172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0113 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  98.93 
 
 		 375 aa  762    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  97.86 
 
 		 375 aa  734    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 		 375 aa  771    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  57.45 
 
 		 377 aa  397  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  54.16 
 
 		 393 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  53.76 
 
 		 387 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  53.76 
 
 		 387 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  53.76 
 
 		 387 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  42.86 
 
 		 381 aa  283  4.0000000000000003e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  39.63 
 
 		 383 aa  252  6e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  39.42 
 
 		 385 aa  248  2e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  38.24 
 
 		 413 aa  241  2e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 410 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 410 aa  233  5e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  38.58 
 
 		 384 aa  232  7.000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  37.01 
 
 		 382 aa  228  1e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.63 
 
 		 384 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  35.6 
 
 		 385 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  35.62 
 
 		 387 aa  226  6e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  35.73 
 
 		 410 aa  224  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  37.37 
 
 		 379 aa  224  2e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  37.6 
 
 		 376 aa  224  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  34.55 
 
 		 385 aa  223  6e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  34.82 
 
 		 385 aa  223  6e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  34.08 
 
 		 413 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  35.06 
 
 		 385 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.69 
 
 		 385 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  35.29 
 
 		 407 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  34.28 
 
 		 413 aa  219  6e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  36.43 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  36.43 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  36.43 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.43 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.43 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  35.77 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  35.77 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  35.77 
 
 		 385 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  36.69 
 
 		 385 aa  218  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  35.77 
 
 		 385 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  35.77 
 
 		 385 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  37.14 
 
 		 376 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  34.22 
 
 		 380 aa  216  5e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  35.25 
 
 		 385 aa  215  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  34.02 
 
 		 413 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  34.19 
 
 		 413 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 372 aa  213  2.9999999999999995e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  34.9 
 
 		 370 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  33.07 
 
 		 400 aa  189  7e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  34.35 
 
 		 370 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 374 aa  179  7e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  33.07 
 
 		 402 aa  177  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  34.31 
 
 		 488 aa  176  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  34.31 
 
 		 488 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  34.04 
 
 		 483 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 371 aa  172  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  32.19 
 
 		 367 aa  166  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  32.97 
 
 		 363 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  31.62 
 
 		 363 aa  155  8e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  30.43 
 
 		 389 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  30.43 
 
 		 365 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  30.14 
 
 		 365 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  31.69 
 
 		 371 aa  145  1e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  31.23 
 
 		 371 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  31.69 
 
 		 371 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  31.69 
 
 		 371 aa  144  3e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  31.69 
 
 		 371 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  31.69 
 
 		 371 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  31.23 
 
 		 371 aa  143  4e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  30.68 
 
 		 371 aa  143  6e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  30.41 
 
 		 371 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  29.57 
 
 		 365 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  30.49 
 
 		 371 aa  138  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  28.26 
 
 		 371 aa  136  7.000000000000001e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  26.88 
 
 		 353 aa  133  3.9999999999999996e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  26.88 
 
 		 353 aa  133  5e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  23.83 
 
 		 381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 390 aa  115  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  21.1 
 
 		 387 aa  103  7e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  22.44 
 
 		 386 aa  96.7  6e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  30.72 
 
 		 360 aa  81.3  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 393 aa  74.3  0.000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  30.17 
 
 		 364 aa  70.9  0.00000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  23.73 
 
 		 388 aa  69.7  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  23.64 
 
 		 407 aa  68.6  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  30 
 
 		 168 aa  63.9  0.000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  28.57 
 
 		 442 aa  58.2  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  28.5 
 
 		 411 aa  57.4  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  25.97 
 
 		 648 aa  56.6  0.0000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 403 aa  55.8  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2904  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  42.67 
 
 		 269 aa  56.2  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  38.1 
 
 		 404 aa  55.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  24.84 
 
 		 547 aa  55.8  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0531  transcriptional regulator, PucR family  44.83 
 
 		 512 aa  55.1  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1394  CdaR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 381 aa  54.3  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.104866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2802  Fis family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 384 aa  54.3  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0319  transcriptional regulator, CdaR  27.6 
 
 		 518 aa  54.7  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  27.39 
 
 		 412 aa  53.1  0.000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4027  hypothetical protein  28.42 
 
 		 554 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4102  hypothetical protein  28.42 
 
 		 554 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.471493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4257  hypothetical protein  28.42 
 
 		 554 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0586368 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>