144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2798 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_2798  putative DNA-binding protein  100 
 
 		 530 aa  1033    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.322592  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2432  transcriptional regulator, CdaR  63.39 
 
 		 514 aa  588  1e-167  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0322686 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2598  transcriptional regulator CdaR  61.42 
 
 		 511 aa  556  1e-157  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3595  putative transcriptional regulator, PucR family  60.87 
 
 		 529 aa  530  1e-149  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.15656  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23280  hypothetical protein  57.65 
 
 		 512 aa  515  1.0000000000000001e-145  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.122242  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4880  putative transcriptional regulator, PucR family  56.02 
 
 		 522 aa  482  1e-135  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.750606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5234  putative DNA-binding protein  54.11 
 
 		 515 aa  469  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.198671  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5322  putative DNA-binding protein  54.11 
 
 		 515 aa  469  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.266784 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5614  putative DNA-binding protein  54.74 
 
 		 515 aa  471  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.3289 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1946  putative DNA-binding protein  52.86 
 
 		 514 aa  442  1e-123  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4779  putative DNA-binding protein  52.82 
 
 		 510 aa  432  1e-120  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821414 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1496  putative transcriptional regulator, PucR family  52.84 
 
 		 502 aa  421  1e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  36.62 
 
 		 537 aa  229  8e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4258  putative transcriptional regulator, PucR family  35.22 
 
 		 547 aa  196  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.484226  normal  0.267228 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0076  transcriptional regulator, CdaR  32.85 
 
 		 611 aa  167  4e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.105438  normal  0.388356 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1083  putative transcriptional regulator, PucR family  32.89 
 
 		 512 aa  147  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5270  putative transcriptional regulator, PucR family  32.02 
 
 		 522 aa  140  3.9999999999999997e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.16716  normal  0.125763 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4508  putative transcriptional regulator, PucR family  31.61 
 
 		 498 aa  124  6e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  27.18 
 
 		 411 aa  120  6e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1305  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  29.89 
 
 		 540 aa  117  5e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4027  hypothetical protein  31.35 
 
 		 554 aa  117  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4102  hypothetical protein  31.35 
 
 		 554 aa  117  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.471493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4257  hypothetical protein  31.35 
 
 		 554 aa  117  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0586368 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  23.82 
 
 		 410 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11210  hypothetical protein  28.26 
 
 		 538 aa  106  1e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4527  hypothetical protein  28.16 
 
 		 525 aa  99.8  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.354978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3547  CdaR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 532 aa  93.2  9e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  39.8 
 
 		 412 aa  72.8  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  29.27 
 
 		 442 aa  71.6  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  41.24 
 
 		 650 aa  63.5  0.000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  25.71 
 
 		 558 aa  62.4  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4405  transcriptional regulator, CdaR  34.21 
 
 		 402 aa  60.1  0.00000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 403 aa  58.5  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  21.98 
 
 		 555 aa  58.2  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  27.91 
 
 		 518 aa  57.8  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1957  putative transcriptional regulator, PucR family  49.25 
 
 		 485 aa  57.4  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.665292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  40 
 
 		 547 aa  57  0.0000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 305 aa  56.2  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0087  CdaR family transcriptional regulator  40 
 
 		 383 aa  56.6  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.39788  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  36.62 
 
 		 600 aa  56.6  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2346  regulator of polyketide synthase expression-like protein  46.75 
 
 		 681 aa  55.5  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520289  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 553 aa  55.1  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  35.38 
 
 		 616 aa  55.5  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3802  putative transcriptional regulator, PucR family  32.04 
 
 		 406 aa  55.1  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09280  Fis family regulatory protein  50 
 
 		 411 aa  54.7  0.000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.739433  normal  0.888606 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3619  PucR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 408 aa  54.3  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000689812 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3378  purine catabolism PurC domain-containing protein  34.95 
 
 		 445 aa  53.9  0.000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264385  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4011  transcriptional regulator  32.08 
 
