232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1972 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_1972  hypothetical protein  100 
 
 		 373 aa  734    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2948  putative transcriptional regulator, PucR family  77.01 
 
 		 420 aa  531  1e-150  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0167209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1642  putative transcriptional regulator, PucR family  62.57 
 
 		 393 aa  473  1e-132  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.275459  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2368  putative PucR family transcriptional regulator  61.89 
 
 		 425 aa  432  1e-120  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00862332 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7053  transcriptional regulator, CdaR  62.37 
 
 		 404 aa  429  1e-119  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14120  transcriptional regulator, CdaR family  52.97 
 
 		 397 aa  367  1e-100  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.261126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1991  CdaR family transcriptional regulator  53.35 
 
 		 403 aa  361  1e-98  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540017  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2149  transcriptional regulator, CdaR  55.28 
 
 		 408 aa  356  3.9999999999999996e-97  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6808  putative transcriptional regulator, PucR family  52.88 
 
 		 421 aa  355  1e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0879  hypothetical protein  56.33 
 
 		 384 aa  353  2.9999999999999997e-96  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0278062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1514  putative transcriptional regulator, PucR family  52.29 
 
 		 419 aa  343  2.9999999999999997e-93  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0197746 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3509  putative transcriptional regulator, PucR family  52.3 
 
 		 392 aa  335  7.999999999999999e-91  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1808  putative transcriptional regulator, PucR family  55.35 
 
 		 397 aa  332  5e-90  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.583872  normal  0.0100346 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2204  putative transcriptional regulator, PucR family  48.54 
 
 		 414 aa  327  2.0000000000000001e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000832377 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2134  putative transcriptional regulator, PucR family  54.47 
 
 		 394 aa  323  3e-87  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4807  putative transcriptional regulator, PucR family  49.87 
 
 		 386 aa  318  7.999999999999999e-86  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.525155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2465  hypothetical protein  48.54 
 
 		 426 aa  315  9.999999999999999e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00557093  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3377  hypothetical protein  54.03 
 
 		 473 aa  313  2.9999999999999996e-84  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.541372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09330  hypothetical protein  47.98 
 
 		 400 aa  311  1e-83  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.484292  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3619  PucR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 408 aa  306  3e-82  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000689812 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3480  regulator of polyketide synthase expression-like  43.92 
 
 		 539 aa  293  3e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3342  putative transcriptional regulator, PucR family  50.66 
 
 		 425 aa  293  3e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.455149  normal  0.209688 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10300  regulator of polyketide synthase expression  49.2 
 
 		 413 aa  288  1e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.10355 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1328  putative transcriptional regulator, PucR family  48.26 
 
 		 393 aa  282  5.000000000000001e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12040  transcriptional regulator, CdaR family  46.65 
 
 		 393 aa  268  1e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0292097  normal  0.187885 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2052  putative transcriptional regulator, PucR family  47.62 
 
 		 429 aa  257  3e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.171524  decreased coverage  0.00281905 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2723  putative transcriptional regulator, PucR family  44.53 
 
 		 429 aa  256  4e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3753  hypothetical protein  42.89 
 
 		 428 aa  251  2e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.144369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3120  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  42.16 
 
 		 418 aa  250  3e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.550646  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2780  hypothetical protein  43.82 
 
 		 428 aa  248  9e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.311956  normal  0.906979 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3363  hypothetical protein  44.74 
 
 		 428 aa  245  6.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.20255  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3374  hypothetical protein  44.74 
 
 		 428 aa  245  6.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.238884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3425  hypothetical protein  44.47 
 
 		 428 aa  243  3e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12271  hypothetical protein  41.93 
 
 		 414 aa  242  7e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000339947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1266  PucR family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 479 aa  172  6.999999999999999e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.330502 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1627  regulator of polyketide synthase expression  34.78 
 
 		 276 aa  109  6e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1203  hypothetical protein  46.02 
 
 		 453 aa  101  3e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000129823 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  29.48 
 
 		 371 aa  63.2  0.000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  31.47 
 
 		 405 aa  60.1  0.00000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6541  hypothetical protein  31.91 
 
 		 246 aa  59.7  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.193415 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  32.86 
 
