193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2682 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  90.37 
 
 		 407 aa  722    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  97.56 
 
 		 410 aa  819    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  97.56 
 
 		 410 aa  817    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  100 
 
 		 410 aa  840    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  88.02 
 
 		 413 aa  710    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  84.15 
 
 		 413 aa  696    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  88.51 
 
 		 413 aa  715    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  88.26 
 
 		 413 aa  712    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  65.19 
 
 		 413 aa  524  1e-147  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  63.93 
 
 		 385 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  63.12 
 
 		 382 aa  512  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  63.43 
 
 		 387 aa  509  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  61.44 
 
 		 383 aa  501  1e-140  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  42.86 
 
 		 380 aa  343  2.9999999999999997e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43.25 
 
 		 385 aa  324  2e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  43 
 
 		 385 aa  322  8e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43 
 
 		 385 aa  322  8e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  43 
 
 		 385 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  43 
 
 		 385 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43 
 
 		 385 aa  322  9.999999999999999e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43 
 
 		 385 aa  321  9.999999999999999e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43 
 
 		 385 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43 
 
 		 385 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43 
 
 		 385 aa  319  5e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43 
 
 		 385 aa  319  5e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43 
 
 		 385 aa  319  5e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.93 
 
 		 376 aa  319  7e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.5 
 
 		 385 aa  315  9e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.68 
 
 		 385 aa  314  1.9999999999999998e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.43 
 
 		 385 aa  312  5.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.68 
 
 		 385 aa  311  9e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.43 
 
 		 385 aa  311  1e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.3 
 
 		 384 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  42.46 
 
 		 381 aa  308  1.0000000000000001e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  43.58 
 
 		 379 aa  306  6e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  40.35 
 
 		 376 aa  276  4e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  36.52 
 
 		 384 aa  253  3e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  36.11 
 
 		 400 aa  254  3e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  36.68 
 
 		 393 aa  253  6e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  36.75 
 
 		 377 aa  252  7e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  36.9 
 
 		 387 aa  252  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  36.9 
 
 		 387 aa  252  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  36.9 
 
 		 387 aa  252  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 374 aa  231  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  36.07 
 
 		 375 aa  230  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  36.07 
 
 		 375 aa  230  4e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  35.73 
 
 		 375 aa  229  6e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  34.61 
 
 		 389 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  34.61 
 
 		 365 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  34.61 
 
 		 365 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  33 
 
 		 372 aa  206  4e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  34.2 
 
 		 367 aa  205  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  33.5 
 
 		 363 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  34.99 
 
 		 363 aa  199  6e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  34.35 
 
 		 365 aa  196  9e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  34.08 
 
 		 488 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  34.08 
 
 		 488 aa  192  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  34.08 
 
 		 483 aa  192  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  34.41 
 
 		 402 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 390 aa  154  4e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  42.13 
 
 		 370 aa  150  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  42.13 
 
 		 370 aa  150  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  28.8 
 
 		 353 aa  149  8e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 371 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  28.68 
 
 		 353 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  26.5 
 
 		 381 aa  143  6e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  23.58 
 
 		 387 aa  124  3e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  27.18 
 
 		 371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  26.83 
 
 		 371 aa  110  5e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  26.47 
 
 		 371 aa  109  9.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  26.47 
 
 		 371 aa  109  9.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  26.47 
 
 		 371 aa  109  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  26.47 
 
 		 371 aa  109  9.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  28.11 
 
 		 371 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  27.1 
 
 		 371 aa  108  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  27.1 
 
 		 371 aa  106  6e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  26.29 
 
 		 371 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  26.56 
 
 		 371 aa  105  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  34.87 
 
 		 168 aa  100  5e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  25 
 
 		 386 aa  99.8  9e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  24.92 
 
 		 547 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 393 aa  80.9  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  27.97 
 
 		 360 aa  81.6  0.00000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  29.2 
 
 		 364 aa  76.6  0.0000000000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  33.33 
 
 		 520 aa  76.3  0.0000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 403 aa  72.8  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  23.99 
 
 		 525 aa  70.9  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  26.04 
 
 		 518 aa  68.9  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 552 aa  64.7  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  22.7 
 
 		 407 aa  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  21 
 
 		 436 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  32.8 
 
 		 558 aa  61.6  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2339  transcriptional regulator, CdaR  25 
 
 		 409 aa  61.6  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.46045  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  22.95 
 
 		 404 aa  60.8  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  29.63 
 
 		 537 aa  61.2  0.00000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2904  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.03 
 
 		 269 aa  59.7  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  21.59 
 
 		 388 aa  58.9  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  23.36 
 
 		 525 aa  57.4  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 553 aa  57.4  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4405  transcriptional regulator, CdaR  35.77 
 
 		 402 aa  57  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>