256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_2804 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  83.38 
 
 		 385 aa  661    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  83.12 
 
 		 385 aa  660    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  83.38 
 
 		 385 aa  661    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  91.95 
 
 		 385 aa  704    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  84.86 
 
 		 385 aa  667    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  100 
 
 		 385 aa  772    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  84.04 
 
 		 376 aa  650    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  91.69 
 
 		 385 aa  703    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  83.12 
 
 		 385 aa  659    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  84.86 
 
 		 385 aa  667    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  83.12 
 
 		 385 aa  659    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  83.38 
 
 		 385 aa  661    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  84.86 
 
 		 385 aa  667    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  94.81 
 
 		 385 aa  720    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  83.12 
 
 		 385 aa  660    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  84.86 
 
 		 385 aa  667    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  83.55 
 
 		 385 aa  657    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  84.86 
 
 		 385 aa  667    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  69.01 
 
 		 384 aa  557  1e-157  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  46.28 
 
 		 382 aa  340  2e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  46.01 
 
 		 385 aa  340  2e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  48.55 
 
 		 384 aa  338  5.9999999999999996e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  46.28 
 
 		 413 aa  338  8e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  47.48 
 
 		 387 aa  336  5e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 410 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  44.41 
 
 		 383 aa  326  4.0000000000000003e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  42.05 
 
 		 413 aa  326  5e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 410 aa  324  1e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  46.75 
 
 		 400 aa  324  1e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  43.81 
 
 		 407 aa  323  2e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  43.4 
 
 		 413 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  43.4 
 
 		 413 aa  320  3e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  43.12 
 
 		 380 aa  319  3.9999999999999996e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  43.15 
 
 		 413 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 410 aa  319  5e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  41.88 
 
 		 381 aa  307  2.0000000000000002e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  41.49 
 
 		 379 aa  276  3e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  41.73 
 
 		 377 aa  266  5e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  41.56 
 
 		 402 aa  259  6e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  36.91 
 
 		 393 aa  258  8e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  37.43 
 
 		 387 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  37.43 
 
 		 387 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  37.43 
 
 		 387 aa  255  8e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  41.53 
 
 		 488 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  41.53 
 
 		 488 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  41.53 
 
 		 483 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  41.95 
 
 		 376 aa  253  5.000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  36.13 
 
 		 375 aa  228  1e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  36.13 
 
 		 375 aa  228  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  35.6 
 
 		 375 aa  226  4e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 372 aa  219  5e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 374 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  40.27 
 
 		 389 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  38.13 
 
 		 365 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  40.22 
 
 		 365 aa  210  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  39.56 
 
 		 365 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  37.04 
 
 		 363 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  36.77 
 
 		 363 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  36.16 
 
 		 367 aa  191  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  36.04 
 
 		 370 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  37.2 
 
 		 370 aa  186  7e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 371 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 390 aa  163  4.0000000000000004e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  29.53 
 
 		 353 aa  154  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  29.53 
 
 		 353 aa  154  4e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  49.34 
 
 		 168 aa  147  3e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  30.87 
 
 		 371 aa  147  3e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  29.34 
 
 		 371 aa  140  3e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  29.18 
 
 		 371 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  29.23 
 
 		 371 aa  139  6e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  29.23 
 
 		 371 aa  139  6e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  29.23 
 
 		 371 aa  139  6e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  29.23 
 
 		 371 aa  139  6e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  29.63 
 
 		 371 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  29.34 
 
 		 371 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  29.48 
 
 		 371 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  29.94 
 
 		 371 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  24.74 
 
 		 387 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  25.19 
 
 		 381 aa  127  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  26.24 
 
 		 388 aa  113  5e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  24.48 
 
 		 364 aa  103  6e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  23.6 
 
 		 386 aa  98.6  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  25.8 
 
 		 436 aa  89.7  8e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  25.33 
 
 		 350 aa  85.5  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  34.78 
 
 		 360 aa  85.5  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1861  CdaR family transcriptional regulator  22.59 
 
 		 361 aa  77.4  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0198483  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 563 aa  75.9  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  29.27 
 
 		 412 aa  74.3  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 410 aa  73.9  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  28.77 
 
 		 520 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3610  transcriptional regulator, CdaR  25 
 
 		 362 aa  72  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 553 aa  70.9  0.00000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  29.55 
 
 		 518 aa  70.5  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  31.73 
 
 		 525 aa  70.1  0.00000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2908  transcriptional regulator, CdaR  29.56 
 
 		 359 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  30.58 
 
 		 525 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0645  transcriptional regulator, CdaR  26.98 
 
 		 383 aa  68.2  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.867737 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  22.69 
 
 		 364 aa  65.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  28.51 
 
 		 407 aa  64.7  0.000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>