164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3610 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3610  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 		 362 aa  733    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1861  CdaR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 361 aa  316  3e-85  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0198483  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2908  transcriptional regulator, CdaR  41.54 
 
 		 359 aa  265  8.999999999999999e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  50.79 
 
 		 364 aa  256  3e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  32.67 
 
 		 350 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 390 aa  87.4  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  26.47 
 
 		 380 aa  87.4  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2653  hypothetical protein  29.85 
 
 		 313 aa  86.3  8e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2339  hypothetical protein  29.85 
 
 		 313 aa  85.9  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  32.5 
 
 		 436 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  28.71 
 
 		 555 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  23.14 
 
 		 376 aa  81.3  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  30.56 
 
 		 518 aa  76.6  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1425  putative transcriptional regulator, PucR family  25.87 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  28.14 
 
 		 388 aa  73.2  0.000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2339  transcriptional regulator, CdaR  27.56 
 
 		 409 aa  72.8  0.000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.46045  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 393 aa  72.4  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.38 
 
 		 385 aa  72  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  23.51 
 
 		 385 aa  70.5  0.00000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0645  transcriptional regulator, CdaR  22.74 
 
 		 383 aa  69.7  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.867737 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2331  transcriptional regulator, CdaR  31.78 
 
 		 406 aa  69.7  0.00000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  23.67 
 
 		 413 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  31.3 
 
 		 601 aa  67  0.0000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  30.49 
 
 		 525 aa  67  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  31.97 
 
 		 525 aa  66.6  0.0000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 372 aa  66.2  0.0000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 552 aa  66.2  0.0000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  31.11 
 
 		 413 aa  66.2  0.0000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.91 
 
 		 385 aa  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 553 aa  65.1  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  22.52 
 
 		 488 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.63 
 
 		 385 aa  64.3  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  21.23 
 
 		 379 aa  63.9  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2070  transcriptional regulator, CdaR  26.42 
 
 		 469 aa  63.5  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0622  putative transcriptional regulator, PucR family  24.07 
 
 		 300 aa  63.2  0.000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1898  fis-type helix-turn-helix domain-containing protein  27.91 
 
 		 287 aa  62.8  0.000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0263443  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1869  transcriptional regulator, PucR family  32.73 
 
 		 609 aa  62.8  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  22.52 
 
 		 488 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  30.5 
 
 		 402 aa  62  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  24.9 
 
 		 404 aa  62  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  24.42 
 
 		 483 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1633  hypothetical protein  32.06 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.256067  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  30.86 
 
 		 399 aa  61.6  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  23.38 
 
 		 562 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5017  transcriptional regulator, PucR family  30.33 
 
 		 510 aa  61.6  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2100  fis-type helix-turn-helix domain protein  26.75 
 
 		 287 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.147633  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  23.75 
 
 		 739 aa  61.2  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  32.73 
 
 		 538 aa  60.8  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 305 aa  60.1  0.00000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  32.59 
 
 		 399 aa  60.1  0.00000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  21.7 
 
 		 385 aa  59.7  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.7 
 
 		 385 aa  59.7  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  21.7 
 
 		 385 aa  59.7  0.00000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.7 
 
 		 385 aa  59.7  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  21.7 
 
 		 385 aa  59.3  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.43 
 
 		 385 aa  59.3  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.7 
 
 		 385 aa  59.3  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.7 
 
 		 385 aa  59.7  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  26.28 
 
 		 407 aa  58.9  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.7 
 
 		 376 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.7 
 
 		 385 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.7 
 
 		 385 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.7 
 
 		 385 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.7 
 
 		 385 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  21.7 
 
 		 385 aa  59.3  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  19.62 
 
 		 384 aa  58.9  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  21.55 
 
 		 383 aa  58.5  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3098  transcriptional regulator, CdaR  25.15 
 
 		 361 aa  57.8  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102834  normal  0.987358 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  23.87 
 
 		 381 aa  57.8  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  21.97 
 
 		 554 aa  57.4  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  21.83 
 
 		 387 aa  57.4  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  21.87 
 
 		 382 aa  57.4  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 403 aa  57  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20880  purine catabolism regulator-like protein  30.1 
 
 		 585 aa  56.6  0.0000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0170372 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  23.18 
 
 		 410 aa  55.5  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  27.94 
 
 		 410 aa  55.5  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  23.18 
 
 		 410 aa  55.5  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  23.18 
 
 		 410 aa  55.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  23.18 
 
 		 410 aa  55.5  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  28.69 
 
 		 381 aa  55.8  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2347  transcriptional regulator, CdaR  22.86 
 
 		 408 aa  56.2  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00870953  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  23.18 
 
 		 410 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  27.97 
 
 		 618 aa  55.1  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  23.18 
 
 		 410 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  21.95 
 
 		 387 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  21.95 
 
 		 393 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  21.95 
 
 		 387 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  21.95 
 
 		 387 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  24.68 
 
 		 741 aa  54.7  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1512  transcriptional regulator CdaR  25.68 
 
 		 375 aa  54.7  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.428477  normal  0.947433 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  29.53 
 
 		 562 aa  54.3  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 410 aa  54.3  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  21.86 
 
 		 400 aa  54.3  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  27.1 
 
 		 442 aa  53.5  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  20.32 
 
 		 385 aa  53.5  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  43.4 
 
 		 364 aa  53.1  0.000007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1926  helix-turn-helix domain-containing protein  21.62 
 
 		 283 aa  51.6  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  21.2 
 
 		 407 aa  51.2  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  23.7 
 
 		 493 aa  51.6  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  29.92 
 
 		 705 aa  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>