219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2640 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 		 413 aa  840    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  65.67 
 
 		 410 aa  528  1e-149  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  65.92 
 
 		 410 aa  530  1e-149  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  65.48 
 
 		 407 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  64.37 
 
 		 413 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  65.19 
 
 		 410 aa  510  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  64.39 
 
 		 413 aa  510  1e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  64.39 
 
 		 413 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  63.89 
 
 		 413 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  62.37 
 
 		 385 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  61.84 
 
 		 382 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  60.53 
 
 		 387 aa  464  1e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  60.53 
 
 		 383 aa  456  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  47.87 
 
 		 385 aa  346  5e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  47.61 
 
 		 385 aa  345  7e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  47.61 
 
 		 385 aa  345  7e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  47.61 
 
 		 385 aa  345  7e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  47.61 
 
 		 385 aa  345  7e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  47.61 
 
 		 385 aa  345  7e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  47.61 
 
 		 385 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  47.61 
 
 		 385 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  47.61 
 
 		 385 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  47.61 
 
 		 385 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  47.61 
 
 		 385 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  47.61 
 
 		 385 aa  342  7e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.81 
 
 		 385 aa  341  1e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  47.84 
 
 		 376 aa  338  9e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.28 
 
 		 385 aa  330  3e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.54 
 
 		 385 aa  328  8e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.28 
 
 		 385 aa  328  9e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.28 
 
 		 385 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  42.45 
 
 		 380 aa  327  3e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.55 
 
 		 384 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  45.72 
 
 		 379 aa  297  2e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  42.27 
 
 		 381 aa  293  5e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  41.53 
 
 		 376 aa  273  3e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  40.65 
 
 		 387 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  40.65 
 
 		 393 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  40.65 
 
 		 387 aa  266  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  40.65 
 
 		 387 aa  266  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  38.16 
 
 		 400 aa  256  7e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  37.67 
 
 		 384 aa  251  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  38.87 
 
 		 377 aa  243  3.9999999999999997e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  38.3 
 
 		 375 aa  236  7e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  38.24 
 
 		 375 aa  235  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  38.03 
 
 		 375 aa  234  3e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 374 aa  228  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  35.81 
 
 		 363 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 372 aa  203  5e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  34.34 
 
 		 367 aa  203  5e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  36.07 
 
 		 363 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  34.69 
 
 		 370 aa  200  5e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  35.62 
 
 		 488 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  35.62 
 
 		 483 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  33.42 
 
 		 389 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  35.62 
 
 		 488 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  34.5 
 
 		 365 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  33.69 
 
 		 365 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  35.45 
 
 		 402 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  35.52 
 
 		 370 aa  192  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  33.96 
 
 		 365 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 390 aa  163  5.0000000000000005e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  31.38 
 
 		 353 aa  163  5.0000000000000005e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  31.12 
 
 		 353 aa  162  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 371 aa  160  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  29.09 
 
 		 381 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  26.47 
 
 		 387 aa  144  2e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  30.55 
 
 		 371 aa  143  5e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  30.71 
 
 		 371 aa  143  6e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  30.71 
 
 		 371 aa  143  6e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  30.71 
 
 		 371 aa  143  6e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  30.71 
 
 		 371 aa  143  6e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  29.07 
 
 		 371 aa  143  6e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  30.5 
 
 		 371 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  30.5 
 
 		 371 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  30.45 
 
 		 371 aa  138  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  29.92 
 
 		 371 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  29.89 
 
 		 371 aa  137  4e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  24.34 
 
 		 386 aa  99.4  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  26.99 
 
 		 388 aa  91.3  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  31.76 
 
 		 168 aa  89.4  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  26.37 
 
 		 547 aa  82  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  22.39 
 
 		 436 aa  72.4  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  34.96 
 
 		 520 aa  71.6  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  27.05 
 
 		 558 aa  71.2  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3610  transcriptional regulator, CdaR  23.95 
 
 		 362 aa  69.7  0.00000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  25.38 
 
 		 360 aa  68.9  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  26.69 
 
 		 525 aa  67.4  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  35.19 
 
 		 350 aa  66.6  0.0000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 393 aa  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 552 aa  66.2  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  26.24 
 
 		 518 aa  65.1  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  23.94 
 
 		 739 aa  65.5  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0645  transcriptional regulator, CdaR  23.03 
 
 		 383 aa  62.4  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.867737 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  22.92 
 
 		 364 aa  61.6  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 403 aa  61.6  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2117  CdaR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 379 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  30.85 
 
 		 411 aa  60.8  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0319  transcriptional regulator, CdaR  33.96 
 
 		 518 aa  60.1  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4405  transcriptional regulator, CdaR  41.54 
 
 		 402 aa  59.3  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>