216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_3621 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  100 
 
 		 384 aa  791    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  69.79 
 
 		 385 aa  543  1e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  69.27 
 
 		 385 aa  541  1e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  69.01 
 
 		 385 aa  541  1e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  68.49 
 
 		 385 aa  540  9.999999999999999e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  66.15 
 
 		 385 aa  535  1e-151  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  66.15 
 
 		 385 aa  534  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  66.58 
 
 		 385 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  66.58 
 
 		 385 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  66.41 
 
 		 385 aa  537  1e-151  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  66.32 
 
 		 385 aa  536  1e-151  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  66.15 
 
 		 385 aa  535  1e-151  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  66.15 
 
 		 385 aa  535  1e-151  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  65.89 
 
 		 385 aa  533  1e-150  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  66.32 
 
 		 385 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  66.32 
 
 		 385 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  65.89 
 
 		 385 aa  533  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  66.32 
 
 		 385 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  66.67 
 
 		 376 aa  528  1e-149  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  47.49 
 
 		 384 aa  342  5.999999999999999e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  43.35 
 
 		 385 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  42.29 
 
 		 383 aa  317  2e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 410 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 410 aa  311  9e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  41.99 
 
 		 407 aa  311  2e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  41.49 
 
 		 387 aa  310  2e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  41.45 
 
 		 413 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  42.55 
 
 		 413 aa  309  5.9999999999999995e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  39.66 
 
 		 413 aa  308  9e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 410 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  41.19 
 
 		 413 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  43.12 
 
 		 400 aa  306  3e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  41.19 
 
 		 413 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  40.96 
 
 		 382 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  42.09 
 
 		 381 aa  294  2e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  39.63 
 
 		 380 aa  284  2.0000000000000002e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  39.1 
 
 		 379 aa  259  7e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  41.8 
 
 		 488 aa  254  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  41.53 
 
 		 488 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  41.53 
 
 		 483 aa  250  3e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  40.59 
 
 		 377 aa  250  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  41.53 
 
 		 402 aa  249  5e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  40.43 
 
 		 376 aa  244  9.999999999999999e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  34.76 
 
 		 393 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  34.76 
 
 		 387 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  34.76 
 
 		 387 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  34.49 
 
 		 387 aa  236  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  37.53 
 
 		 375 aa  223  4e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  36.73 
 
 		 375 aa  221  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  36.63 
 
 		 375 aa  220  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 374 aa  207  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 372 aa  202  6e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  37.67 
 
 		 389 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  37.6 
 
 		 365 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  37.6 
 
 		 365 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  37.88 
 
 		 365 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  33.61 
 
 		 367 aa  178  1e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  34.77 
 
 		 370 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  34.55 
 
 		 363 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  33.96 
 
 		 370 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  33.51 
 
 		 363 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 371 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  27.68 
 
 		 353 aa  143  6e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  27.68 
 
 		 353 aa  142  7e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  44.81 
 
 		 168 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 390 aa  140  3.9999999999999997e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  28.16 
 
 		 371 aa  133  6e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  25.68 
 
 		 381 aa  126  5e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  25.5 
 
 		 371 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  25.5 
 
 		 371 aa  116  5e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  25.5 
 
 		 371 aa  116  5e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  25.5 
 
 		 371 aa  116  5e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  25.5 
 
 		 371 aa  116  5e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  26.36 
 
 		 371 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  26.06 
 
 		 371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  26.35 
 
 		 371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  23.32 
 
 		 387 aa  114  3e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  26.76 
 
 		 371 aa  114  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  26.48 
 
 		 371 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  25.24 
 
 		 386 aa  102  8e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  24.44 
 
 		 388 aa  91.7  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  23.53 
 
 		 436 aa  75.1  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  33.33 
 
 		 350 aa  74.3  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  30.87 
 
 		 360 aa  73.9  0.000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  29.43 
 
 		 518 aa  67.4  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 393 aa  67.4  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 563 aa  65.5  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  24.88 
 
 		 412 aa  65.1  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0645  transcriptional regulator, CdaR  27.24 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.867737 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  26.55 
 
 		 364 aa  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0531  transcriptional regulator, PucR family  37.08 
 
 		 512 aa  63.2  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  27.66 
 
 		 520 aa  62.8  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1423  putative transcriptional regulator, PucR family  39.02 
 
 		 374 aa  62  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.130403  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  23.27 
 
 		 411 aa  62  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  25.26 
 
 		 525 aa  60.5  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0622  putative transcriptional regulator, PucR family  23.59 
 
 		 300 aa  60.5  0.00000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2908  transcriptional regulator, CdaR  50 
 
 		 359 aa  60.1  0.00000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 305 aa  58.9  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  27.01 
 
 		 525 aa  59.3  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  28.26 
 
 		 407 aa  57.4  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>