236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3377 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009953  Sare_3619  PucR family transcriptional regulator  96.08 
 
 		 408 aa  691    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000689812 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3377  hypothetical protein  100 
 
 		 473 aa  922    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.541372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4807  putative transcriptional regulator, PucR family  67.1 
 
 		 386 aa  483  1e-135  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.525155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3509  putative transcriptional regulator, PucR family  57.22 
 
 		 392 aa  387  1e-106  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1642  putative transcriptional regulator, PucR family  52.63 
 
 		 393 aa  373  1e-102  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.275459  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1991  CdaR family transcriptional regulator  53.91 
 
 		 403 aa  369  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540017  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14120  transcriptional regulator, CdaR family  52.94 
 
 		 397 aa  368  1e-100  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.261126  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2149  transcriptional regulator, CdaR  53.98 
 
 		 408 aa  354  2e-96  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2948  putative transcriptional regulator, PucR family  53.75 
 
 		 420 aa  351  2e-95  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0167209  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2368  putative PucR family transcriptional regulator  53.56 
 
 		 425 aa  347  2e-94  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00862332 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1514  putative transcriptional regulator, PucR family  51.32 
 
 		 419 aa  342  7e-93  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0197746 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0879  hypothetical protein  54.62 
 
 		 384 aa  337  2.9999999999999997e-91  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0278062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2204  putative transcriptional regulator, PucR family  48.56 
 
 		 414 aa  333  5e-90  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000832377 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7053  transcriptional regulator, CdaR  51.83 
 
 		 404 aa  332  1e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6808  putative transcriptional regulator, PucR family  51.79 
 
 		 421 aa  329  6e-89  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2465  hypothetical protein  48.82 
 
 		 426 aa  319  9e-86  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00557093  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1972  hypothetical protein  53.76 
 
 		 373 aa  318  1e-85  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1808  putative transcriptional regulator, PucR family  50.53 
 
 		 397 aa  316  5e-85  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.583872  normal  0.0100346 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1328  putative transcriptional regulator, PucR family  50.13 
 
 		 393 aa  315  8e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10300  regulator of polyketide synthase expression  50.91 
 
 		 413 aa  315  9e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.10355 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2134  putative transcriptional regulator, PucR family  52.49 
 
 		 394 aa  315  9.999999999999999e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09330  hypothetical protein  49.47 
 
 		 400 aa  315  9.999999999999999e-85  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.484292  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3342  putative transcriptional regulator, PucR family  54.64 
 
 		 425 aa  313  3.9999999999999997e-84  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.455149  normal  0.209688 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3480  regulator of polyketide synthase expression-like  43.04 
 
 		 539 aa  305  1.0000000000000001e-81  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2052  putative transcriptional regulator, PucR family  51.32 
 
 		 429 aa  285  2.0000000000000002e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.171524  decreased coverage  0.00281905 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3120  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  44.74 
 
 		 418 aa  278  2e-73  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.550646  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12040  transcriptional regulator, CdaR family  49.58 
 
 		 393 aa  271  2e-71  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0292097  normal  0.187885 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2723  putative transcriptional regulator, PucR family  41.75 
 
 		 429 aa  270  4e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3753  hypothetical protein  45.03 
 
 		 428 aa  269  8e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.144369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3363  hypothetical protein  44.79 
 
 		 428 aa  263  4e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.20255  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3374  hypothetical protein  44.79 
 
 		 428 aa  263  4e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.238884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12271  hypothetical protein  44.96 
 
 		 414 aa  263  4e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000339947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3425  hypothetical protein  44.53 
 
 		 428 aa  262  1e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2780  hypothetical protein  43.23 
 
 		 428 aa  259  1e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.311956  normal  0.906979 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1266  PucR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 479 aa  200  5e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.330502 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1203  hypothetical protein  40.85 
 
 		 453 aa  102  1e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000129823 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1627  regulator of polyketide synthase expression  44.68 
 
 		 276 aa  102  2e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 305 aa  69.7  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6541  hypothetical protein  33.17 
 
