242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3130 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 		 382 aa  778    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  78.48 
 
 		 385 aa  618  1e-176  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  73.56 
 
 		 383 aa  586  1e-166  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  71.47 
 
 		 387 aa  553  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  63.61 
 
 		 410 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  63.37 
 
 		 410 aa  514  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  63.33 
 
 		 413 aa  508  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  63.12 
 
 		 410 aa  503  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  62.63 
 
 		 413 aa  500  1e-140  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  63.68 
 
 		 407 aa  497  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  62.63 
 
 		 413 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  62.12 
 
 		 413 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  61.84 
 
 		 413 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  46.72 
 
 		 380 aa  354  1e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.81 
 
 		 385 aa  344  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.81 
 
 		 385 aa  344  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.81 
 
 		 385 aa  344  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.81 
 
 		 385 aa  344  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.81 
 
 		 385 aa  344  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  46.54 
 
 		 385 aa  343  2e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.54 
 
 		 385 aa  343  2e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  46.54 
 
 		 385 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.54 
 
 		 385 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  46.54 
 
 		 385 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.54 
 
 		 385 aa  343  2.9999999999999997e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.54 
 
 		 385 aa  342  5e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.3 
 
 		 385 aa  340  2e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.76 
 
 		 376 aa  338  5.9999999999999996e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.29 
 
 		 385 aa  337  2.9999999999999997e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.89 
 
 		 385 aa  335  5.999999999999999e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.77 
 
 		 385 aa  334  1e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.62 
 
 		 385 aa  335  1e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  46.32 
 
 		 379 aa  311  9e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  45.43 
 
 		 381 aa  310  2.9999999999999997e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.96 
 
 		 384 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  43.24 
 
 		 376 aa  290  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  37.73 
 
 		 400 aa  265  1e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  37.7 
 
 		 384 aa  260  2e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  41.11 
 
 		 377 aa  258  9e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  38.96 
 
 		 393 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  39.42 
 
 		 387 aa  252  8.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  39.42 
 
 		 387 aa  252  8.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  39.42 
 
 		 387 aa  252  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 374 aa  234  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  37.5 
 
 		 375 aa  224  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  37.01 
 
 		 375 aa  224  3e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  37.23 
 
 		 375 aa  221  1.9999999999999999e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  35.68 
 
 		 365 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 372 aa  215  8e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  35.48 
 
 		 389 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  35.48 
 
 		 365 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  33.6 
 
 		 370 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  34.95 
 
 		 365 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  34.99 
 
 		 367 aa  206  6e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  34.72 
 
 		 363 aa  203  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  33.33 
 
 		 370 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 371 aa  200  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  36.94 
 
 		 488 aa  196  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  36.94 
 
 		 483 aa  195  9e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  36.58 
 
 		 488 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  35.88 
 
 		 402 aa  192  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  33.69 
 
 		 363 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  31.83 
 
 		 353 aa  169  5e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  31.3 
 
 		 353 aa  167  2e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 390 aa  149  6e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  28.95 
 
 		 371 aa  142  8e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  30.29 
 
 		 371 aa  138  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  30.61 
 
 		 371 aa  138  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  30.87 
 
 		 371 aa  138  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  30.87 
 
 		 371 aa  138  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  30.87 
 
 		 371 aa  138  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  30.87 
 
 		 371 aa  138  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  30.87 
 
 		 371 aa  138  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  30.53 
 
 		 371 aa  136  5e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  27.72 
 
 		 381 aa  136  8e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  30.08 
 
 		 371 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  30.61 
 
 		 371 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  24.52 
 
 		 387 aa  115  1.0000000000000001e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  26.6 
 
 		 386 aa  106  7e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  33.1 
 
 		 168 aa  99.4  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  28.97 
 
 		 360 aa  77  0.0000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  30.97 
 
 		 364 aa  72  0.00000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  31.37 
 
 		 518 aa  70.5  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 305 aa  68.9  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  24.16 
 
 		 388 aa  68.6  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 403 aa  67  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 553 aa  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  22.49 
 
 		 436 aa  65.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  26.64 
 
 		 525 aa  64.7  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  22.9 
 
 		 547 aa  63.9  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  23.91 
 
 		 407 aa  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  26.58 
 
 		 525 aa  63.5  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  36.49 
 
 		 520 aa  63.2  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  31.47 
 
 		 350 aa  63.2  0.000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  31.15 
 
 		 537 aa  63.2  0.000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  27.74 
 
 		 520 aa  62.8  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4405  transcriptional regulator, CdaR  33.88 
 
 		 402 aa  61.6  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 393 aa  60.1  0.00000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  24.36 
 
 		 404 aa  59.7  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2347  transcriptional regulator, CdaR  24.62 
 
 		 408 aa  59.7  0.00000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00870953  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>