143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1083 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_1083  putative transcriptional regulator, PucR family  100 
 
 
512 aa  960    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0076  transcriptional regulator, CdaR  55.92 
 
 
611 aa  491  1e-137  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.105438  normal  0.388356 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4508  putative transcriptional regulator, PucR family  45.3 
 
 
498 aa  303  4.0000000000000003e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11210  hypothetical protein  39.37 
 
 
538 aa  296  6e-79  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4027  hypothetical protein  40.19 
 
 
554 aa  294  2e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4102  hypothetical protein  40.19 
 
 
554 aa  294  2e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.471493  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4257  hypothetical protein  40.19 
 
 
554 aa  294  2e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0586368 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1305  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  39.85 
 
 
540 aa  270  5.9999999999999995e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4527  hypothetical protein  39.15 
 
 
525 aa  240  4e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.354978  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3547  CdaR family transcriptional regulator  34.39 
 
 
532 aa  221  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  35.22 
 
 
537 aa  203  5e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4258  putative transcriptional regulator, PucR family  33.08 
 
 
547 aa  181  2.9999999999999997e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.484226  normal  0.267228 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23280  hypothetical protein  33.27 
 
 
512 aa  157  4e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.122242  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2598  transcriptional regulator CdaR  32.33 
 
 
511 aa  147  3e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3595  putative transcriptional regulator, PucR family  33.15 
 
 
529 aa  142  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.15656  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2432  transcriptional regulator, CdaR  32.18 
 
 
514 aa  140  3.9999999999999997e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0322686 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2798  putative DNA-binding protein  32.7 
 
 
530 aa  140  6e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.322592  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5270  putative transcriptional regulator, PucR family  34.5 
 
 
522 aa  132  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.16716  normal  0.125763 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1496  putative transcriptional regulator, PucR family  35.55 
 
 
502 aa  129  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5614  putative DNA-binding protein  32.43 
 
 
515 aa  128  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.3289 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5234  putative DNA-binding protein  32.12 
 
 
515 aa  125  2e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.198671  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5322  putative DNA-binding protein  32.12 
 
 
515 aa  125  2e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.266784 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4880  putative transcriptional regulator, PucR family  32.13 
 
 
522 aa  123  7e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.750606  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1946  putative DNA-binding protein  31.64 
 
 
514 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4779  putative DNA-binding protein  31.19 
 
 
510 aa  110  6e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.821414 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  24.81 
 
 
410 aa  97.4  6e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  23.54 
 
 
412 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  28.42 
 
 
411 aa  80.5  0.00000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  24.5 
 
 
555 aa  77  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3926  putative transcriptional regulator, PucR family  32.24 
 
 
399 aa  64.3  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00603602 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4288  transcriptional regulator, CdaR  36.31 
 
 
387 aa  62  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.743775  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  29.5 
 
 
558 aa  61.2  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  19.47 
 
 
381 aa  58.5  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4405  transcriptional regulator, CdaR  30.99 
 
 
402 aa  57.8  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0393  putative transcriptional regulator, PucR family  36.03 
 
 
418 aa  57.8  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.580173  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  38.79 
 
 
486 aa  55.5  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12271  hypothetical protein  30.41 
 
 
414 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000339947  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2723  putative transcriptional regulator, PucR family  35.59 
 
 
429 aa  53.9  0.000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  25.94 
 
 
494 aa  53.9  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  49.15 
 
 
552 aa  53.9  0.000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10300  regulator of polyketide synthase expression  44.44 
 
 
413 aa  53.9  0.000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.10355 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1512  transcriptional regulator CdaR  51.67 
 
 
375 aa  53.1  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.428477  normal  0.947433 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2063  transcriptional regulator, PucR family  54.24 
 
 
561 aa  52.8  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.20553  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  45.9 
 
 
501 aa  52.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3363  hypothetical protein  35.09 
 
 
428 aa  50.8  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.20255  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3425  hypothetical protein  35.09 
 
 
428 aa  50.8  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435185  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3374  hypothetical protein  35.09 
 
 
428 aa  50.8  0.00005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.238884  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2307  putative transcriptional regulator, PucR family  46.55 
 
