222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1518 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 		 385 aa  788    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  78.48 
 
 		 382 aa  618  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  74.74 
 
 		 383 aa  590  1e-167  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  70.34 
 
 		 387 aa  548  1e-155  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  63.7 
 
 		 410 aa  518  1e-146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  63.93 
 
 		 410 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  63.93 
 
 		 410 aa  509  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  62.77 
 
 		 413 aa  509  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  63.38 
 
 		 413 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  63.17 
 
 		 407 aa  498  1e-140  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  63.13 
 
 		 413 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  62.63 
 
 		 413 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  62.37 
 
 		 413 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  46.28 
 
 		 385 aa  341  1e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.28 
 
 		 385 aa  341  1e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  46.28 
 
 		 385 aa  340  2e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  46.28 
 
 		 385 aa  340  2e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.28 
 
 		 385 aa  340  2e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.01 
 
 		 385 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.28 
 
 		 385 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.01 
 
 		 385 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.28 
 
 		 385 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.01 
 
 		 385 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.01 
 
 		 385 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.01 
 
 		 385 aa  340  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  46.56 
 
 		 380 aa  338  9e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.01 
 
 		 385 aa  337  1.9999999999999998e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.49 
 
 		 376 aa  335  7e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.77 
 
 		 385 aa  335  1e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.24 
 
 		 385 aa  333  3e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.5 
 
 		 385 aa  332  8e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.24 
 
 		 385 aa  332  1e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43.35 
 
 		 384 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  48.27 
 
 		 379 aa  320  3.9999999999999996e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  43.27 
 
 		 381 aa  301  1e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  41.69 
 
 		 376 aa  279  5e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  39.04 
 
 		 400 aa  271  2e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  41.25 
 
 		 393 aa  269  8e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  39.47 
 
 		 384 aa  266  4e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  41.76 
 
 		 387 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  41.76 
 
 		 387 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  41.76 
 
 		 387 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  40.58 
 
 		 377 aa  265  1e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  39.68 
 
 		 375 aa  242  6e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  39.42 
 
 		 375 aa  241  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  39.15 
 
 		 375 aa  239  5e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 372 aa  228  1e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 374 aa  224  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  38.06 
 
 		 488 aa  209  9e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  38.06 
 
 		 483 aa  209  9e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  37.8 
 
 		 488 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  35 
 
 		 363 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  34.71 
 
 		 367 aa  204  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  36.76 
 
 		 402 aa  203  5e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  33.6 
 
 		 370 aa  202  8e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  35.86 
 
 		 363 aa  199  7e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 371 aa  199  7.999999999999999e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  33.6 
 
 		 370 aa  194  3e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  33.69 
 
 		 365 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  33.69 
 
 		 389 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  33.33 
 
 		 365 aa  192  9e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  34.23 
 
 		 365 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  32.63 
 
 		 353 aa  182  8.000000000000001e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  33.07 
 
 		 353 aa  182  8.000000000000001e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 390 aa  148  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  27.95 
 
 		 381 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  31.17 
 
 		 371 aa  139  6e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  34.11 
 
 		 371 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  33.42 
 
 		 371 aa  135  9e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  33.42 
 
 		 371 aa  135  9e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  33.33 
 
 		 371 aa  135  9e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  33.42 
 
 		 371 aa  135  9e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  33.42 
 
 		 371 aa  135  9e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  33.59 
 
 		 371 aa  133  5e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  32.9 
 
 		 371 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  32.29 
 
 		 371 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  31.59 
 
 		 371 aa  130  6e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  24.24 
 
 		 387 aa  114  4.0000000000000004e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  28.31 
 
 		 386 aa  106  7e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  34.48 
 
 		 168 aa  102  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  24.82 
 
 		 436 aa  81.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  30.53 
 
 		 360 aa  79.7  0.00000000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 403 aa  79.7  0.00000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  34.51 
 
 		 364 aa  77.4  0.0000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  26.35 
 
 		 547 aa  76.6  0.0000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  26.33 
 
 		 388 aa  75.1  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  26.09 
 
 		 518 aa  68.6  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  26.74 
 
 		 525 aa  67.4  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 305 aa  65.1  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 393 aa  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  32.31 
 
 		 537 aa  63.5  0.000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  27.74 
 
 		 520 aa  63.2  0.000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  23.84 
 
 		 413 aa  63.2  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  29.29 
 
 		 404 aa  60.8  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  28.48 
 
 		 537 aa  60.8  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 563 aa  60.8  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  28.19 
 
 		 558 aa  60.1  0.00000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2347  transcriptional regulator, CdaR  26.49 
 
 		 408 aa  59.7  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00870953  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  32.37 
 
 		 442 aa  59.3  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0789  putative transcriptional regulator, PucR family  24.91 
 
 		 421 aa  58.5  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.691092  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>