 		 406 aa  53.5  0.000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2290  transcriptional regulator, CdaR  30.08 
 
 		 403 aa  52.8  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0424892 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23270  hypothetical protein  46.97 
 
 		 430 aa  53.1  0.00001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  30.36 
 
 		 665 aa  52.4  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  38.98 
 
 		 407 aa  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  55 
 
 		 374 aa  52  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3377  hypothetical protein  42.17 
 
 		 473 aa  52  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.541372  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1489  transcriptional regulator, PucR family  30 
 
 		 504 aa  51.6  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0802599 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1328  putative transcriptional regulator, PucR family  42.47 
 
 		 393 aa  52  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1035  PucR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 502 aa  51.2  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0689331 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2710  putative transcriptional regulator, PucR family  52 
 
 		 226 aa  51.2  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  33.58 
 
 		 514 aa  50.4  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  32 
 
 		 387 aa  50.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  28.57 
 
 		 404 aa  50.8  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  32 
 
 		 387 aa  50.4  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  32 
 
 		 393 aa  50.4  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  32 
 
 		 387 aa  50.4  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3753  hypothetical protein  40.28 
 
 		 428 aa  49.7  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.144369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 597 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  44.83 
 
 		 367 aa  49.7  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3509  putative transcriptional regulator, PucR family  39.73 
 
 		 392 aa  50.1  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1795  helix-turn-helix, Fis-type  41.67 
 
 		 519 aa  49.3  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3970  putative transcriptional regulator, PucR family  38.96 
 
 		 406 aa  49.3  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00695384  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3120  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  42.86 
 
 		 418 aa  49.3  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.550646  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3363  hypothetical protein  43.75 
 
 		 428 aa  48.9  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.20255  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3425  hypothetical protein  43.75 
 
 		 428 aa  48.9  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3374  hypothetical protein  43.75 
 
 		 428 aa  48.9  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.238884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  24.48 
 
 		 520 aa  49.3  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1307  transcriptional regulator, PucR family  40.51 
 
 		 491 aa  48.9  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2723  putative transcriptional regulator, PucR family  40 
 
 		 429 aa  48.9  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  18.36 
 
 		 562 aa  48.9  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1808  putative transcriptional regulator, PucR family  46.55 
 
 		 397 aa  49.3  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.583872  normal  0.0100346 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  37.93 
 
 		 363 aa  48.9  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4482  hypothetical protein  48.21 
 
 		 389 aa  48.5  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.606872  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3342  putative transcriptional regulator, PucR family  43.08 
 
 		 425 aa  48.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.455149  normal  0.209688 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  50 
 
 		 365 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6808  putative transcriptional regulator, PucR family  34.25 
 
 		 421 aa  48.5  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  32.06 
 
 		 483 aa  48.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  52.5 
 
 		 365 aa  48.1  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10300  regulator of polyketide synthase expression  36.99 
 
 		 413 aa  47.8  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.10355 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  32.28 
 
 		 488 aa  47.8  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  29.86 
 
 		 413 aa  47.8  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  32.28 
 
 		 488 aa  47.8  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 552 aa  47.4  0.0006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0042  purine catabolism PurC domain-containing protein  30.19 
 
 		 459 aa  47.8  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250157 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  44.83 
 
 		 168 aa  47.8  0.0006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  50 
 
 		 389 aa  47.4  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14120  transcriptional regulator, CdaR family  41.67 
 
 		 397 aa  47.4  0.0007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.261126  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1512  transcriptional regulator CdaR  30.09 
 
 		 375 aa  47.4  0.0007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.428477  normal  0.947433 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  50 
 
 		 365 aa  47.4  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12271  hypothetical protein  41.94 
 
 		 414 aa  47  0.0008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000339947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  35.29 
 
 		 616 aa  47  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3662  transcriptional regulator, PucR family  46.43 
 
 		 481 aa  47  0.0009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0446387  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>