190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2528 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2528  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 		 387 aa  787    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  71.47 
 
 		 382 aa  553  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1518  transcriptional regulator, CdaR  70.34 
 
 		 385 aa  548  1e-155  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  68.85 
 
 		 383 aa  546  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  63.68 
 
 		 410 aa  511  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  62.87 
 
 		 410 aa  510  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1473  transcriptional regulator, CdaR  63.08 
 
 		 413 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  63.43 
 
 		 410 aa  498  1e-140  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  62.92 
 
 		 407 aa  494  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1573  transcriptional regulator, CdaR  61.36 
 
 		 413 aa  487  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  61.36 
 
 		 413 aa  484  1e-136  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  60.86 
 
 		 413 aa  481  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  60.53 
 
 		 413 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  45.74 
 
 		 380 aa  345  7e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  46.01 
 
 		 385 aa  331  1e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.01 
 
 		 385 aa  331  1e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  46.01 
 
 		 385 aa  330  2e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  46.01 
 
 		 385 aa  330  2e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.01 
 
 		 385 aa  330  2e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.01 
 
 		 385 aa  330  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.01 
 
 		 385 aa  330  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.01 
 
 		 385 aa  330  3e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.01 
 
 		 385 aa  330  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.01 
 
 		 385 aa  330  4e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.01 
 
 		 385 aa  330  4e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.74 
 
 		 385 aa  329  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  47.75 
 
 		 385 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  47.48 
 
 		 385 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.22 
 
 		 376 aa  326  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  47.89 
 
 		 379 aa  323  2e-87  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  45.21 
 
 		 385 aa  322  6e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.95 
 
 		 385 aa  322  7e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  46.68 
 
 		 385 aa  322  8e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  42.67 
 
 		 381 aa  318  1e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  41.49 
 
 		 384 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  42.74 
 
 		 376 aa  291  1e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  40.05 
 
 		 377 aa  260  3e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2728  transcriptional regulator, CdaR  38.62 
 
 		 393 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0150  transcriptional regulator, CdaR  38.58 
 
 		 384 aa  253  5.000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252544  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  37.97 
 
 		 400 aa  251  1e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2860  transcriptional regulator CdaR  39.13 
 
 		 387 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  39.13 
 
 		 387 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2687  transcriptional regulator, CdaR  39.13 
 
 		 387 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2909  CdaR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 374 aa  249  5e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  36.41 
 
 		 375 aa  226  5.0000000000000005e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  36.7 
 
 		 375 aa  224  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1521  CdaR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 372 aa  224  3e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000148841  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  36.17 
 
 		 375 aa  223  4.9999999999999996e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50790  hypothetical protein  36.04 
 
 		 370 aa  223  7e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.937212  hitchhiker  0.00694417 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3116  putative sugar diacid recognition  36.29 
 
 		 363 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1437  CdaR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 371 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4330  hypothetical protein  36.86 
 
 		 370 aa  220  3e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123543  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43380  carbohydrate diacid transcriptional regulator  38.08 
 
 		 367 aa  218  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251481  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3281  carbohydrate diacid regulator, putative  37.05 
 
 		 363 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.173442  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0203  carbohydrate diacid regulator  38.26 
 
 		 402 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1640  putative transcriptional regulator  37.89 
 
 		 488 aa  212  9e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0265  putative carbohydrate diacid regulator  37.89 
 
 		 483 aa  212  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18471  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0175  carbohydrate diacid regulator  37.89 
 
 		 488 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2673  transcriptional regulator, CdaR  35.14 
 
 		 365 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0615728  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3177  CdaR transcriptional regulator  34.68 
 
 		 389 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2539  transcriptional regulator, CdaR  34.68 
 
 		 365 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2691  transcriptional regulator, CdaR  35.58 
 
 		 365 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  30.18 
 
 		 353 aa  164  3e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  30.18 
 
 		 353 aa  163  4.0000000000000004e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 390 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1897  transcriptional regulator, CdaR  26.82 
 
 		 381 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1136  transcriptional regulator, CdaR  25.75 
 
 		 387 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  27.76 
 
 		 371 aa  117  3e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  29.6 
 
 		 371 aa  116  6e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  29.23 
 
 		 371 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1411  transcriptional regulator, putative  28.82 
 
 		 371 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1451  putative carbohydrate diacid regulator  28.49 
 
 		 371 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  29.18 
 
 		 371 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  28.61 
 
 		 371 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  28.53 
 
 		 371 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  28.53 
 
 		 371 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  28.53 
 
 		 371 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  28.53 
 
 		 371 aa  109  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2110  transcriptional regulator, CdaR  25 
 
 		 386 aa  99  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03504  sugar diacide regulator  32.41 
 
 		 168 aa  94.4  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26290  sugar diacid utilization regulator  31.3 
 
 		 360 aa  90.5  4e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.687043  normal  0.062078 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0792  hypothetical protein  24.87 
 
 		 364 aa  90.1  6e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.60027  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  26.6 
 
 		 547 aa  77  0.0000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  24.28 
 
 		 436 aa  76.6  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  24.34 
 
 		 388 aa  70.1  0.00000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  26.47 
 
 		 520 aa  63.5  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  25 
 
 		 555 aa  62.4  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  31.41 
 
 		 518 aa  62  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  33.08 
 
 		 537 aa  60.8  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  22.65 
 
 		 403 aa  60.8  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  22.22 
 
 		 350 aa  60.8  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2101  CdaR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 393 aa  59.7  0.00000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2904  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.02 
 
 		 269 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  34.96 
 
 		 404 aa  58.5  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  26.67 
 
 		 413 aa  57  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0789  putative transcriptional regulator, PucR family  27.78 
 
 		 421 aa  57  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.691092  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2723  putative transcriptional regulator, PucR family  32.28 
 
 		 429 aa  57.4  0.0000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  24.38 
 
 		 407 aa  57  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  37.84 
 
 		 520 aa  57  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 305 aa  57  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>