More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0390 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  88.55 
 
 		 525 aa  909    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 		 525 aa  1031    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  56.11 
 
 		 518 aa  511  1e-143  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 477 aa  210  5e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 553 aa  159  2e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  27.32 
 
 		 558 aa  147  5e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  23.65 
 
 		 555 aa  130  6e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  28.28 
 
 		 520 aa  124  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  26.12 
 
 		 493 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  27.36 
 
 		 407 aa  120  7e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  27.69 
 
 		 538 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 305 aa  104  3e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 537 aa  103  5e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 403 aa  102  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 564 aa  102  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  27.13 
 
 		 740 aa  96.7  9e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  33.97 
 
 		 619 aa  96.3  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  26.33 
 
 		 739 aa  95.5  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 563 aa  95.9  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 390 aa  94.7  4e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5017  transcriptional regulator, PucR family  30.12 
 
 		 510 aa  94  6e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  29.39 
 
 		 618 aa  92  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  32.57 
 
 		 665 aa  92.4  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2216  transcriptional regulator, PucR family  20.21 
 
 		 542 aa  90.5  7e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  31.6 
 
 		 376 aa  89  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  20.33 
 
 		 537 aa  87.8  4e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0388  purine catabolism PurC domain-containing protein  34.72 
 
 		 379 aa  87.8  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000701457  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  24.77 
 
 		 601 aa  86.7  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  38.3 
 
 		 705 aa  86.3  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 552 aa  86.3  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0764  putative transcriptional regulator, PucR family  30.24 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.829875  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5254  putative transcriptional regulator, PucR family  33.08 
 
 		 415 aa  85.5  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  29.86 
 
 		 547 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0495  transcriptional regulator, PucR family  33.8 
 
 		 492 aa  84.3  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.579171  normal  0.289183 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  31.55 
 
 		 627 aa  84  0.000000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  38.4 
 
 		 411 aa  84  0.000000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  31.16 
 
 		 385 aa  84  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  31.16 
 
 		 385 aa  84  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  31.16 
 
 		 385 aa  83.6  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  31.16 
 
 		 385 aa  83.6  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  31.16 
 
 		 385 aa  83.6  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1641  transcriptional regulator, CdaR  32.13 
 
 		 416 aa  83.6  0.000000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  25.71 
 
 		 505 aa  83.2  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 374 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  33.8 
 
 		 412 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  38.32 
 
 		 558 aa  81.6  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3866  transcriptional regulator, PucR family  27.54 
 
 		 557 aa  81.3  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  31.12 
 
 		 645 aa  81.3  0.00000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  30.93 
 
 		 650 aa  80.5  0.00000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  31.16 
 
 		 385 aa  79.7  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  36.55 
 
 		 410 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  36.55 
 
 		 410 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  31.16 
 
 		 385 aa  79.7  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  36.55 
 
 		 410 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.7 
 
 		 385 aa  79.7  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  29.41 
 
 		 380 aa  79.7  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  36.55 
 
 		 410 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  36.55 
 
 		 410 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  36.55 
 
 		 410 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  36.55 
 
 		 410 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  31.16 
 
 		 385 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.86 
 
 		 385 aa  79  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  34.19 
 
 		 399 aa  79.3  0.0000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2555  PucR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 524 aa  79  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.13215  normal  0.819457 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  31.16 
 
 		 385 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  31.16 
 
 		 385 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  31.16 
 
 		 376 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  31.16 
 
 		 385 aa  78.6  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20880  purine catabolism regulator-like protein  24.18 
 
 		 585 aa  77.8  0.0000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0170372 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  19.68 
 
 		 562 aa  77.8  0.0000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  32.95 
 
 		 637 aa  77.8  0.0000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  28.17 
 
 		 553 aa  77.8  0.0000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  31.29 
 
 		 399 aa  77.4  0.0000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  39.05 
 
 		 520 aa  77.4  0.0000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  25.73 
 
 		 543 aa  77.4  0.0000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  32.08 
 
 		 648 aa  77  0.0000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  33.22 
 
 		 384 aa  76.6  0.0000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1869  transcriptional regulator, PucR family  39.26 
 
 		 609 aa  76.6  0.0000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3449  transcriptional regulator, CdaR  29.21 
 
 		 398 aa  76.3  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00146797  hitchhiker  0.00488503 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  26.43 
 
 		 478 aa  76.3  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  42.05 
 
 		 480 aa  75.9  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  25.78 
 
 		 404 aa  75.5  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  28.74 
 
 		 425 aa  75.1  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  38.51 
 
 		 501 aa  74.7  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  40.16 
 
 		 404 aa  74.7  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  34.27 
 
 		 436 aa  74.3  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  24.21 
 
 		 388 aa  73.9  0.000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  31.73 
 
 		 385 aa  73.9  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3610  transcriptional regulator, CdaR  31.71 
 
 		 362 aa  73.9  0.000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2908  transcriptional regulator, CdaR  26.55 
 
 		 359 aa  73.2  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1861  CdaR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 361 aa  73.2  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0198483  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  25.69 
 
 		 353 aa  72.4  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 410 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.66 
 
 		 385 aa  72.8  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  28.27 
 
 		 364 aa  72  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1029  transcriptional regulator CdaR  27.74 
 
 		 536 aa  72  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.133296 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2347  transcriptional regulator, CdaR  24.23 
 
 		 408 aa  72  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00870953  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  30.63 
 
 		 647 aa  71.6  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 597 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  31.23 
 
 		 614 aa  71.2  0.00000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>