192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2516 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  91.11 
 
 		 407 aa  726    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  100 
 
 		 410 aa  838    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  98.53 
 
 		 410 aa  828    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  97.56 
 
 		 410 aa  801    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  88.75 
 
 		 413 aa  718    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  84.88 
 
 		 413 aa  704    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  89.24 
 
 		 413 aa  724    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  89 
 
 		 413 aa  720    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  65.67 
 
 		 413 aa  528  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  63.93 
 
 		 385 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  63.68 
 
 		 387 aa  511  1e-144  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  63.37 
 
 		 382 aa  514  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  61.44 
 
 		 383 aa  501  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  43.86 
 
 		 380 aa  348  8e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43.25 
 
 		 385 aa  329  4e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  43 
 
 		 385 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  43 
 
 		 385 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43 
 
 		 385 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43 
 
 		 385 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  43 
 
 		 385 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43 
 
 		 385 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43 
 
 		 385 aa  326  6e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43 
 
 		 385 aa  326  6e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43 
 
 		 385 aa  325  9e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43 
 
 		 385 aa  325  9e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43 
 
 		 385 aa  325  9e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.93 
 
 		 376 aa  324  1e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.5 
 
 		 385 aa  320  1.9999999999999998e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43.18 
 
 		 385 aa  319  6e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43.42 
 
 		 385 aa  319  7e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43.67 
 
 		 385 aa  318  7.999999999999999e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  43.42 
 
 		 385 aa  318  9e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.8 
 
 		 384 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  42.71 
 
 		 381 aa  310  2e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  43.83 
 
 		 379 aa  309  6.999999999999999e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  40.35 
 
 		 376 aa  277  2e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  36.36 
 
 		 400 aa  258  1e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  37.01 
 
 		 384 aa  255  8e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  37 
 
 		 377 aa  254  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  36.68 
 
 		 393 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  36.9 
 
 		 387 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  36.9 
 
 		 387 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  36.9 
 
 		 387 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  36 
 
 		 375 aa  230  3e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  35.75 
 
 		 375 aa  229  9e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  35.41 
 
 		 375 aa  229  9e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 374 aa  226  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  34.35 
 
 		 389 aa  206  8e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  34.35 
 
 		 365 aa  205  9e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  33.25 
 
 		 363 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  34.2 
 
 		 367 aa  203  4e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  34.61 
 
 		 365 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  34.75 
 
 		 363 aa  199  7e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 372 aa  199  7e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  34.33 
 
 		 488 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  34.33 
 
 		 488 aa  195  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  34.66 
 
 		 402 aa  195  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  34.33 
 
 		 483 aa  195  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  34.35 
 
 		 365 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  30.98 
 
 		 370 aa  189  7e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 390 aa  154  2.9999999999999998e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  40.39 
 
 		 370 aa  150  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  28.8 
 
 		 353 aa  148  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 371 aa  147  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  28.68 
 
 		 353 aa  146  5e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  26.5 
 
 		 381 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  23.45 
 
 		 387 aa  123  6e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  27.43 
 
 		 371 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  27.64 
 
 		 371 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  27.64 
 
 		 371 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  27.37 
 
 		 371 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  27.64 
 
 		 371 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  27.64 
 
 		 371 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  29.19 
 
 		 371 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  28.18 
 
 		 371 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  27.37 
 
 		 371 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  27.91 
 
 		 371 aa  108  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  27.1 
 
 		 371 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  24.49 
 
 		 386 aa  101  2e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  34.87 
 
 		 168 aa  99.8  7e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  25.06 
 
 		 393 aa  81.3  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  27.97 
 
 		 360 aa  81.3  0.00000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  24.92 
 
 		 547 aa  80.1  0.00000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  26.32 
 
 		 364 aa  76.3  0.000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  24.77 
 
 		 525 aa  73.9  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  33.1 
 
 		 520 aa  73.6  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 403 aa  67.8  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  26.79 
 
 		 518 aa  67  0.0000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 552 aa  64.7  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  22.17 
 
 		 436 aa  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  21 
 
 		 388 aa  63.5  0.000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  30.37 
 
 		 537 aa  63.2  0.000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  26.87 
 
 		 558 aa  62  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  23.1 
 
 		 407 aa  61.2  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  23.36 
 
 		 525 aa  61.6  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  23.93 
 
 		 404 aa  60.8  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2904  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.03 
 
 		 269 aa  59.3  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 553 aa  57  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4405  transcriptional regulator, CdaR  35.77 
 
 		 402 aa  56.6  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  32.77 
 
 		 350 aa  56.2  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>