More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_1796 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 
644 aa  1230    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  61.65 
 
 
645 aa  657    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  90.1 
 
 
639 aa  929    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  63.33 
 
 
637 aa  630  1e-179  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  58.11 
 
 
665 aa  608  9.999999999999999e-173  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  56.14 
 
 
648 aa  559  1e-158  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  58.64 
 
 
627 aa  560  1e-158  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  56.13 
 
 
647 aa  543  1e-153  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  52.23 
 
 
614 aa  517  1.0000000000000001e-145  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  54.49 
 
 
619 aa  509  1e-143  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  31.47 
 
 
705 aa  157  5.0000000000000005e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
659 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  27.24 
 
 
741 aa  124  5e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  31.58 
 
 
553 aa  123  9e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  28.94 
 
 
563 aa  115  4.0000000000000004e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
597 aa  103  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  28.42 
 
 
403 aa  95.9  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
537 aa  92  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  25.65 
 
 
600 aa  88.6  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  21.02 
 
 
739 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.37 
 
 
1017 aa  82  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  29.05 
 
 
602 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2748  metal dependent phosphohydrolase  32.57 
 
 
574 aa  81.6  0.00000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.941576  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4627  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.35 
 
 
662 aa  81.6  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.622134  hitchhiker  0.00510111 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  26.73 
 
 
616 aa  81.3  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3775  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.57 
 
 
548 aa  81.3  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  20.81 
 
 
555 aa  81.3  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4451  signal transduction histidine kinase  27.19 
 
 
647 aa  80.5  0.00000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0783644  hitchhiker  0.000419686 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  25.12 
 
 
650 aa  78.6  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  30.03 
 
 
518 aa  79  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0495  CdaR family transcriptional regulator  26.39 
 
 
645 aa  79  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  30.74 
 
 
525 aa  79  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  25.86 
 
 
553 aa  78.6  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  27.99 
 
 
305 aa  77.8  0.0000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  30.21 
 
 
785 aa  77  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4452  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.17 
 
 
2153 aa  76.6  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.758306 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.82 
 
 
756 aa  75.9  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  26.94 
 
 
558 aa  75.9  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 
2161 aa  75.9  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.354922 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1896  transcriptional regulator, CdaR  34.22 
 
 
434 aa  75.5  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.612834  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  27.78 
 
 
520 aa  75.5  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3631  signal transduction histidine kinase  27.1 
 
 
666 aa  74.7  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281267  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2453  serine phosphatase  32.39 
 
 
438 aa  74.3  0.000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  29.9 
 
 
505 aa  73.9  0.000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3570  metal dependent phosphohydrolase  28.03 
 
 
571 aa  73.9  0.000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0439  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  30.99 
 
 
766 aa  73.2  0.00000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.293101  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.95 
 
 
1014 aa  73.2  0.00000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  42.34 
 
 
552 aa  73.2  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  30.39 
 
 
525 aa  73.6  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  34.32 
 
 
405 aa  73.2  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1321  HD-GYP domain-containing protein  26.01 
 
 
848 aa  73.2  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  27.25 
 
 
554 aa  72.8  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1734  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  32.88 
 
 
759 aa  72  0.00000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.94 
 
 
356 aa  72  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2414  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  35.4 
 
 
756 aa  71.6  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1421  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.25 
 
 
995 aa  71.6  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  33.01 
 
 
537 aa  71.2  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.28 
 
 
732 aa  71.2  0.00000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  32.98 
 
 
733 aa  71.2  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
564 aa  71.2  0.00000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  26.58 
 
 
558 aa  69.7  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  27.91 
 
 
538 aa  70.1  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2414  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.05 
 
 
545 aa  69.3  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.38 
 
 
362 aa  69.7  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3370  putative transcriptional regulator, PucR family  32.21 
 
 
460 aa  68.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00329007  normal  0.365111 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0884  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  36.88 
 
 
755 aa  68.9  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0446  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 
1527 aa  67.8  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0418  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.47 
 
 
1527 aa  67.8  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1039  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  29.59 
 
 
743 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00843837  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3064  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.29 
 
 
544 aa  67.8  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.980645 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.67 
 
 
1785 aa  67.8  0.0000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1201  metal dependent phosphohydrolase  26.29 
 
 
719 aa  67.4  0.0000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0447  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 
1527 aa  67.4  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4114  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
3470 aa  67  0.0000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  27.54 
 
 
425 aa  66.6  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2404  phosphoenolpyruvate--protein phosphotransferase  29.07 
 
 
784 aa  66.6  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0011664  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.47 
 
 
2783 aa  67  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.296104 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.49 
 
 
1101 aa  67  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  38.85 
 
 
501 aa  67  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  29.23 
 
 
477 aa  67  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0753  hypothetical protein  26.32 
 
 
399 aa  66.2  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562185  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2820  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.05 
 
 
545 aa  66.2  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.771324  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.69 
 
 
819 aa  65.1  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  46.43 
 
 
543 aa  65.1  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  25.44 
 
 
399 aa  64.3  0.000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  19.35 
 
 
740 aa  64.3  0.000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1641  transcriptional regulator, CdaR  31.23 
 
 
416 aa  63.9  0.000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2205  putative transcriptional regulator, PucR family  28.34 
 
 
505 aa  63.9  0.000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0290612  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  30.06 
 
 
388 aa  63.5  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  35.86 
 
 
514 aa  62.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1941  metal dependent phosphohydrolase  27.66 
 
 
357 aa  62  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000817968  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03709  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  29.89 
 
 
772 aa  62.4  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0011  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.42 
 
 
715 aa  62  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0764  putative transcriptional regulator, PucR family  30.43 
 
 
311 aa  61.2  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.829875  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20880  purine catabolism regulator-like protein  24.41 
 
 
585 aa  61.6  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0170372 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2905  putative GAF sensor protein  26.71 
 
 
782 aa  61.2  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000121326  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  39.29 
 
 
486 aa  61.2  0.00000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
602 aa  61.2  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.525886  normal  0.309242 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2930  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  27.86 
 
 
764 aa  60.8  0.00000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3188  hypothetical protein  28.41 
 
 
389 aa  60.8  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295168  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>