189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1496 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_1496  putative transcriptional regulator, PucR family  100 
 
 		 502 aa  941    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2598  transcriptional regulator CdaR  55.29 
 
 		 511 aa  474  1e-132  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2432  transcriptional regulator, CdaR  54.49 
 
 		 514 aa  464  1e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0322686 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23280  hypothetical protein  51.69 
 
 		 512 aa  429  1e-119  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.122242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2798  putative DNA-binding protein  52.25 
 
 		 530 aa  421  1e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.322592  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3595  putative transcriptional regulator, PucR family  53.15 
 
 		 529 aa  419  1e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.15656  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4880  putative transcriptional regulator, PucR family  52.17 
 
 		 522 aa  409  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.750606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5234  putative DNA-binding protein  51.07 
 
 		 515 aa  389  1e-107  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.198671  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5322  putative DNA-binding protein  51.07 
 
 		 515 aa  389  1e-107  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.266784 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5614  putative DNA-binding protein  51.56 
 
 		 515 aa  391  1e-107  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.3289 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1946  putative DNA-binding protein  47.06 
 
 		 514 aa  357  3.9999999999999996e-97  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4779  putative DNA-binding protein  46.15 
 
 		 510 aa  341  2e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821414 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4258  putative transcriptional regulator, PucR family  37 
 
 		 547 aa  218  2e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.484226  normal  0.267228 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  36.11 
 
 		 537 aa  213  7.999999999999999e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0076  transcriptional regulator, CdaR  32.22 
 
 		 611 aa  150  5e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.105438  normal  0.388356 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1083  putative transcriptional regulator, PucR family  35.42 
 
 		 512 aa  140  3.9999999999999997e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4508  putative transcriptional regulator, PucR family  32.93 
 
 		 498 aa  121  3e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4027  hypothetical protein  31.23 
 
 		 554 aa  110  5e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4102  hypothetical protein  31.23 
 
 		 554 aa  110  5e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.471493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4257  hypothetical protein  31.23 
 
 		 554 aa  110  5e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0586368 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11210  hypothetical protein  30.15 
 
 		 538 aa  107  4e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5270  putative transcriptional regulator, PucR family  37.5 
 
 		 522 aa  91.3  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.16716  normal  0.125763 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4527  hypothetical protein  31.31 
 
 		 525 aa  86.7  8e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.354978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  24.32 
 
 		 555 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3547  CdaR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 532 aa  70.5  0.00000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1305  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  40.28 
 
 		 540 aa  70.5  0.00000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 410 aa  63.5  0.000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  36.11 
 
 		 411 aa  63.5  0.000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  27.25 
 
 		 442 aa  62.8  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  53.57 
 
 		 650 aa  60.1  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  33.33 
 
 		 412 aa  60.1  0.00000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 563 aa  58.9  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  37.35 
 
 		 600 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  42.5 
 
 		 547 aa  57.8  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3098  transcriptional regulator, CdaR  29.18 
 
 		 361 aa  57  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.102834  normal  0.987358 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  41.1 
 
 		 616 aa  56.6  0.0000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  35.24 
 
 		 407 aa  56.6  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3619  PucR family transcriptional regulator  48.65 
 
 		 408 aa  56.2  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000689812 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  34.57 
 
 		 616 aa  55.8  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 597 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  30.03 
 
 		 665 aa  55.1  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  36.36 
 
 		 518 aa  54.3  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3377  hypothetical protein  47.3 
 
 		 473 aa  54.7  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.541372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3509  putative transcriptional regulator, PucR family  50.88 
 
 		 392 aa  53.9  0.000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 494 aa  53.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  38.27 
 
 		 558 aa  52.8  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3378  purine catabolism PurC domain-containing protein  42.65 
 
 		 445 aa  53.1  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264385  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  35.53 
 
 		 404 aa  52.4  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  41.33 
 
 		 488 aa  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1512  transcriptional regulator CdaR  32.35 
 
 		 375 aa  52.4  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.428477  normal  0.947433 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  41.33 
 
 		 483 aa  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  41.33 
 
 		 488 aa  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  28.3 
 
 		 739 aa  52.4  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 553 aa  51.6  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  26.8 
 
 		 375 aa  52  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  41.33 
 
 		 402 aa  51.2  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  34.87 
 
 		 385 aa  51.2  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  26.14 
 
 		 375 aa  51.2  0.00004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  30.04 
 
 		 553 aa  50.8  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3342  putative transcriptional regulator, PucR family  45.21 
 
 		 425 aa  51.2  0.00005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.455149  normal  0.209688 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  29.33 
 
 		 376 aa  51.2  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  35 
 
 		 387 aa  50.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  35 
 
 		 387 aa  50.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09280  Fis family regulatory protein  46.55 
 
 		 411 aa  50.8  0.00006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.739433  normal  0.888606 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  35 
 
 		 387 aa  50.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  35 
 
 		 393 aa  50.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 371 aa  50.4  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  27.17 
 
 		 385 aa  50.4  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1514  putative transcriptional regulator, PucR family  50 
 
 		 419 aa  50.1  0.00009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0197746 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  32.17 
 
 		 385 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  48 
 
 		 645 aa  49.3  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  41.54 
 
 		 370 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 305 aa  49.3  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  32.17 
 
 		 385 aa  49.7  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  30.56 
 
 		 382 aa  50.1  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2428  putative transcriptional regulator, PucR family  29.11 
 
 		 563 aa  50.1  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  32.17 
 
 		 385 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10300  regulator of polyketide synthase expression  38.78 
 
 		 413 aa  49.3  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.10355 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  32.17 
 
 		 385 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2723  putative transcriptional regulator, PucR family  33.64 
 
 		 429 aa  48.9  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2331  transcriptional regulator, CdaR  27.78 
 
 		 406 aa  48.9  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4185  transcriptional regulator, CdaR  38.3 
 
 		 392 aa  48.5  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.848458 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2134  putative transcriptional regulator, PucR family  45.61 
 
 		 394 aa  48.9  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1957  putative transcriptional regulator, PucR family  47.76 
 
 		 485 aa  49.3  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.665292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.86 
 
 		 385 aa  48.9  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4405  transcriptional regulator, CdaR  31.41 
 
 		 402 aa  48.9  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  32.17 
 
 		 385 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  32.17 
 
 		 376 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  32.17 
 
 		 385 aa  49.3  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 477 aa  48.9  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  32.61 
 
 		 168 aa  49.3  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1489  transcriptional regulator, PucR family  39.45 
 
 		 504 aa  48.9  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0802599 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2149  transcriptional regulator, CdaR  49.12 
 
 		 408 aa  48.5  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  44.07 
 
 		 385 aa  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5328  putative transcriptional regulator, PucR family  48.28 
 
 		 479 aa  48.1  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  44.07 
 
 		 385 aa  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  35.8 
 
 		 525 aa  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  26.8 
 
 		 375 aa  48.5  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14120  transcriptional regulator, CdaR family  47.37 
 
 		 397 aa  48.5  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.261126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  42.37 
 
 		 385 aa  48.5  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>