201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2909 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  100 
 
 		 374 aa  749    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  75.28 
 
 		 365 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  75.28 
 
 		 389 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  75.84 
 
 		 365 aa  501  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  74.44 
 
 		 365 aa  500  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  69.21 
 
 		 367 aa  492  9.999999999999999e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  53.68 
 
 		 363 aa  371  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  54.37 
 
 		 363 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  50.28 
 
 		 370 aa  324  1e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  50.85 
 
 		 370 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 371 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  38.7 
 
 		 387 aa  249  5e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  38.34 
 
 		 382 aa  234  3e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  36.55 
 
 		 413 aa  228  9e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 410 aa  227  3e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 410 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  36.75 
 
 		 385 aa  224  2e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  35.51 
 
 		 383 aa  223  3e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  35.71 
 
 		 413 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.16 
 
 		 385 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.42 
 
 		 385 aa  219  3.9999999999999997e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  37.89 
 
 		 385 aa  219  6e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  37.89 
 
 		 385 aa  219  6e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.89 
 
 		 385 aa  219  6e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.42 
 
 		 385 aa  219  7.999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.42 
 
 		 385 aa  219  7.999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.42 
 
 		 385 aa  219  7.999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.38 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  38.38 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  37.63 
 
 		 385 aa  218  2e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.63 
 
 		 385 aa  218  2e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  35.61 
 
 		 413 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 410 aa  216  4e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.97 
 
 		 376 aa  216  4e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  35.61 
 
 		 413 aa  215  8e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  35.61 
 
 		 413 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.89 
 
 		 385 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  34.1 
 
 		 407 aa  212  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.63 
 
 		 385 aa  210  3e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.89 
 
 		 385 aa  210  4e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.7 
 
 		 385 aa  207  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  39.11 
 
 		 384 aa  207  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  34.41 
 
 		 376 aa  207  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.22 
 
 		 384 aa  207  3e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.43 
 
 		 385 aa  206  7e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  33.42 
 
 		 380 aa  202  6e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  37.13 
 
 		 377 aa  196  6e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  33.7 
 
 		 393 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  33.33 
 
 		 387 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  33.33 
 
 		 387 aa  194  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  33.33 
 
 		 387 aa  193  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  36.39 
 
 		 400 aa  187  3e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  31.22 
 
 		 381 aa  185  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  32.98 
 
 		 375 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  32.72 
 
 		 375 aa  173  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  31.73 
 
 		 379 aa  172  7.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  32.46 
 
 		 375 aa  171  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  32.99 
 
 		 483 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  32.98 
 
 		 488 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  32.73 
 
 		 488 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  32.57 
 
 		 402 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 372 aa  160  3e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  27.25 
 
 		 353 aa  139  6e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  26.98 
 
 		 353 aa  138  1e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 390 aa  127  3e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  22.61 
 
 		 381 aa  115  8.999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  27.27 
 
 		 371 aa  110  3e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  22.19 
 
 		 387 aa  108  2e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  27.49 
 
 		 371 aa  102  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  27.64 
 
 		 371 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  27.64 
 
 		 371 aa  100  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  28.53 
 
 		 360 aa  101  3e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  27.64 
 
 		 371 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  27.64 
 
 		 371 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  27.64 
 
 		 371 aa  100  5e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  25.96 
 
 		 371 aa  100  5e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  27.1 
 
 		 371 aa  99.8  7e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  27.1 
 
 		 371 aa  99.8  8e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  25.27 
 
 		 371 aa  96.7  6e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  23.98 
 
 		 386 aa  89.7  8e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  30.08 
 
 		 525 aa  77.4  0.0000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  31.5 
 
 		 525 aa  75.9  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  38.89 
 
 		 168 aa  73.9  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  28.7 
 
 		 364 aa  67.8  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  29.09 
 
 		 388 aa  63.2  0.000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  26.25 
 
 		 518 aa  62.8  0.000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  31.16 
 
 		 480 aa  61.2  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  29.85 
 
 		 650 aa  60.8  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 393 aa  60.5  0.00000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  26.9 
 
 		 555 aa  60.5  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2904  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.78 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13710  sugar diacid utilization regulator  32.58 
 
 		 393 aa  57  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  25.14 
 
 		 436 aa  55.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  32.52 
 
 		 478 aa  55.1  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4258  putative transcriptional regulator, PucR family  42.42 
 
 		 547 aa  55.5  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.484226  normal  0.267228 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  28.69 
 
 		 602 aa  54.3  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  22.36 
 
 		 600 aa  53.1  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7392  putative transcriptional regulator, PucR family  23.83 
 
 		 362 aa  52.8  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3753  hypothetical protein  39.34 
 
 		 428 aa  52.8  0.000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.144369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  31.03 
 
 		 442 aa  52.8  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>