271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3443 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 
741 aa  1477    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0495  CdaR family transcriptional regulator  39.31 
 
 
645 aa  348  2e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
659 aa  312  1e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  33.72 
 
 
705 aa  277  6e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  26.96 
 
 
665 aa  121  6e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  26.67 
 
 
645 aa  117  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  26.7 
 
 
619 aa  110  8.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  27.88 
 
 
644 aa  110  9.000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  25.43 
 
 
648 aa  97.4  7e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  26.72 
 
 
637 aa  97.8  7e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  26 
 
 
558 aa  93.2  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  27.07 
 
 
647 aa  85.5  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  19.97 
 
 
739 aa  82  0.00000000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  25.94 
 
 
627 aa  81.3  0.00000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  24.18 
 
 
537 aa  79.7  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  35.06 
 
 
601 aa  78.6  0.0000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  23.12 
 
 
553 aa  75.1  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  20.75 
 
 
562 aa  73.6  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5254  putative transcriptional regulator, PucR family  28.16 
 
 
415 aa  73.2  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1512  transcriptional regulator CdaR  35.77 
 
 
375 aa  73.6  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.428477  normal  0.947433 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1217  metal dependent phosphohydrolase  30.91 
 
 
371 aa  72.8  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  27.85 
 
 
618 aa  73.2  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3098  transcriptional regulator, CdaR  39.57 
 
 
361 aa  72.4  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102834  normal  0.987358 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  30.06 
 
 
364 aa  70.9  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  24.14 
 
 
614 aa  69.7  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  28.61 
 
 
639 aa  68.9  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0645  transcriptional regulator, CdaR  35.04 
 
 
383 aa  68.6  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.867737 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  33.61 
 
 
562 aa  68.2  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
553 aa  67  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  28.78 
 
 
493 aa  65.5  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2908  transcriptional regulator, CdaR  27.88 
 
 
359 aa  65.1  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3177  adenylate/guanylate cyclase with GAF and PAS/PAC sensors  25.37 
 
 
971 aa  65.1  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03650  hypothetical protein  25.93 
 
 
435 aa  64.7  0.000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  21.43 
 
 
740 aa  64.7  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0789  putative transcriptional regulator, PucR family  21.35 
 
 
421 aa  64.7  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.691092  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3439  serine phosphatase  25 
 
 
584 aa  63.9  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  33.8 
 
 
436 aa  63.9  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  24.64 
 
 
305 aa  63.9  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.83 
 
 
1014 aa  62.4  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  29.17 
 
 
538 aa  62  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  22.83 
 
 
616 aa  61.2  0.00000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0637  purine catabolism PurC domain-containing protein  31.33 
 
 
486 aa  61.2  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1641  transcriptional regulator, CdaR  30.82 
 
 
416 aa  60.8  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.357949 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0485  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.14 
 
 
726 aa  60.8  0.00000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0662755 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  31.65 
 
 
410 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  31.65 
 
 
410 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4452  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.13 
 
 
2153 aa  60.1  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.758306 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  31.65 
 
 
410 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.77 
 
 
719 aa  59.7  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.688425  normal  0.99318 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  23.72 
 
 
597 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  31.65 
 
 
410 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  31.65 
 
 
410 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  31.65 
 
 
410 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  31.65 
 
 
410 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2404  phosphoenolpyruvate--protein phosphotransferase  23.67 
 
 
784 aa  58.9  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0011664  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  27.33 
 
 
403 aa  58.9  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  30.83 
 
 
388 aa  58.9  0.0000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1201  metal dependent phosphohydrolase  30 
 
 
719 aa  58.2  0.0000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  30.5 
 
 
385 aa  57.8  0.0000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  30.97 
 
 
385 aa  57.8  0.0000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  24.43 
 
 
520 aa  57.8  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  32.52 
 
 
385 aa  56.6  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.6 
 
 
602 aa  56.6  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.525886  normal  0.309242 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  27.21 
 
 
564 aa  57  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.88 
 
 
2161 aa  57  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.354922 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  22.35 
 
 
563 aa  57  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0285  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  23.35 
 
 
590 aa  57  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.66 
 
 
385 aa  56.6  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2028  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.32 
 
 
1247 aa  57  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.138072 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  30.32 
 
 
385 aa  56.6  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  31.73 
 
 
384 aa  56.6  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2905  putative GAF sensor protein  25.13 
 
 
782 aa  56.2  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000121326  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  30.36 
 
 
413 aa  56.2  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2694  putative PAS/PAC sensor protein  25 
 
 
969 aa  56.6  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0176534  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  29.08 
 
 
385 aa  55.8  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1321  HD-GYP domain-containing protein  25.45 
 
 
848 aa  55.8  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.08 
 
 
385 aa  55.8  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2304  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  28.33 
 
 
402 aa  55.5  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0452576 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  29.79 
 
 
385 aa  55.5  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2045  metal dependent phosphohydrolase  25.58 
 
 
373 aa  55.5  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.803605  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.66 
 
 
385 aa  55.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.79 
 
 
385 aa  55.5  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  29.79 
 
 
385 aa  55.5  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.66 
 
 
385 aa  55.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  30.89 
 
 
385 aa  55.5  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.66 
 
 
385 aa  55.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.8 
 
 
732 aa  55.5  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.66 
 
 
385 aa  55.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.66 
 
 
385 aa  55.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.79 
 
 
385 aa  55.5  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  25.37 
 
 
555 aa  55.1  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0495  transcriptional regulator, PucR family  27.78 
 
 
492 aa  55.1  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.579171  normal  0.289183 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.79 
 
 
376 aa  55.1  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.9 
 
 
356 aa  55.1  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  26.52 
 
 
518 aa  55.1  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1116  hypothetical protein  25.14 
 
 
245 aa  54.7  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0602606  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.44 
 
 
756 aa  54.7  0.000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.13 
 
 
2783 aa  54.7  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.296104 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0319  transcriptional regulator, CdaR  24.79 
 
 
518 aa  54.3  0.000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  25.29 
 
 
372 aa  54.7  0.000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>