More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_4574 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 		 407 aa  821    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2331  transcriptional regulator, CdaR  33.75 
 
 		 406 aa  218  2e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2347  transcriptional regulator, CdaR  32.26 
 
 		 408 aa  209  6e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00870953  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2339  transcriptional regulator, CdaR  35.16 
 
 		 409 aa  192  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.46045  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 403 aa  183  5.0000000000000004e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  36.46 
 
 		 547 aa  157  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 553 aa  135  9.999999999999999e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  26.22 
 
 		 558 aa  131  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  26.32 
 
 		 413 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  26.75 
 
 		 525 aa  117  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  26.25 
 
 		 555 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  28.25 
 
 		 404 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 305 aa  108  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  27.25 
 
 		 525 aa  108  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  26.69 
 
 		 740 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  30.19 
 
 		 518 aa  98.2  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 563 aa  98.2  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  24.7 
 
 		 538 aa  95.5  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  23.54 
 
 		 562 aa  92  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 564 aa  89  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  26.19 
 
 		 388 aa  89  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  21.57 
 
 		 739 aa  88.2  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 537 aa  84.7  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20880  purine catabolism regulator-like protein  22.4 
 
 		 585 aa  82  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0170372 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  25.76 
 
 		 520 aa  81.3  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  36.3 
 
 		 404 aa  80.5  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1487  hypothetical protein  25.71 
 
 		 438 aa  79.7  0.00000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  23.74 
 
 		 436 aa  78.6  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1869  transcriptional regulator, PucR family  30.65 
 
 		 609 aa  77.8  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  31.87 
 
 		 412 aa  77  0.0000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  23.4 
 
 		 705 aa  76.3  0.0000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  22.9 
 
 		 601 aa  75.5  0.000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  26.16 
 
 		 376 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5254  putative transcriptional regulator, PucR family  26.42 
 
 		 415 aa  73.2  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4405  transcriptional regulator, CdaR  34.33 
 
 		 402 aa  73.6  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3511  putative transcriptional regulator, PucR family  32.1 
 
 		 411 aa  73.2  0.000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0431  putative PucR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 514 aa  72.4  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.517464  normal  0.914585 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1861  CdaR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 361 aa  72.8  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0198483  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  24.69 
 
 		 618 aa  72.4  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 659 aa  70.1  0.00000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  27.2 
 
 		 514 aa  70.1  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  30.71 
 
 		 364 aa  69.7  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  26.24 
 
 		 405 aa  69.3  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4050  putative carbohydrate diacid regulator  25.21 
 
 		 375 aa  69.3  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  28.72 
 
 		 371 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4083  putative carbohydrate diacid regulator  24.79 
 
 		 375 aa  68.6  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.329455 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.52 
 
 		 385 aa  67.8  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  26.52 
 
 		 385 aa  67.4  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0113  transcriptional regulator, CdaR  24.79 
 
 		 375 aa  67.8  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.33 
 
 		 385 aa  67  0.0000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  23.13 
 
 		 600 aa  67.4  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.47 
 
 		 385 aa  67  0.0000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 597 aa  66.6  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1306  CdaR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 515 aa  65.9  0.000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00277774  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0097  regulator of polyketide synthase expression-like  31.76 
 
 		 524 aa  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  31.67 
 
 		 520 aa  65.1  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  31.43 
 
 		 520 aa  65.5  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  23.28 
 
 		 616 aa  63.9  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  25.65 
 
 		 562 aa  64.3  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  32.12 
 
 		 385 aa  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  32.12 
 
 		 385 aa  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  32.12 
 
 		 385 aa  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3130  transcriptional regulator, CdaR  23.91 
 
 		 382 aa  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  32.12 
 
 		 376 aa  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  32.12 
 
 		 385 aa  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  32.39 
 
 		 442 aa  63.5  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  32.12 
 
 		 385 aa  63.5  0.000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  24.12 
 
 		 383 aa  63.2  0.000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3449  transcriptional regulator, CdaR  26.15 
 
 		 398 aa  62.8  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00146797  hitchhiker  0.00488503 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4740  transcriptional regulator, CdaR  25.33 
 
 		 515 aa  62.4  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2682  CdaR family transcriptional regulator  22.74 
 
 		 410 aa  62.8  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.250773 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.27 
 
 		 385 aa  62.8  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  31.39 
 
 		 385 aa  62.4  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  31.39 
 
 		 385 aa  62.4  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2290  transcriptional regulator, CdaR  30.34 
 
 		 403 aa  62.4  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0424892 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 410 aa  62  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  30.66 
 
 		 385 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2584  CdaR family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 410 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0253074 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  30.66 
 
 		 385 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  30.66 
 
 		 385 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  30.66 
 
 		 385 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4258  putative transcriptional regulator, PucR family  41.1 
 
 		 547 aa  62  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.484226  normal  0.267228 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  30.66 
 
 		 385 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2516  CdaR family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 410 aa  61.2  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.882452  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1607  transcriptional regulator, CdaR  23 
 
 		 413 aa  60.8  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0115925 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2205  putative transcriptional regulator, PucR family  29.81 
 
 		 505 aa  60.1  0.00000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0290612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2908  transcriptional regulator, CdaR  24.26 
 
 		 359 aa  60.1  0.00000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 477 aa  59.7  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  27.41 
 
 		 379 aa  59.7  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2770  transcriptional regulator, CdaR  22.67 
 
 		 413 aa  59.7  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0333515  hitchhiker  0.000000603935 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0388  purine catabolism PurC domain-containing protein  33.1 
 
 		 379 aa  59.7  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000701457  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3096  purine catabolism PurC domain-containing protein  31.72 
 
 		 480 aa  59.7  0.00000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.578802  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2555  PucR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 524 aa  59.3  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.13215  normal  0.819457 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2432  transcriptional regulator, CdaR  32.21 
 
 		 514 aa  59.3  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0322686 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0645  transcriptional regulator, CdaR  29.17 
 
 		 383 aa  58.9  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.867737 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1774  putative sugar diacid utilization regulator  27.34 
 
 		 407 aa  58.9  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2639  transcriptional regulator, CdaR  26.95 
 
 		 387 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2307  putative transcriptional regulator, PucR family  30.46 
 
 		 365 aa  58.5  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 390 aa  58.9  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2640  transcriptional regulator, CdaR  24.14 
 
 		 413 aa  58.5  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>