 		 388 aa  58.9  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3449  transcriptional regulator, CdaR  40 
 
 		 398 aa  58.9  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00146797  hitchhiker  0.00488503 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 390 aa  58.2  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2867  transcriptional regulator, CdaR  39.05 
 
 		 407 aa  56.6  0.0000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 494 aa  56.2  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  39.51 
 
 		 480 aa  56.2  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  41.46 
 
 		 478 aa  54.3  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3335  PucR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 517 aa  53.9  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  26.79 
 
 		 371 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0761  putative transcriptional regulator, PucR family  32.12 
 
 		 400 aa  53.9  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5287  CdaR family transcriptional regulator  40 
 
 		 429 aa  53.5  0.000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5376  CdaR family transcriptional regulator  40 
 
 		 429 aa  53.5  0.000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5666  CdaR family transcriptional regulator  40 
 
 		 429 aa  53.5  0.000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0531  transcriptional regulator, PucR family  37.93 
 
 		 512 aa  53.5  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3378  purine catabolism PurC domain-containing protein  42.11 
 
 		 445 aa  53.1  0.000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264385  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1394  transcriptional regulator, CdaR  33.52 
 
 		 393 aa  52.8  0.000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.684667  hitchhiker  0.0014878 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  41.33 
 
 		 562 aa  52.8  0.000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  43.4 
 
 		 383 aa  52.8  0.000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  34.78 
 
 		 380 aa  52.4  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  44.44 
 
 		 367 aa  52.8  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3926  putative transcriptional regulator, PucR family  42.03 
 
 		 399 aa  52.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00603602 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7076  PucR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 421 aa  51.6  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  24.85 
 
 		 371 aa  52  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  41.18 
 
 		 616 aa  51.6  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  50 
 
 		 552 aa  51.6  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0117  transcriptional regulator, CdaR  48.33 
 
 		 411 aa  52  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.646192  normal  0.0132298 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  31.53 
 
 		 371 aa  52  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0645  transcriptional regulator, CdaR  34.9 
 
 		 383 aa  51.2  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.867737 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  36.59 
 
 		 436 aa  51.2  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0042  purine catabolism PurC domain-containing protein  34.23 
 
 		 459 aa  50.8  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250157 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7392  putative transcriptional regulator, PucR family  38.1 
 
 		 362 aa  51.2  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  33.33 
 
 		 385 aa  50.8  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 393 aa  50.4  0.00005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  25.6 
 
 		 371 aa  50.4  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  34.15 
 
 		 525 aa  50.4  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  25.6 
 
 		 371 aa  50.1  0.00006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3970  putative transcriptional regulator, PucR family  41.38 
 
 		 406 aa  50.1  0.00006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00695384  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  34.15 
 
 		 525 aa  50.1  0.00006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 563 aa  50.1  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 305 aa  49.7  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  38.03 
 
 		 413 aa  49.7  0.00008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2307  putative transcriptional regulator, PucR family  55 
 
 		 365 aa  49.7  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  21.43 
 
 		 381 aa  49.7  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1896  transcriptional regulator, CdaR  35.71 
 
 		 434 aa  49.7  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.612834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  41.38 
 
 		 558 aa  49.7  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5254  putative transcriptional regulator, PucR family  31.38 
 
 		 415 aa  49.7  0.00009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  40 
 
 		 705 aa  48.9  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  33.8 
 
 		 412 aa  48.9  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  35.82 
 
 		 376 aa  48.9  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5059  putative transcriptional regulator, PucR family  36.79 
 
 		 395 aa  48.9  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 374 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  42.03 
 
 		 404 aa  48.1  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2802  Fis family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 384 aa  48.9  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  33.85 
 
 		 518 aa  48.1  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3284  purine catabolism PurC-like protein  46.67 
 
 		 502 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0796347  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 564 aa  48.1  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22400  hypothetical protein  27.7 
 
 		 409 aa  48.1  0.0002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3346  purine catabolism PurC domain-containing protein  46.67 
 
 		 492 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.728632  normal  0.0930873 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3295  purine catabolism PurC domain-containing protein  46.67 
 
 		 492 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.159277 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  22.64 
 
 		 364 aa  48.5  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>