179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3281 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  100 
 
 		 363 aa  733    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  88.4 
 
 		 363 aa  650    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  54.77 
 
 		 374 aa  379  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  54.24 
 
 		 365 aa  339  5e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  55.81 
 
 		 365 aa  339  5e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  53.95 
 
 		 389 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  53.98 
 
 		 367 aa  333  4e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  53.54 
 
 		 365 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  50.14 
 
 		 370 aa  296  5e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  50.43 
 
 		 370 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  48.88 
 
 		 371 aa  251  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  36.81 
 
 		 387 aa  223  4e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  36.51 
 
 		 413 aa  210  3e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 410 aa  209  8e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 410 aa  207  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  35.86 
 
 		 385 aa  206  5e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  36.17 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  36.17 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  36.17 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.17 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.7 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.17 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.7 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.7 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  34.11 
 
 		 407 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 410 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.17 
 
 		 385 aa  199  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.7 
 
 		 385 aa  200  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.7 
 
 		 385 aa  200  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.17 
 
 		 385 aa  199  5e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.02 
 
 		 376 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.77 
 
 		 385 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  33.95 
 
 		 382 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.51 
 
 		 385 aa  197  3e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  35.45 
 
 		 380 aa  196  5.000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.97 
 
 		 385 aa  196  7e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.24 
 
 		 385 aa  195  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.24 
 
 		 385 aa  194  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  33.25 
 
 		 413 aa  192  8e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  32.67 
 
 		 413 aa  192  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  33.5 
 
 		 413 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  33.25 
 
 		 413 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  32.81 
 
 		 383 aa  190  4e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  32.37 
 
 		 381 aa  184  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 376 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  34.32 
 
 		 393 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  34.32 
 
 		 387 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  34.32 
 
 		 387 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  37.47 
 
 		 384 aa  179  9e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  34.32 
 
 		 387 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  34.69 
 
 		 377 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  35.54 
 
 		 400 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  34.3 
 
 		 384 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  33.51 
 
 		 379 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  33.24 
 
 		 375 aa  162  6e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 372 aa  162  1e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  32.97 
 
 		 375 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  32.14 
 
 		 375 aa  157  3e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  33.77 
 
 		 402 aa  155  8e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  33.51 
 
 		 483 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 488 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  33.33 
 
 		 488 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  28.22 
 
 		 353 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  27.95 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 390 aa  123  4e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  28.82 
 
 		 371 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  28.06 
 
 		 371 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  23.35 
 
 		 387 aa  113  5e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  27.65 
 
 		 371 aa  112  9e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  27.65 
 
 		 371 aa  112  9e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  27.65 
 
 		 371 aa  112  9e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  27.65 
 
 		 371 aa  112  9e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  28.57 
 
 		 371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  28.83 
 
 		 371 aa  110  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  27.25 
 
 		 371 aa  108  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  25.75 
 
 		 381 aa  105  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  26.47 
 
 		 371 aa  103  6e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  27.03 
 
 		 371 aa  103  6e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  24.73 
 
 		 386 aa  94  4e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  38.81 
 
 		 360 aa  91.7  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  35.29 
 
 		 168 aa  72.4  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  29.69 
 
 		 364 aa  64.3  0.000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  27.55 
 
 		 518 aa  60.5  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  41.56 
 
 		 480 aa  59.7  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  47.46 
 
 		 525 aa  56.2  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2904  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  40.79 
 
 		 269 aa  56.2  0.0000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  46.43 
 
 		 478 aa  55.5  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  47.46 
 
 		 525 aa  56.2  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  34.18 
 
 		 650 aa  55.1  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0645  transcriptional regulator, CdaR  40.26 
 
 		 383 aa  54.7  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.867737 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2723  putative transcriptional regulator, PucR family  42.37 
 
 		 429 aa  53.5  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3619  PucR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 408 aa  53.1  0.000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000689812 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3120  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  35.53 
 
 		 418 aa  52.8  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.550646  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0879  hypothetical protein  41.07 
 
 		 384 aa  52  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0278062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  38.2 
 
 		 388 aa  52  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3926  putative transcriptional regulator, PucR family  40.23 
 
 		 399 aa  52.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00603602 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  40.32 
 
 		 436 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  36.67 
 
 		 413 aa  51.2  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2780  hypothetical protein  38.98 
 
 		 428 aa  50.8  0.00003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.311956  normal  0.906979 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3377  hypothetical protein  41.07 
 
 		 473 aa  50.8  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.541372  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>