More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1806 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  89.97 
 
 
644 aa  971    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  61.27 
 
 
645 aa  651    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  100 
 
 
639 aa  1212    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  63.02 
 
 
637 aa  622  1e-177  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  55.91 
 
 
665 aa  577  1.0000000000000001e-163  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  58.78 
 
 
627 aa  556  1e-157  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  56.07 
 
 
648 aa  550  1e-155  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  55.66 
 
 
647 aa  530  1e-149  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  51.59 
 
 
614 aa  501  1e-140  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  53.81 
 
 
619 aa  494  9.999999999999999e-139  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  31.56 
 
 
705 aa  149  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  27.2 
 
 
659 aa  145  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  31.92 
 
 
553 aa  130  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  28.66 
 
 
563 aa  114  5e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  26.25 
 
 
741 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  30.12 
 
 
616 aa  102  2e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  25.4 
 
 
597 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  29.22 
 
 
537 aa  91.7  4e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  20.9 
 
 
739 aa  90.9  6e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  29.69 
 
 
602 aa  89  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  23.69 
 
 
600 aa  89.7  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2748  metal dependent phosphohydrolase  34.01 
 
 
574 aa  85.1  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.941576  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  27.51 
 
 
403 aa  84.3  0.000000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.85 
 
 
1017 aa  83.2  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0495  CdaR family transcriptional regulator  25.56 
 
 
645 aa  81.3  0.00000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3775  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.05 
 
 
548 aa  80.5  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
305 aa  79.3  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1321  HD-GYP domain-containing protein  26.61 
 
 
848 aa  78.6  0.0000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  26.56 
 
 
616 aa  75.9  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  27.53 
 
 
520 aa  75.9  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  20 
 
 
555 aa  75.9  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  22.22 
 
 
553 aa  75.5  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3570  metal dependent phosphohydrolase  29.07 
 
 
571 aa  75.5  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2453  serine phosphatase  32.39 
 
 
438 aa  74.7  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4627  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.86 
 
 
662 aa  74.3  0.000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.622134  hitchhiker  0.00510111 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  27.96 
 
 
538 aa  74.3  0.000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.25 
 
 
356 aa  73.9  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.41 
 
 
1014 aa  74.3  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.46 
 
 
2161 aa  73.2  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.354922 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  33.15 
 
 
562 aa  73.6  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4451  signal transduction histidine kinase  27.36 
 
 
647 aa  72.8  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0783644  hitchhiker  0.000419686 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1604  putative GAF sensor protein  27.59 
 
 
631 aa  72.8  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0719591 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4452  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.85 
 
 
2153 aa  72  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.758306 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
477 aa  72  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.04 
 
 
362 aa  72  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3631  signal transduction histidine kinase  26.64 
 
 
666 aa  72.4  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281267  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  31.17 
 
 
525 aa  71.6  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.15 
 
 
756 aa  71.2  0.00000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  27.68 
 
 
399 aa  70.9  0.00000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
552 aa  70.5  0.00000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  28.51 
 
 
785 aa  70.5  0.00000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  24.75 
 
 
650 aa  70.1  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  31.28 
 
 
733 aa  69.7  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
564 aa  69.7  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  29.41 
 
 
525 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  26.79 
 
 
399 aa  68.9  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1896  transcriptional regulator, CdaR  32.57 
 
 
434 aa  68.9  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.612834  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  26.99 
 
 
518 aa  68.2  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0439  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  29.82 
 
 
766 aa  68.6  0.0000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.293101  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  32.47 
 
 
405 aa  67.8  0.0000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1039  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  29.1 
 
 
743 aa  67.8  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00843837  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1734  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  31.51 
 
 
759 aa  67.4  0.0000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2414  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.07 
 
 
545 aa  66.6  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2205  putative transcriptional regulator, PucR family  28.71 
 
 
505 aa  67  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0290612  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  31.46 
 
 
537 aa  67  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.64 
 
 
1785 aa  65.5  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3064  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.14 
 
 
544 aa  65.1  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.980645 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  25.15 
 
 
558 aa  64.7  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1941  metal dependent phosphohydrolase  28.37 
 
 
357 aa  64.7  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000817968  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0552  transcriptional regulator, CdaR  34.52 
 
 
513 aa  63.9  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03709  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  30.25 
 
 
772 aa  64.3  0.000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0884  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  36.17 
 
 
755 aa  64.3  0.000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1023  putative transcriptional regulator, PucR family  18.39 
 
 
518 aa  63.9  0.000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0774134  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  34.18 
 
 
505 aa  63.9  0.000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4114  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 
3470 aa  63.5  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.72 
 
 
732 aa  63.2  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.36 
 
 
2783 aa  63.2  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.296104 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2414  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  33.96 
 
 
756 aa  63.2  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2930  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  28.36 
 
 
764 aa  62.8  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0446  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.84 
 
 
1527 aa  62.8  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0418  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.48 
 
 
1527 aa  62.8  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2784  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  28.36 
 
 
764 aa  62  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0397  PTSINtr with GAF domain, PtsP  28.12 
 
 
755 aa  62  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330427  normal  0.719594 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1641  transcriptional regulator, CdaR  30.91 
 
 
416 aa  62  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2598  transcriptional regulator CdaR  28.43 
 
 
511 aa  61.6  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0447  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.46 
 
 
1527 aa  62  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.8 
 
 
819 aa  62  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20880  purine catabolism regulator-like protein  24.77 
 
 
585 aa  61.2  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0170372 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  19.94 
 
 
740 aa  61.6  0.00000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  40.38 
 
 
543 aa  60.8  0.00000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3335  PucR family transcriptional regulator  38.32 
 
 
517 aa  60.8  0.00000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  26.55 
 
 
425 aa  60.8  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.14 
 
 
1101 aa  60.5  0.00000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
602 aa  60.5  0.00000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.525886  normal  0.309242 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1201  metal dependent phosphohydrolase  25 
 
 
719 aa  60.1  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  25.61 
 
 
558 aa  60.1  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2576  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  30.61 
 
 
755 aa  60.1  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  26.6 
 
 
554 aa  60.1  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3398  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  27.44 
 
 
748 aa  60.1  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00100115  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2063  transcriptional regulator, PucR family  36.24 
 
 
561 aa  59.7  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.20553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>