 		 246 aa  68.6  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.193415 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  33.33 
 
 		 648 aa  66.6  0.0000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  50 
 
 		 525 aa  63.5  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  50 
 
 		 525 aa  62.8  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 553 aa  61.6  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3449  transcriptional regulator, CdaR  44.76 
 
 		 398 aa  61.6  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00146797  hitchhiker  0.00488503 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  51.02 
 
 		 376 aa  62  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  39.71 
 
 		 518 aa  61.2  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  47.83 
 
 		 380 aa  59.7  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  42.03 
 
 		 480 aa  59.7  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4288  transcriptional regulator, CdaR  26.62 
 
 		 387 aa  58.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.743775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5287  CdaR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 429 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5376  CdaR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 429 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5666  CdaR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 429 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  42.47 
 
 		 404 aa  58.2  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  48.33 
 
 		 558 aa  58.5  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  41.54 
 
 		 353 aa  57.8  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  41.54 
 
 		 353 aa  57.8  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  42.65 
 
 		 478 aa  57.4  0.0000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  41.27 
 
 		 371 aa  57  0.0000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0042  purine catabolism PurC domain-containing protein  41.27 
 
 		 459 aa  56.6  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250157 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  41.27 
 
 		 350 aa  56.6  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  44.68 
 
 		 379 aa  56.2  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  30.5 
 
 		 388 aa  55.8  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2197  transcriptional regulator, PucR family  37.31 
 
 		 540 aa  55.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000143617  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  35.82 
 
 		 407 aa  54.3  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  29.52 
 
 		 412 aa  54.3  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2867  transcriptional regulator, CdaR  42.57 
 
 		 407 aa  53.1  0.000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0801  transcriptional regulator, CdaR  38.67 
 
 		 454 aa  53.5  0.000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.140313  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  32.67 
 
 		 371 aa  52.8  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  32.67 
 
 		 371 aa  52.8  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  32.67 
 
 		 371 aa  53.1  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  32.67 
 
 		 371 aa  52.8  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  32.67 
 
 		 371 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  32.41 
 
 		 371 aa  53.1  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3217  transcriptional regulator, CdaR  48.28 
 
 		 431 aa  53.1  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0250091  normal  0.197749 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  39.62 
 
 		 364 aa  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  30.4 
 
 		 371 aa  52  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5234  putative DNA-binding protein  45.07 
 
 		 515 aa  52.8  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.198671  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  31.48 
 
 		 371 aa  52  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3547  CdaR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 532 aa  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.86 
 
 		 385 aa  52.4  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  45.59 
 
 		 637 aa  52.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5322  putative DNA-binding protein  45.07 
 
 		 515 aa  52.8  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.266784 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0117  transcriptional regulator, CdaR  38.38 
 
 		 411 aa  52.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.646192  normal  0.0132298 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5614  putative DNA-binding protein  45.07 
 
 		 515 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.3289 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2598  transcriptional regulator CdaR  44.62 
 
 		 511 aa  52  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2798  putative DNA-binding protein  42.17 
 
 		 530 aa  52  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.322592  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 494 aa  51.6  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.03 
 
 		 385 aa  51.6  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 390 aa  51.6  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  43.56 
 
 		 405 aa  51.6  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3970  putative transcriptional regulator, PucR family  39.47 
 
 		 406 aa  51.6  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00695384  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2339  hypothetical protein  18.92 
 
 		 313 aa  51.6  0.00003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 563 aa  52  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3378  purine catabolism PurC domain-containing protein  41.67 
 
 		 445 aa  52  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264385  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  41.07 
 
 		 363 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2653  hypothetical protein  18.92 
 
 		 313 aa  51.2  0.00004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1489  transcriptional regulator, PucR family  37.85 
 
 		 504 aa  51.2  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0802599 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  33.33 
 
 		 371 aa  51.2  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  42.55 
 
 		 383 aa  51.2  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  33.33 
 
 		 371 aa  50.8  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>