 
 		 371 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  25.44 
 
 		 371 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  25.37 
 
 		 371 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  26.04 
 
 		 371 aa  90.9  4e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  23.63 
 
 		 386 aa  90.5  4e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  26.04 
 
 		 371 aa  89.4  8e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  25.37 
 
 		 371 aa  89.4  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  30.3 
 
 		 360 aa  85.1  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  36.07 
 
 		 168 aa  72  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  29.66 
 
 		 364 aa  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  35.29 
 
 		 518 aa  60.8  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  53.97 
 
 		 525 aa  60.5  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  53.97 
 
 		 525 aa  60.1  0.00000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 393 aa  58.5  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  41.54 
 
 		 412 aa  58.2  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 553 aa  57.8  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2904  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.93 
 
 		 269 aa  57  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  46.15 
 
 		 520 aa  56.6  0.0000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  45.33 
 
 		 480 aa  55.8  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1512  transcriptional regulator CdaR  57.41 
 
 		 375 aa  55.8  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.428477  normal  0.947433 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 410 aa  55.8  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0057  putative regulatory protein  35 
 
 		 535 aa  54.7  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0293617  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5254  putative transcriptional regulator, PucR family  47.37 
 
 		 415 aa  54.7  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 564 aa  54.3  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  36.92 
 
 		 411 aa  54.7  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4258  putative transcriptional regulator, PucR family  46.15 
 
 		 547 aa  54.3  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.484226  normal  0.267228 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  44 
 
 		 478 aa  53.5  0.000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  30.77 
 
 		 555 aa  53.5  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>