155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4276 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  100 
 
 		 552 aa  1085    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  38.68 
 
 		 554 aa  297  4e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  31.62 
 
 		 525 aa  84.3  0.000000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  20.92 
 
 		 555 aa  84  0.000000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  29.68 
 
 		 518 aa  82.4  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  32.87 
 
 		 525 aa  77  0.0000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  22.09 
 
 		 739 aa  71.2  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  34.88 
 
 		 376 aa  69.7  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0691  helix-turn-helix, Fis-type  40.66 
 
 		 486 aa  67.4  0.0000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.819144  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  35.22 
 
 		 558 aa  66.6  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 553 aa  66.2  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  24.83 
 
 		 413 aa  66.2  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3610  transcriptional regulator, CdaR  30.88 
 
 		 362 aa  66.2  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1896  transcriptional regulator, CdaR  31.1 
 
 		 434 aa  65.1  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.612834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7392  putative transcriptional regulator, PucR family  31.9 
 
 		 362 aa  64.7  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3662  transcriptional regulator, PucR family  37.58 
 
 		 481 aa  64.7  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0446387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 410 aa  65.1  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 410 aa  64.7  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  21.84 
 
 		 403 aa  64.3  0.000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 410 aa  64.3  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  27.51 
 
 		 505 aa  63.5  0.000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  25.81 
 
 		 380 aa  63.5  0.000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  27.23 
 
 		 407 aa  63.2  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  24.55 
 
 		 650 aa  62.8  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 563 aa  62.8  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  21.38 
 
 		 740 aa  62.4  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  29.77 
 
 		 404 aa  62.4  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2339  transcriptional regulator, CdaR  22.62 
 
 		 409 aa  62.8  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.46045  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  24.01 
 
 		 404 aa  62  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0388  purine catabolism PurC domain-containing protein  29.84 
 
 		 379 aa  61.2  0.00000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000701457  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  28.13 
 
 		 601 aa  60.5  0.00000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 305 aa  60.1  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  26.39 
 
 		 413 aa  60.1  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2347  transcriptional regulator, CdaR  20.33 
 
 		 408 aa  60.1  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00870953  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  22.63 
 
 		 388 aa  59.3  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  22.84 
 
 		 364 aa  59.3  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  26.39 
 
 		 413 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  25 
 
 		 547 aa  58.9  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  25.11 
 
 		 413 aa  58.9  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  26.39 
 
 		 413 aa  58.5  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  25.43 
 
 		 627 aa  58.2  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  26.4 
 
 		 619 aa  57.8  0.0000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  31.46 
 
 		 405 aa  57.8  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  29.87 
 
 		 436 aa  57.4  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  19.93 
 
 		 412 aa  57.8  0.0000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1957  putative transcriptional regulator, PucR family  34.95 
 
 		 485 aa  57.4  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.665292  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 537 aa  57  0.0000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  20.68 
 
 		 407 aa  57  0.0000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  22.58 
 
 		 538 aa  57  0.0000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  30.79 
 
 		 648 aa  56.6  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3668  transcriptional regulator, CdaR  24.77 
 
 		 534 aa  56.6  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.36524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  25.16 
 
 		 618 aa  56.6  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0407  transcriptional regulator, CdaR  28.47 
 
 		 520 aa  55.5  0.000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1035  PucR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 502 aa  55.8  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0689331 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.17 
 
 		 385 aa  55.8  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  26.06 
 
 		 383 aa  55.1  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.65 
 
 		 385 aa  55.1  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  21.53 
 
 		 413 aa  55.5  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  26.97 
 
 		 558 aa  55.1  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  28.48 
 
 		 385 aa  54.7  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2867  transcriptional regulator, CdaR  29.39 
 
 		 407 aa  54.3  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  26.81 
 
 		 493 aa  54.3  0.000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.65 
 
 		 385 aa  53.9  0.000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  31.74 
 
 		 400 aa  53.9  0.000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2331  transcriptional regulator, CdaR  18.69 
 
 		 406 aa  53.9  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  28.08 
 
 		 665 aa  53.9  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  36.07 
 
 		 365 aa  53.9  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3449  transcriptional regulator, CdaR  29.17 
 
 		 398 aa  53.1  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00146797  hitchhiker  0.00488503 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2051  PucR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 526 aa  53.5  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.4241 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3335  PucR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 517 aa  53.1  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  20.34 
 
 		 381 aa  53.1  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.6 
 
 		 385 aa  52.4  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  22.83 
 
 		 411 aa  52  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  36.07 
 
 		 389 aa  52  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  28.39 
 
 		 402 aa  51.6  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  30.28 
 
 		 168 aa  51.6  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 494 aa  51.6  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  24.09 
 
 		 520 aa  51.2  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  30.7 
 
 		 379 aa  51.2  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  36.07 
 
 		 365 aa  51.6  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  29.77 
 
 		 520 aa  51.6  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  32.14 
 
 		 483 aa  51.2  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  18.39 
 
 		 410 aa  51.2  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0087  CdaR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 383 aa  50.8  0.00006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.39788  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  25.41 
 
 		 562 aa  50.8  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  26.35 
 
 		 387 aa  50.4  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  28.14 
 
 		 614 aa  50.4  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  31.65 
 
 		 488 aa  50.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  28.35 
 
 		 562 aa  50.1  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  28.29 
 
 		 488 aa  50.1  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  35.25 
 
 		 365 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0495  transcriptional regulator, PucR family  26.25 
 
 		 492 aa  49.7  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.579171  normal  0.289183 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0431  putative PucR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 514 aa  50.1  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.517464  normal  0.914585 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1184  transcriptional regulator, CdaR  32.86 
 
 		 555 aa  48.9  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000481254 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  20.36 
 
 		 372 aa  49.7  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0589  hypothetical protein  31.62 
 
 		 408 aa  49.7  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  31.33 
 
 		 637 aa  49.7  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0637  purine catabolism PurC domain-containing protein  33.8 
 
 		 486 aa  48.5  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 477 aa  48.9  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 597 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>