192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A2860 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  99.74 
 
 		 387 aa  794    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  99.48 
 
 		 393 aa  793    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  100 
 
 		 387 aa  796    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  99.74 
 
 		 387 aa  794    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  59.39 
 
 		 377 aa  418  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  54.18 
 
 		 375 aa  377  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  53.76 
 
 		 375 aa  377  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  53.37 
 
 		 375 aa  373  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  45.55 
 
 		 381 aa  308  9e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  41.44 
 
 		 383 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  40.65 
 
 		 413 aa  266  4e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  41.76 
 
 		 385 aa  266  4e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.77 
 
 		 385 aa  263  4e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  38.5 
 
 		 385 aa  260  2e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  38.5 
 
 		 385 aa  260  2e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  38.5 
 
 		 385 aa  260  2e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.81 
 
 		 385 aa  261  2e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.5 
 
 		 385 aa  260  2e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.5 
 
 		 376 aa  261  2e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.5 
 
 		 385 aa  260  2e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.97 
 
 		 385 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.97 
 
 		 385 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.97 
 
 		 385 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.97 
 
 		 385 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.5 
 
 		 385 aa  260  3e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.97 
 
 		 385 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  37.82 
 
 		 413 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  37.47 
 
 		 413 aa  253  6e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 410 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.43 
 
 		 385 aa  252  9.000000000000001e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  39.42 
 
 		 382 aa  252  9.000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.17 
 
 		 385 aa  251  1e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 410 aa  251  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  39.13 
 
 		 387 aa  251  1e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  39.58 
 
 		 384 aa  251  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.9 
 
 		 385 aa  250  3e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  37.11 
 
 		 407 aa  247  2e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  37.05 
 
 		 413 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 410 aa  247  2e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  37.31 
 
 		 413 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.36 
 
 		 385 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  39.08 
 
 		 379 aa  239  5.999999999999999e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  34.49 
 
 		 384 aa  236  6e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 372 aa  233  6e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  35.92 
 
 		 380 aa  232  7.000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  36.41 
 
 		 376 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  33.85 
 
 		 400 aa  213  4.9999999999999996e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  36.41 
 
 		 483 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  36.44 
 
 		 488 aa  206  4e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  36.44 
 
 		 488 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  36.27 
 
 		 402 aa  205  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  35.57 
 
 		 370 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 374 aa  193  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 371 aa  189  7e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  35.45 
 
 		 367 aa  184  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  34.54 
 
 		 370 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  34.05 
 
 		 363 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  32.42 
 
 		 363 aa  167  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  31.99 
 
 		 389 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  31.9 
 
 		 365 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  31.9 
 
 		 365 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  31.7 
 
 		 365 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  30.59 
 
 		 353 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  30.31 
 
 		 353 aa  146  5e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  31.06 
 
 		 371 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  28.7 
 
 		 371 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  28.7 
 
 		 371 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  28.7 
 
 		 371 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  28.7 
 
 		 371 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  28.7 
 
 		 371 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  28.7 
 
 		 371 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  28.7 
 
 		 371 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  30.21 
 
 		 371 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  28.4 
 
 		 371 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  28.11 
 
 		 371 aa  127  5e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  23.01 
 
 		 387 aa  121  3e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  25.13 
 
 		 381 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 390 aa  116  6.9999999999999995e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  24.4 
 
 		 386 aa  102  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  30.97 
 
 		 168 aa  84  0.000000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  22.7 
 
 		 364 aa  84  0.000000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  23.56 
 
 		 388 aa  77.4  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  36.07 
 
 		 360 aa  75.9  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  22.22 
 
 		 436 aa  64.7  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 403 aa  64.3  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  23.38 
 
 		 393 aa  63.2  0.000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  22.01 
 
 		 547 aa  59.3  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  26.95 
 
 		 407 aa  58.5  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4740  transcriptional regulator, CdaR  35.16 
 
 		 515 aa  57.8  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2412  hypothetical protein  32.61 
 
 		 386 aa  57  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  23.4 
 
 		 562 aa  56.6  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1795  helix-turn-helix, Fis-type  38.96 
 
 		 519 aa  56.2  0.0000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2331  transcriptional regulator, CdaR  25.36 
 
 		 406 aa  56.2  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  40.68 
 
 		 411 aa  55.8  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 563 aa  55.8  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  29.37 
 
 		 412 aa  55.8  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2867  transcriptional regulator, CdaR  23.96 
 
 		 407 aa  55.5  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  45.31 
 
 		 525 aa  55.5  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  38.75 
 
 		 525 aa  54.7  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 477 aa  54.3  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>