 
365 aa  50.8  0.00006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  41.82 
 
 
382 aa  50.8  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3120  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  46.81 
 
 
418 aa  50.8  0.00006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.550646  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1627  regulator of polyketide synthase expression  48 
 
 
276 aa  50.4  0.00007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2205  putative transcriptional regulator, PucR family  45.9 
 
 
505 aa  50.4  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0290612  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4754  putative transcriptional regulator, PucR family  35.51 
 
 
416 aa  50.4  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  49.18 
 
 
520 aa  50.4  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0087  CdaR family transcriptional regulator  27.09 
 
 
383 aa  50.4  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.39788  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  40.35 
 
 
385 aa  50.4  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3370  putative transcriptional regulator, PucR family  48.28 
 
 
460 aa  50.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00329007  normal  0.365111 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  36.84 
 
 
383 aa  49.3  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0319  transcriptional regulator, CdaR  31.63 
 
 
518 aa  50.1  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  28.1 
 
 
518 aa  49.7  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3217  transcriptional regulator, CdaR  53.19 
 
 
431 aa  49.7  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0250091  normal  0.197749 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  21.33 
 
 
371 aa  49.3  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8813  putative transcriptional regulator, PucR family  45 
 
 
417 aa  48.9  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.652147  normal  0.896825 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  40.43 
 
 
413 aa  48.9  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3753  hypothetical protein  31.74 
 
 
428 aa  49.3  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.144369  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  36.05 
 
 
442 aa  48.9  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3963  putative transcriptional regulator, PucR family  44.07 
 
 
429 aa  49.3  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  22.64 
 
 
371 aa  48.5  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  40 
 
 
371 aa  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  40 
 
 
371 aa  48.1  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  40 
 
 
371 aa  48.1  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3509  putative transcriptional regulator, PucR family  38.89 
 
 
392 aa  48.1  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2780  hypothetical protein  39.44 
 
 
428 aa  48.5  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.311956  normal  0.906979 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  40 
 
 
371 aa  48.5  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  40 
 
 
371 aa  48.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  28.87 
 
 
740 aa  48.5  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2495  putative transcriptional regulator, PucR family  45 
 
 
399 aa  48.5  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.591683  normal  0.122494 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1203  hypothetical protein  37.84 
 
 
453 aa  48.5  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000129823 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  23.35 
 
 
553 aa  47.8  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  44.26 
 
 
562 aa  48.1  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  35.1 
 
 
553 aa  48.1  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0930  PucR family transcriptional regulator  46.55 
 
 
464 aa  47.8  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.465733  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3970  putative transcriptional regulator, PucR family  42.65 
 
 
406 aa  48.1  0.0004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00695384  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1328  putative transcriptional regulator, PucR family  51.22 
 
 
393 aa  48.1  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  39.34 
 
 
376 aa  47.8  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  44.44 
 
 
514 aa  47.8  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  38.71 
 
 
371 aa  47.8  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  28.35 
 
 
371 aa  47.8  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1722  transcriptional regulator, PucR family  50.82 
 
 
502 aa  47.8  0.0005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  38.71 
 
 
371 aa  47.4  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4926  transcriptional regulator, CdaR  51.02 
 
 
395 aa  47.4  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1423  putative transcriptional regulator, PucR family  44.26 
 
 
374 aa  47.4  0.0007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.130403  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3619  PucR family transcriptional regulator  50 
 
 
408 aa  47  0.0008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000689812 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3378  purine catabolism PurC domain-containing protein  38.36 
 
 
445 aa  47  0.0009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264385  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
403 aa  46.6  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0431  putative PucR family transcriptional regulator  45.45 
 
 
514 aa  46.2  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.517464  normal  0.914585 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6808  putative transcriptional regulator, PucR family  36.36 
 
 
421 aa  46.2  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1514  putative transcriptional regulator, PucR family  42.25 
 
 
419 aa  46.6  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0197746 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  45.16 
 
 
705 aa  46.2  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4118  putative transcriptional regulator, PucR family  40.35 
 
 
498 aa  46.6  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244504  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>