189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2802 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2802  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 		 384 aa  769    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3970  putative transcriptional regulator, PucR family  27.13 
 
 		 406 aa  78.6  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00695384  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4740  transcriptional regulator, CdaR  38.18 
 
 		 515 aa  73.6  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4288  transcriptional regulator, CdaR  27.82 
 
 		 387 aa  73.2  0.000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.743775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23030  hypothetical protein  25.61 
 
 		 418 aa  62  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.131719 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  22.27 
 
 		 350 aa  60.5  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 372 aa  58.9  0.0000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0531  transcriptional regulator, PucR family  28.25 
 
 		 512 aa  59.3  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  46.05 
 
 		 514 aa  58.9  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  45.9 
 
 		 543 aa  58.9  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3963  putative transcriptional regulator, PucR family  33.11 
 
 		 429 aa  58.2  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2073  transcriptional regulator, PucR family  43.59 
 
 		 517 aa  58.5  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2307  putative transcriptional regulator, PucR family  35.76 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6696  putative transcriptional regulator, PucR family  25.13 
 
 		 410 aa  57.4  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.944538  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1394  CdaR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 381 aa  57  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.104866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  43.33 
 
 		 353 aa  57  0.0000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  43.33 
 
 		 353 aa  57  0.0000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  45 
 
 		 486 aa  57  0.0000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  47.54 
 
 		 558 aa  56.6  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  43.84 
 
 		 616 aa  57  0.0000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  42.86 
 
 		 520 aa  55.8  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2769  putative transcriptional regulator, PucR family  26.79 
 
 		 389 aa  55.8  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.245793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  42.86 
 
 		 399 aa  54.7  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3509  putative transcriptional regulator, PucR family  46.88 
 
 		 392 aa  55.1  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  42.86 
 
 		 399 aa  54.7  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  36 
 
 		 665 aa  54.7  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  26.95 
 
 		 371 aa  54.3  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2412  hypothetical protein  49.21 
 
 		 386 aa  54.3  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  34.48 
 
 		 375 aa  54.3  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4754  putative transcriptional regulator, PucR family  33.1 
 
 		 416 aa  53.9  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  35.09 
 
 		 375 aa  53.9  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  26.35 
 
 		 371 aa  53.9  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  35.96 
 
 		 404 aa  53.9  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2011  putative transcriptional regulator, PucR family  26.63 
 
 		 408 aa  53.5  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  34.94 
 
 		 371 aa  53.5  0.000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  35.09 
 
 		 375 aa  53.5  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 552 aa  53.5  0.000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 494 aa  53.1  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  43.06 
 
 		 480 aa  53.1  0.000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3926  putative transcriptional regulator, PucR family  45.71 
 
 		 399 aa  53.1  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00603602 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3335  PucR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 517 aa  53.5  0.000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 553 aa  52.4  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2260  purine catabolism PurC-like protein  40 
 
 		 412 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.37592  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4027  hypothetical protein  40.3 
 
 		 554 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2307  purine catabolism PurC domain-containing protein  40 
 
 		 412 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4102  hypothetical protein  40.3 
 
 		 554 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.471493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2299  CdaR family transcriptional regulator  40 
 
 		 412 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.646328  normal  0.691516 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4257  hypothetical protein  40.3 
 
 		 554 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0586368 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1003  PucR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 516 aa  52.8  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.481265  normal  0.280145 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  46.55 
 
 		 407 aa  52.4  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2411  putative transcriptional regulator, PucR family  32.74 
 
 		 417 aa  51.6  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000974619  hitchhiker  0.000254155 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  35.94 
 
 		 371 aa  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  35.94 
 
 		 371 aa  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  35.94 
 
 		 371 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  35.94 
 
 		 371 aa  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  32.41 
 
 		 619 aa  51.6  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  37 
 
 		 562 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  35.94 
 
 		 371 aa  52  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0691  helix-turn-helix, Fis-type  45.33 
 
 		 486 aa  51.2  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.819144  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  33.77 
 
 		 637 aa  51.2  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  40 
 
 		 525 aa  50.8  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  40.68 
 
 		 493 aa  50.8  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0230  putative transcriptional regulator, PucR family  42.62 
 
 		 420 aa  50.8  0.00004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2063  transcriptional regulator, PucR family  45.31 
 
 		 561 aa  50.4  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.20553  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  28.03 
 
 		 525 aa  50.4  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1035  PucR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 502 aa  50.4  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0689331 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  34.38 
 
 		 371 aa  50.4  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1876  putative transcriptional regulator, PucR family  42.03 
 
 		 487 aa  50.4  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  30.73 
 
 		 648 aa  50.1  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39770  putative regulatory protein  36.23 
 
 		 515 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1477  transcriptional regulator, CdaR  25.66 
 
 		 422 aa  50.1  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0631045  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  38.03 
 
 		 558 aa  50.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  34.38 
 
 		 371 aa  49.7  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1957  putative transcriptional regulator, PucR family  40.96 
 
 		 485 aa  49.7  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.665292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 563 aa  49.3  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2134  putative transcriptional regulator, PucR family  39.76 
 
 		 394 aa  49.3  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  32.11 
 
 		 538 aa  49.3  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  42.17 
 
 		 501 aa  49.3  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3662  transcriptional regulator, PucR family  33.73 
 
 		 481 aa  49.3  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0446387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  41.67 
 
 		 478 aa  49.3  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2339  transcriptional regulator, CdaR  30.1 
 
 		 409 aa  49.7  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.46045  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1972  hypothetical protein  47.17 
 
 		 373 aa  48.5  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09280  Fis family regulatory protein  32.03 
 
 		 411 aa  48.5  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.739433  normal  0.888606 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3363  hypothetical protein  32.89 
 
 		 428 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.20255  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8813  putative transcriptional regulator, PucR family  32.86 
 
 		 417 aa  48.1  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.652147  normal  0.896825 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3425  hypothetical protein  32.89 
 
 		 428 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435185  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4508  putative transcriptional regulator, PucR family  53.33 
 
 		 498 aa  48.1  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3374  hypothetical protein  32.89 
 
 		 428 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.238884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5270  putative transcriptional regulator, PucR family  39.29 
 
 		 522 aa  48.5  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.16716  normal  0.125763 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11210  hypothetical protein  38.67 
 
 		 538 aa  48.9  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2612  putative PucR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 462 aa  48.9  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.164197 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2630  transcriptional regulator, PucR family  38.16 
 
 		 528 aa  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0196857  normal  0.48093 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 403 aa  47.8  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5287  CdaR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 429 aa  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  37.93 
 
 		 601 aa  47.8  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5376  CdaR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 429 aa  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5666  CdaR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 429 aa  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27560  regulatory helix-turn-helix protein, lysR family  48.08 
 
 		 413 aa  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.144166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  34.75 
 
 		 376 aa  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3217  transcriptional regulator, CdaR  44.44 
 
 		 431 aa  47.8  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0250091  normal  0.197749 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>