287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2017 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  100 
 
 		 564 aa  1083    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  32.78 
 
 		 558 aa  139  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1641  transcriptional regulator, CdaR  50 
 
 		 416 aa  136  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  27.83 
 
 		 555 aa  130  8.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 403 aa  123  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5254  putative transcriptional regulator, PucR family  42.35 
 
 		 415 aa  119  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 563 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  30.75 
 
 		 305 aa  110  6e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 553 aa  108  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  30.21 
 
 		 518 aa  107  4e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  39.19 
 
 		 705 aa  102  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  24.7 
 
 		 740 aa  100  9e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  30.12 
 
 		 525 aa  96.3  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 537 aa  92.4  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  29.39 
 
 		 525 aa  89.4  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  24.68 
 
 		 407 aa  89  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0645  transcriptional regulator, CdaR  34.06 
 
 		 383 aa  84.7  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.867737 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  32.17 
 
 		 601 aa  84  0.000000000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0388  purine catabolism PurC domain-containing protein  32.87 
 
 		 379 aa  84  0.000000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000701457  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  25.62 
 
 		 547 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  25.29 
 
 		 739 aa  80.9  0.00000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  26.21 
 
 		 562 aa  80.1  0.00000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  25.89 
 
 		 520 aa  79  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  26.56 
 
 		 538 aa  79.3  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  25.09 
 
 		 404 aa  77.8  0.0000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1023  putative transcriptional regulator, PucR family  28.48 
 
 		 518 aa  76.6  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0774134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 390 aa  76.6  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2216  transcriptional regulator, PucR family  28.03 
 
 		 542 aa  75.5  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5287  CdaR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 429 aa  74.3  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  34.69 
 
 		 501 aa  74.3  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5376  CdaR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 429 aa  74.3  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5666  CdaR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 429 aa  74.3  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  29.93 
 
 		 364 aa  73.9  0.000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  28.46 
 
 		 399 aa  73.6  0.000000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  28.29 
 
 		 404 aa  73.2  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  27.69 
 
 		 399 aa  73.2  0.00000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1869  transcriptional regulator, PucR family  32.41 
 
 		 609 aa  73.2  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  26.35 
 
 		 537 aa  73.2  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  29.64 
 
 		 665 aa  72.4  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1487  hypothetical protein  26.23 
 
 		 438 aa  72.8  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 552 aa  71.6  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 659 aa  70.9  0.00000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3188  hypothetical protein  24.61 
 
 		 389 aa  70.5  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2528  PucR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 405 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0819646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  25.85 
 
 		 618 aa  70.1  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  26.51 
 
 		 616 aa  69.7  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  27.27 
 
 		 413 aa  68.6  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 477 aa  67.4  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1512  transcriptional regulator CdaR  33.33 
 
 		 375 aa  67  0.0000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.428477  normal  0.947433 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2209  PucR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 405 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.75848 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  33.55 
 
 		 520 aa  65.9  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  29.32 
 
 		 637 aa  65.5  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  32.21 
 
 		 480 aa  65.9  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  30.71 
 
 		 350 aa  65.1  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  39.56 
 
 		 543 aa  65.5  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  30.77 
 
 		 385 aa  65.1  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  19.17 
 
 		 562 aa  64.7  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  24.49 
 
 		 388 aa  64.7  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2908  transcriptional regulator, CdaR  26.17 
 
 		 359 aa  64.7  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0801  transcriptional regulator, CdaR  33.58 
 
 		 454 aa  65.1  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.140313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3098  transcriptional regulator, CdaR  30.72 
 
 		 361 aa  64.3  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102834  normal  0.987358 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  29.66 
 
 		 505 aa  64.3  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0789  putative transcriptional regulator, PucR family  27.06 
 
 		 421 aa  64.3  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.691092  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1854  purine catabolism PurC domain-containing protein  34.78 
 
 		 501 aa  64.3  0.000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.160669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  39.08 
 
 		 478 aa  63.9  0.000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20880  purine catabolism regulator-like protein  25.68 
 
 		 585 aa  63.9  0.000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0170372 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  23.62 
 
 		 425 aa  63.5  0.000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0552  transcriptional regulator, CdaR  27.92 
 
 		 513 aa  63.2  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.37 
 
 		 385 aa  62.4  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  28.18 
 
 		 558 aa  62  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0042  purine catabolism PurC domain-containing protein  33.08 
 
 		 459 aa  62.8  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250157 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.37 
 
 		 385 aa  62.4  0.00000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2290  transcriptional regulator, CdaR  30.2 
 
 		 403 aa  62.8  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0424892 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4405  transcriptional regulator, CdaR  32.61 
 
 		 402 aa  62.8  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  26.32 
 
 		 385 aa  62  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  26.32 
 
 		 385 aa  62  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.32 
 
 		 385 aa  62  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  23.82 
 
 		 600 aa  62  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  26.32 
 
 		 385 aa  62  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.32 
 
 		 385 aa  62  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.32 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 410 aa  61.6  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.32 
 
 		 376 aa  61.6  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.98 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.98 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.98 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.98 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.98 
 
 		 385 aa  61.2  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.32 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3378  purine catabolism PurC domain-containing protein  35.48 
 
 		 445 aa  60.5  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264385  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  30.07 
 
 		 385 aa  60.5  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  19.25 
 
 		 381 aa  60.5  0.00000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1861  CdaR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 361 aa  60.5  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0198483  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  28.78 
 
 		 436 aa  60.1  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  29.61 
 
 		 537 aa  60.1  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  25.16 
 
 		 616 aa  59.7  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  24.09 
 
 		 412 aa  60.1  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  29.45 
 
 		 514 aa  60.1  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1604  putative GAF sensor protein  32.75 
 
 		 631 aa  60.1  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0719591 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  29.33 
 
 		 644 aa  59.7  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>