216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_03504 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  100 
 
 		 168 aa  341  2e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  49.34 
 
 		 385 aa  147  6e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  47.37 
 
 		 385 aa  144  5e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  47.71 
 
 		 385 aa  143  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  47.71 
 
 		 385 aa  142  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  44.81 
 
 		 384 aa  142  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.7 
 
 		 385 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.7 
 
 		 385 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.7 
 
 		 385 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.7 
 
 		 385 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.7 
 
 		 385 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  44.16 
 
 		 385 aa  136  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.7 
 
 		 385 aa  135  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43.51 
 
 		 376 aa  134  8e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  43.51 
 
 		 385 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43.51 
 
 		 385 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  43.51 
 
 		 385 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43.51 
 
 		 385 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  42.86 
 
 		 385 aa  132  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.86 
 
 		 385 aa  132  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  40.79 
 
 		 400 aa  120  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  40.4 
 
 		 384 aa  119  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  47.58 
 
 		 488 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  47.58 
 
 		 488 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  47.58 
 
 		 483 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  45.52 
 
 		 402 aa  111  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  37.09 
 
 		 381 aa  105  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  36.18 
 
 		 376 aa  102  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  34.48 
 
 		 385 aa  102  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 410 aa  99.8  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 410 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 410 aa  100  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  33.1 
 
 		 382 aa  99.4  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  34.81 
 
 		 413 aa  98.6  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  35.34 
 
 		 407 aa  95.5  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 372 aa  95.5  3e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  36.42 
 
 		 379 aa  95.5  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  32.41 
 
 		 387 aa  94.4  7e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  35.82 
 
 		 380 aa  93.6  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  34.59 
 
 		 413 aa  93.2  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  32.09 
 
 		 383 aa  93.2  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  34.59 
 
 		 413 aa  93.2  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  34.59 
 
 		 413 aa  92.8  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  31.76 
 
 		 413 aa  89.4  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  30.97 
 
 		 393 aa  84  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  30.97 
 
 		 387 aa  84  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  30.97 
 
 		 387 aa  84  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  30.97 
 
 		 387 aa  84  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  33.81 
 
 		 377 aa  82.8  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  43.16 
 
 		 363 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 374 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  33.12 
 
 		 436 aa  73.6  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  35.29 
 
 		 363 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  34.85 
 
 		 367 aa  68.9  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  36.54 
 
 		 370 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  28.17 
 
 		 520 aa  64.7  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0431  putative PucR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 514 aa  64.7  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.517464  normal  0.914585 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  28.48 
 
 		 388 aa  64.3  0.0000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  28.12 
 
 		 375 aa  63.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  29.17 
 
 		 381 aa  63.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  30 
 
 		 375 aa  63.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  35.61 
 
 		 365 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  36.46 
 
 		 370 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  30 
 
 		 375 aa  62.8  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  38.38 
 
 		 389 aa  60.8  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  38.38 
 
 		 365 aa  60.8  0.000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 553 aa  60.1  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 390 aa  59.7  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 371 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  37.37 
 
 		 365 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1394  CdaR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 381 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.104866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  22.86 
 
 		 350 aa  58.5  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 410 aa  58.2  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  45.31 
 
 		 525 aa  57  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  43.59 
 
 		 525 aa  55.8  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  25.9 
 
 		 371 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  33.85 
 
 		 412 aa  54.3  0.0000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  32.8 
 
 		 558 aa  54.3  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 563 aa  53.9  0.0000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  38.16 
 
 		 518 aa  53.9  0.0000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  37.18 
 
 		 404 aa  53.9  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  25.6 
 
 		 353 aa  53.5  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 305 aa  53.9  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3298  transcriptional regulator, CdaR  34.95 
 
 		 582 aa  53.5  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  24.8 
 
 		 353 aa  52.8  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2073  transcriptional regulator, PucR family  40.62 
 
 		 517 aa  53.1  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0608  CdaR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 416 aa  52  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 552 aa  51.6  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5270  putative transcriptional regulator, PucR family  40 
 
 		 522 aa  50.8  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.16716  normal  0.125763 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  40.62 
 
 		 614 aa  50.8  0.000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  28.89 
 
 		 520 aa  50.4  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  29.07 
 
 		 411 aa  49.3  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0531  transcriptional regulator, PucR family  30.86 
 
 		 512 aa  50.1  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  39.06 
 
 		 637 aa  49.3  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4239  transcriptional regulator, PucR family  39.19 
 
 		 530 aa  49.7  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.270951 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3662  transcriptional regulator, PucR family  39.44 
 
 		 481 aa  49.7  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0446387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11458  hypothetical protein  33.33 
 
 		 422 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0377349 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4740  transcriptional regulator, CdaR  29.55 
 
 		 515 aa  48.9  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2908  transcriptional regulator, CdaR  25.98 
 
 		 359 aa  49.3  0.00003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2307  putative transcriptional regulator, PucR family  41.27 
 
 		 365 aa  48.9  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>