More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4896 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 		 616 aa  1177    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  41.69 
 
 		 553 aa  345  2e-93  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  30.78 
 
 		 665 aa  153  8.999999999999999e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  32.23 
 
 		 645 aa  144  3e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  28.84 
 
 		 619 aa  139  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  31.11 
 
 		 614 aa  137  5e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  27.32 
 
 		 648 aa  128  4.0000000000000003e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  25.67 
 
 		 650 aa  114  5e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  29.17 
 
 		 627 aa  111  5e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  28 
 
 		 647 aa  109  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 305 aa  98.6  3e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 537 aa  97.8  6e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  27.92 
 
 		 558 aa  92.8  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  28.54 
 
 		 538 aa  91.7  4e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  27.88 
 
 		 525 aa  90.5  9e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  30.22 
 
 		 639 aa  89.4  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 403 aa  88.6  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  19.2 
 
 		 739 aa  89  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  27.97 
 
 		 520 aa  89  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 553 aa  87.8  6e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 563 aa  87  9e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  20.56 
 
 		 555 aa  80.9  0.00000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20880  purine catabolism regulator-like protein  27.19 
 
 		 585 aa  79.3  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0170372 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  19.93 
 
 		 740 aa  78.6  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  27.47 
 
 		 705 aa  76.6  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 477 aa  75.9  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1439  putative phytochrome sensor protein  32.6 
 
 		 187 aa  75.5  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  27.05 
 
 		 601 aa  75.1  0.000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  21.65 
 
 		 600 aa  75.1  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  39.57 
 
 		 637 aa  73.6  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  23.01 
 
 		 493 aa  72.4  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1487  hypothetical protein  27.77 
 
 		 438 aa  72  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  30.65 
 
 		 1629 aa  71.2  0.00000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  22.05 
 
 		 413 aa  71.2  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 597 aa  70.9  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 564 aa  70.5  0.00000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  21.91 
 
 		 404 aa  70.1  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  22.61 
 
 		 616 aa  70.5  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1728  putative PAS/PAC sensor protein  35.45 
 
 		 1171 aa  69.7  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00367624  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1641  transcriptional regulator, CdaR  31.43 
 
 		 416 aa  68.9  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  25.74 
 
 		 602 aa  67.8  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0158  putative phytochrome sensor protein  29.12 
 
 		 184 aa  66.6  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3006  PAS  32.85 
 
 		 1560 aa  66.2  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.755684 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  26.23 
 
 		 562 aa  65.1  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  23.03 
 
 		 547 aa  64.7  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  34.06 
 
 		 425 aa  64.7  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  40.74 
 
 		 644 aa  64.3  0.000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  44.3 
 
 		 486 aa  64.3  0.000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3335  PucR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 517 aa  64.3  0.000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  31.37 
 
 		 537 aa  63.9  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  32.69 
 
 		 518 aa  63.5  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0709  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  34.74 
 
 		 564 aa  63.5  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.75 
 
 		 1352 aa  62.8  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  22.22 
 
 		 741 aa  62.8  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13710  sugar diacid utilization regulator  35.64 
 
 		 393 aa  62.4  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0319  transcriptional regulator, CdaR  26.47 
 
 		 518 aa  62.4  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2304  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  30 
 
 		 402 aa  62.4  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0452576 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4740  transcriptional regulator, CdaR  36.44 
 
 		 515 aa  61.6  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1857  putative GAF sensor protein  24.18 
 
 		 194 aa  61.6  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  22.46 
 
 		 399 aa  61.2  0.00000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3346  purine catabolism PurC domain-containing protein  27.95 
 
 		 492 aa  61.2  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.728632  normal  0.0930873 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  32.56 
 
 		 404 aa  61.2  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3284  purine catabolism PurC-like protein  27.95 
 
 		 502 aa  61.2  0.00000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0796347  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3523  Histidine kinase  33.5 
 
 		 591 aa  60.8  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0630905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  26.79 
 
 		 562 aa  60.8  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1918  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.53 
 
 		 535 aa  60.8  0.00000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.723955  normal  0.316434 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 659 aa  60.8  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1201  metal dependent phosphohydrolase  27.69 
 
 		 719 aa  60.5  0.00000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3295  purine catabolism PurC domain-containing protein  27.7 
 
 		 492 aa  60.5  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.159277 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  31.55 
 
 		 525 aa  60.1  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 552 aa  59.7  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1029  transcriptional regulator CdaR  38.54 
 
 		 536 aa  60.1  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.133296 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  42.68 
 
 		 480 aa  60.1  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4838  Signal transduction histidine kinase-like protein  34.47 
 
 		 566 aa  59.3  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34940  fused histidine kinase with GAF domain/SpoIIE-like protein  32.12 
 
 		 537 aa  59.7  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.24735  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0186  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.1 
 
 		 857 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5234  putative DNA-binding protein  31.17 
 
 		 515 aa  59.3  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.198671  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5287  CdaR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 429 aa  59.7  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2346  regulator of polyketide synthase expression-like protein  38.68 
 
 		 681 aa  59.3  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520289  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5322  putative DNA-binding protein  31.17 
 
 		 515 aa  59.3  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.266784 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5376  CdaR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 429 aa  59.7  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  23.63 
 
 		 388 aa  59.7  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2598  transcriptional regulator CdaR  43.84 
 
 		 511 aa  59.7  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5614  putative DNA-binding protein  31.17 
 
 		 515 aa  59.3  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.3289 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5666  CdaR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 429 aa  59.7  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3391  putative PAS/PAC sensor protein  28.33 
 
 		 1301 aa  58.9  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0258089  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  33.66 
 
 		 407 aa  58.5  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0339  putative phytochrome sensor protein  28.9 
 
 		 189 aa  58.9  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.482314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2385  putative GAF sensor protein  27.43 
 
 		 185 aa  58.5  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0490708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.64 
 
 		 1354 aa  58.2  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  21.74 
 
 		 399 aa  58.2  0.0000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3595  putative transcriptional regulator, PucR family  38.67 
 
 		 529 aa  57.8  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.15656  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2264  putative GAF sensor protein  24.14 
 
 		 236 aa  58.2  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0735  putative PAS/PAC sensor protein  25.14 
 
 		 512 aa  57.8  0.0000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0676  hypothetical protein  36.45 
 
 		 170 aa  57.8  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.60111  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0042  purine catabolism PurC domain-containing protein  38.89 
 
 		 459 aa  57.8  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250157 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3378  purine catabolism PurC domain-containing protein  40 
 
 		 445 aa  57.4  0.0000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264385  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2266  putative PAS/PAC sensor protein  31.78 
 
 		 906 aa  57.4  0.0000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0608  CdaR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 416 aa  57  0.0000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  34.21 
 
 		 501 aa  56.6  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>