142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_03650 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_03650  hypothetical protein  100 
 
 		 435 aa  897    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1109  putative transcriptional regulator, PucR family  21.72 
 
 		 515 aa  110  7.000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1023  putative transcriptional regulator, PucR family  22.7 
 
 		 518 aa  101  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0774134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0319  transcriptional regulator, CdaR  20.92 
 
 		 518 aa  100  7e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0789  putative transcriptional regulator, PucR family  23.93 
 
 		 421 aa  82  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.691092  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0637  purine catabolism PurC domain-containing protein  24.39 
 
 		 486 aa  69.3  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1844  putative transcriptional regulator, PucR family  34.78 
 
 		 150 aa  67.4  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000616925  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  26.64 
 
 		 741 aa  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0552  transcriptional regulator, CdaR  20.52 
 
 		 513 aa  63.2  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  19.26 
 
 		 555 aa  62.4  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  28.1 
 
 		 562 aa  60.5  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 537 aa  59.3  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0388  purine catabolism PurC domain-containing protein  29.27 
 
 		 379 aa  58.2  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000701457  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1946  putative DNA-binding protein  30.39 
 
 		 514 aa  58.2  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  21.64 
 
 		 600 aa  58.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  22.03 
 
 		 520 aa  57.8  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  22.92 
 
 		 413 aa  55.8  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4779  putative DNA-binding protein  26.57 
 
 		 510 aa  55.5  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821414 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2428  putative transcriptional regulator, PucR family  19.91 
 
 		 563 aa  55.1  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  30.08 
 
 		 387 aa  55.1  0.000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  26.85 
 
 		 518 aa  54.7  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2432  transcriptional regulator, CdaR  25.95 
 
 		 514 aa  54.3  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0322686 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2331  transcriptional regulator, CdaR  22.94 
 
 		 406 aa  54.3  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  23.69 
 
 		 413 aa  53.9  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  28.17 
 
 		 383 aa  53.5  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 553 aa  53.1  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  21.82 
 
 		 537 aa  52.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  24.66 
 
 		 601 aa  52.8  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  25 
 
 		 413 aa  52.8  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23280  hypothetical protein  35.38 
 
 		 512 aa  53.1  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.122242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  31.51 
 
 		 562 aa  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  26.36 
 
 		 413 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3595  putative transcriptional regulator, PucR family  33.33 
 
 		 529 aa  52  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.15656  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  25.68 
 
 		 402 aa  51.6  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  25.83 
 
 		 616 aa  51.6  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  26.36 
 
 		 413 aa  51.2  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1795  helix-turn-helix, Fis-type  32.88 
 
 		 519 aa  51.2  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 305 aa  50.8  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  24.43 
 
 		 740 aa  50.4  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2339  transcriptional regulator, CdaR  25 
 
 		 409 aa  50.8  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.46045  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  24.58 
 
 		 404 aa  50.4  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 410 aa  50.1  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  24.17 
 
 		 602 aa  50.1  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  24.19 
 
 		 739 aa  50.1  0.00008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0691  helix-turn-helix, Fis-type  32.47 
 
 		 486 aa  50.1  0.00009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.819144  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 410 aa  50.1  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  27.34 
 
 		 483 aa  49.7  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  23.76 
 
 		 558 aa  50.1  0.00009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  31.25 
 
 		 385 aa  49.7  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 552 aa  49.3  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  25 
 
 		 648 aa  49.3  0.0001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  27.34 
 
 		 488 aa  49.3  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  50 
 
 		 564 aa  49.3  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4482  hypothetical protein  24 
 
 		 389 aa  49.7  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.606872  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.1 
 
 		 385 aa  49.3  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  27.34 
 
 		 488 aa  49.7  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  34.25 
 
 		 514 aa  49.7  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  24.55 
 
 		 376 aa  49.3  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  25.98 
 
 		 413 aa  49.3  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 410 aa  49.3  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.1 
 
 		 385 aa  49.3  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  27.97 
 
 		 618 aa  48.9  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1487  hypothetical protein  25.69 
 
 		 438 aa  48.5  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5254  putative transcriptional regulator, PucR family  25.48 
 
 		 415 aa  48.9  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2598  transcriptional regulator CdaR  31.51 
 
 		 511 aa  48.9  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 597 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  26.37 
 
 		 387 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  26.37 
 
 		 393 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  26.37 
 
 		 387 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  26.37 
 
 		 387 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  22.22 
 
 		 558 aa  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0042  purine catabolism PurC domain-containing protein  34.21 
 
 		 459 aa  47.8  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250157 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2063  transcriptional regulator, PucR family  30.37 
 
 		 561 aa  48.1  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.20553  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 410 aa  47.8  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0645  transcriptional regulator, CdaR  26.15 
 
 		 383 aa  47.8  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.867737 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  25.18 
 
 		 407 aa  47.4  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 390 aa  47.4  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5234  putative DNA-binding protein  31.17 
 
 		 515 aa  47.4  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.198671  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5322  putative DNA-binding protein  31.17 
 
 		 515 aa  47.4  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.266784 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5614  putative DNA-binding protein  31.17 
 
 		 515 aa  47.4  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.3289 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  31.08 
 
 		 486 aa  47  0.0006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.21 
 
 		 385 aa  47  0.0006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2798  putative DNA-binding protein  30.14 
 
 		 530 aa  46.6  0.0008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.322592  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2073  transcriptional regulator, PucR family  44.44 
 
 		 517 aa  46.6  0.0008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4740  transcriptional regulator, CdaR  31.51 
 
 		 515 aa  46.6  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20880  purine catabolism regulator-like protein  25.98 
 
 		 585 aa  46.6  0.0008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0170372 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  21.64 
 
 		 381 aa  46.6  0.0008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  31.52 
 
 		 381 aa  46.6  0.0008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  30 
 
 		 563 aa  46.2  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  33.33 
 
 		 388 aa  45.8  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0531  transcriptional regulator, PucR family  32.38 
 
 		 512 aa  45.8  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1861  CdaR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 361 aa  46.2  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0198483  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  30.56 
 
 		 525 aa  46.2  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  26.67 
 
 		 543 aa  45.8  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27560  regulatory helix-turn-helix protein, lysR family  30.1 
 
 		 413 aa  46.2  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.144166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  32.94 
 
 		 407 aa  46.6  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  24.36 
 
 		 478 aa  45.8  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  22.61 
 
 		 647 aa  45.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.17 
 
 		 385 aa  45.4  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.5 
 
 		 385 aa  45.1  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>