138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_2110 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 		 386 aa  793    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  31.07 
 
 		 371 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  30.08 
 
 		 371 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  30.08 
 
 		 371 aa  145  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  30.08 
 
 		 371 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  30.08 
 
 		 371 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  28.95 
 
 		 371 aa  143  5e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  29.82 
 
 		 371 aa  143  6e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  29.55 
 
 		 371 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  29.82 
 
 		 371 aa  140  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  29.47 
 
 		 371 aa  138  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  29.26 
 
 		 371 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 390 aa  124  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  27.64 
 
 		 381 aa  117  5e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  25.77 
 
 		 379 aa  114  4.0000000000000004e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  26.38 
 
 		 380 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  24.57 
 
 		 385 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  24.94 
 
 		 483 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  24.94 
 
 		 488 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  24.94 
 
 		 385 aa  107  5e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  24.94 
 
 		 385 aa  106  5e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  24.94 
 
 		 385 aa  107  5e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  24.94 
 
 		 385 aa  107  5e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  24.94 
 
 		 385 aa  106  5e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  24.94 
 
 		 385 aa  107  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  24.94 
 
 		 385 aa  106  5e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  24.94 
 
 		 488 aa  106  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  28.31 
 
 		 385 aa  106  7e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  26.6 
 
 		 382 aa  106  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  27.9 
 
 		 353 aa  105  1e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.19 
 
 		 385 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.19 
 
 		 385 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.19 
 
 		 385 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.19 
 
 		 385 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.19 
 
 		 385 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  24.94 
 
 		 376 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  24.4 
 
 		 387 aa  103  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  24.4 
 
 		 393 aa  103  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  24.4 
 
 		 387 aa  103  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  26.39 
 
 		 353 aa  103  6e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.24 
 
 		 384 aa  102  8e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  21.57 
 
 		 384 aa  102  9e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  24.4 
 
 		 387 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 410 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  25 
 
 		 413 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  25 
 
 		 413 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 410 aa  100  5e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  24.23 
 
 		 402 aa  99  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  24.34 
 
 		 413 aa  99.4  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  25 
 
 		 387 aa  99  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  24.75 
 
 		 413 aa  99.4  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  25.28 
 
 		 363 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  23.11 
 
 		 385 aa  96.3  8e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.72 
 
 		 385 aa  95.5  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.96 
 
 		 385 aa  95.9  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  24.31 
 
 		 383 aa  95.9  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  23.14 
 
 		 375 aa  95.9  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  24.04 
 
 		 407 aa  95.1  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  23.14 
 
 		 375 aa  94.4  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  22.86 
 
 		 375 aa  94.4  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  25 
 
 		 410 aa  93.6  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  27.76 
 
 		 364 aa  93.2  7e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.72 
 
 		 385 aa  92.4  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  23.36 
 
 		 367 aa  92  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  23.91 
 
 		 413 aa  90.9  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  26.08 
 
 		 372 aa  90.1  7e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 374 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  24.59 
 
 		 363 aa  89  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  23.22 
 
 		 387 aa  85.9  0.000000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  24.81 
 
 		 400 aa  84.7  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  23.2 
 
 		 377 aa  84  0.000000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  25.19 
 
 		 381 aa  82.8  0.000000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  22.25 
 
 		 370 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  24.43 
 
 		 376 aa  81.3  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 371 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  34.96 
 
 		 360 aa  77  0.0000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  21.84 
 
 		 370 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  22.25 
 
 		 365 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  30.84 
 
 		 389 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  30.84 
 
 		 365 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  29.27 
 
 		 365 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  17.82 
 
 		 388 aa  66.6  0.0000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  19.85 
 
 		 436 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0879  hypothetical protein  27.71 
 
 		 384 aa  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0278062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  32.43 
 
 		 480 aa  50.1  0.00006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3161  putative transcriptional regulator, PucR family  25.45 
 
 		 414 aa  50.1  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0100012  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1425  putative transcriptional regulator, PucR family  25.55 
 
 		 296 aa  50.1  0.00007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3619  PucR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 408 aa  50.1  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000689812 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6696  putative transcriptional regulator, PucR family  34.72 
 
 		 410 aa  48.9  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.944538  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3363  hypothetical protein  38.46 
 
 		 428 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.20255  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  32.43 
 
 		 478 aa  49.3  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3425  hypothetical protein  38.46 
 
 		 428 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3753  hypothetical protein  38.18 
 
 		 428 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.144369  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2723  putative transcriptional regulator, PucR family  35.09 
 
 		 429 aa  48.9  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3374  hypothetical protein  38.46 
 
 		 428 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.238884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2653  hypothetical protein  31.58 
 
 		 313 aa  48.1  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2339  hypothetical protein  31.58 
 
 		 313 aa  48.1  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2347  transcriptional regulator, CdaR  22.58 
 
 		 408 aa  48.5  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00870953  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1627  regulator of polyketide synthase expression  24.58 
 
 		 276 aa  48.9  0.0002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2780  hypothetical protein  36.67 
 
 		 428 aa  47.8  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.311956  normal  0.906979 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>