298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06864 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  100 
 
 		 376 aa  767    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  60.79 
 
 		 380 aa  483  1e-135  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  56.8 
 
 		 379 aa  402  1e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  43.31 
 
 		 383 aa  322  9.000000000000001e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  42.74 
 
 		 387 aa  317  2e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  43.24 
 
 		 382 aa  316  4e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  39.21 
 
 		 413 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  41.69 
 
 		 385 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 410 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 410 aa  302  7.000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  41.53 
 
 		 413 aa  298  1e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  39.39 
 
 		 413 aa  296  5e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  39.39 
 
 		 413 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  40 
 
 		 407 aa  293  3e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  39.14 
 
 		 413 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 410 aa  292  7e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.69 
 
 		 385 aa  273  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.69 
 
 		 385 aa  273  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  41.49 
 
 		 385 aa  272  6e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.69 
 
 		 385 aa  272  8.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.69 
 
 		 385 aa  272  8.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.69 
 
 		 385 aa  272  8.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.96 
 
 		 385 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.96 
 
 		 385 aa  270  4e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.69 
 
 		 385 aa  270  4e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  40.16 
 
 		 385 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  40.16 
 
 		 385 aa  267  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.16 
 
 		 385 aa  267  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.43 
 
 		 384 aa  267  2e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.16 
 
 		 385 aa  267  2e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  40.16 
 
 		 385 aa  267  2e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.43 
 
 		 385 aa  267  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.16 
 
 		 385 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.58 
 
 		 385 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  40.05 
 
 		 376 aa  265  1e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  38.87 
 
 		 381 aa  258  1e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  38.77 
 
 		 384 aa  249  5e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  37.67 
 
 		 375 aa  241  1e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  36.41 
 
 		 393 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  36.41 
 
 		 387 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  36.41 
 
 		 387 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  36.41 
 
 		 387 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  37.6 
 
 		 375 aa  237  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  37.47 
 
 		 377 aa  237  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  37.13 
 
 		 375 aa  237  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 374 aa  225  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 372 aa  223  3e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  35.79 
 
 		 400 aa  217  2.9999999999999998e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  37.6 
 
 		 370 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  35.26 
 
 		 365 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  36.9 
 
 		 370 aa  206  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  33.61 
 
 		 365 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  33.61 
 
 		 389 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  33.88 
 
 		 365 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  34.04 
 
 		 363 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  34.91 
 
 		 488 aa  199  7e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  32.39 
 
 		 367 aa  199  7.999999999999999e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  34.56 
 
 		 402 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  35.98 
 
 		 363 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  34.65 
 
 		 488 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  34.65 
 
 		 483 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  36.34 
 
 		 371 aa  189  7e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  30.32 
 
 		 353 aa  168  1e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  30.05 
 
 		 353 aa  166  9e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 390 aa  163  4.0000000000000004e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  30.25 
 
 		 371 aa  154  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  27.18 
 
 		 381 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  30.86 
 
 		 371 aa  140  3e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  29.17 
 
 		 371 aa  138  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  28.36 
 
 		 371 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  28.4 
 
 		 371 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 371 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  29.79 
 
 		 371 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 371 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  29.79 
 
 		 371 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  29.67 
 
 		 371 aa  133  5e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  29.46 
 
 		 371 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  25.07 
 
 		 387 aa  115  1.0000000000000001e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  26.23 
 
 		 386 aa  103  5e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  36.18 
 
 		 168 aa  102  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  24.41 
 
 		 364 aa  93.6  5e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  33.08 
 
 		 525 aa  85.9  9e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  25.69 
 
 		 555 aa  82  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  26.96 
 
 		 388 aa  81.6  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  24.78 
 
 		 364 aa  81.6  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3610  transcriptional regulator, CdaR  21.69 
 
 		 362 aa  80.9  0.00000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  31.6 
 
 		 525 aa  76.6  0.0000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  24.29 
 
 		 350 aa  75.5  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  26.16 
 
 		 407 aa  75.5  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1861  CdaR family transcriptional regulator  19.36 
 
 		 361 aa  75.9  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0198483  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  27.27 
 
 		 518 aa  74.7  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  36.28 
 
 		 360 aa  73.6  0.000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 393 aa  72.4  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  30.46 
 
 		 412 aa  71.2  0.00000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 552 aa  69.3  0.00000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  28.75 
 
 		 411 aa  68.6  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2100  fis-type helix-turn-helix domain protein  27.27 
 
 		 287 aa  67  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.147633  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  34.72 
 
 		 442 aa  65.1  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1898  fis-type helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 287 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0263443  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1633  hypothetical protein  37.5 
 
 		 287 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.256067  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>