239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3095 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  83.33 
 
 		 385 aa  666    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  83.07 
 
 		 385 aa  665    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  83.07 
 
 		 385 aa  664    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  83.07 
 
 		 385 aa  665    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  84.64 
 
 		 385 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  84.64 
 
 		 385 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  84.9 
 
 		 385 aa  671    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  84.64 
 
 		 385 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  84.9 
 
 		 385 aa  671    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  92.99 
 
 		 385 aa  712    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  100 
 
 		 385 aa  778    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  83.33 
 
 		 385 aa  666    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  91.95 
 
 		 385 aa  703    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  83.07 
 
 		 385 aa  665    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  83.33 
 
 		 385 aa  659    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  99.22 
 
 		 385 aa  774    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  83.33 
 
 		 385 aa  666    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  84 
 
 		 376 aa  655    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  69.27 
 
 		 384 aa  557  1e-157  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  46.28 
 
 		 382 aa  342  9e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  48.43 
 
 		 384 aa  341  1e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  46.28 
 
 		 385 aa  339  5e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  46.54 
 
 		 413 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  46.95 
 
 		 387 aa  330  2e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 410 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  44.68 
 
 		 407 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 410 aa  323  2e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  44.5 
 
 		 413 aa  322  7e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  42.3 
 
 		 413 aa  322  7e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  44.5 
 
 		 413 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  44.25 
 
 		 413 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  43.35 
 
 		 383 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  45.71 
 
 		 400 aa  317  2e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 410 aa  317  3e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  42.86 
 
 		 380 aa  316  4e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  43.08 
 
 		 381 aa  314  1.9999999999999998e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  42.02 
 
 		 379 aa  279  7e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  43.01 
 
 		 402 aa  263  4e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  41.18 
 
 		 377 aa  263  4e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  37.17 
 
 		 393 aa  259  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  37.7 
 
 		 387 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  37.7 
 
 		 387 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  37.7 
 
 		 387 aa  256  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  42.06 
 
 		 488 aa  256  7e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  41.8 
 
 		 483 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  41.8 
 
 		 488 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  41.42 
 
 		 376 aa  249  4e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  35.34 
 
 		 375 aa  224  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  35.34 
 
 		 375 aa  223  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  35.08 
 
 		 375 aa  222  8e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 372 aa  217  2.9999999999999998e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  38.13 
 
 		 365 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 374 aa  211  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  36.53 
 
 		 389 aa  209  8e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  36.46 
 
 		 365 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  39.29 
 
 		 365 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  36.58 
 
 		 363 aa  196  7e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  37.3 
 
 		 363 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  36.93 
 
 		 370 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  35.07 
 
 		 367 aa  186  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  35.5 
 
 		 370 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 371 aa  176  6e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 390 aa  160  4e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  28.5 
 
 		 353 aa  150  4e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  28.5 
 
 		 353 aa  150  5e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  29.77 
 
 		 371 aa  145  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  29.6 
 
 		 371 aa  144  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  47.71 
 
 		 168 aa  142  7e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  29.6 
 
 		 371 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  29.6 
 
 		 371 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  29.6 
 
 		 371 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  29.6 
 
 		 371 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  29.89 
 
 		 371 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  29.6 
 
 		 371 aa  139  7e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  29.02 
 
 		 371 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  28.74 
 
 		 371 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  28.45 
 
 		 371 aa  134  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  23.97 
 
 		 387 aa  132  7.999999999999999e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  25.58 
 
 		 381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  26.05 
 
 		 388 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  23.21 
 
 		 386 aa  95.5  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  25.26 
 
 		 350 aa  87  6e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  26.03 
 
 		 436 aa  85.5  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  33.33 
 
 		 360 aa  85.1  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 563 aa  77  0.0000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  29.31 
 
 		 364 aa  73.9  0.000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  29.81 
 
 		 518 aa  73.9  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 553 aa  73.6  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1861  CdaR family transcriptional regulator  21.52 
 
 		 361 aa  73.2  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0198483  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  28.08 
 
 		 520 aa  72  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  28.23 
 
 		 412 aa  70.5  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2908  transcriptional regulator, CdaR  29.56 
 
 		 359 aa  69.7  0.00000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3610  transcriptional regulator, CdaR  24.12 
 
 		 362 aa  69.7  0.00000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  23.48 
 
 		 364 aa  69.3  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 410 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  30.27 
 
 		 525 aa  67.4  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  24.94 
 
 		 393 aa  66.6  0.0000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  30.55 
 
 		 525 aa  66.2  0.0000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 564 aa  64.3  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>