More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mvan_5765 on replicon NC_008726
Organism: Mycobacterium vanbaalenii PYR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  100 
 
 
553 aa  1071    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  41.69 
 
 
616 aa  323  5e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  32.33 
 
 
645 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  29.94 
 
 
627 aa  119  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  30.7 
 
 
665 aa  115  2.0000000000000002e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  32.17 
 
 
648 aa  115  3e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  30.42 
 
 
619 aa  113  1.0000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  27.8 
 
 
637 aa  108  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  30.73 
 
 
614 aa  104  3e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  29.76 
 
 
644 aa  104  4e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
563 aa  97.4  5e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  30.98 
 
 
639 aa  92.4  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  22.35 
 
 
553 aa  88.6  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  29.98 
 
 
647 aa  86.7  9e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  25.09 
 
 
705 aa  81.6  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1626  transcriptional regulator, CdaR  25.09 
 
 
413 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  24.51 
 
 
494 aa  77  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0764  putative transcriptional regulator, PucR family  30.83 
 
 
311 aa  76.3  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.829875  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  30.25 
 
 
477 aa  75.5  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  28.72 
 
 
520 aa  74.7  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  26.79 
 
 
537 aa  73.2  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  27.11 
 
 
525 aa  72.8  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  27.92 
 
 
525 aa  70.1  0.00000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  19.95 
 
 
555 aa  70.1  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  25.71 
 
 
403 aa  69.3  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  21.86 
 
 
650 aa  67.8  0.0000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  21.75 
 
 
597 aa  67.4  0.0000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0468789 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  24 
 
 
371 aa  65.9  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  29.75 
 
 
558 aa  65.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  24.17 
 
 
659 aa  64.7  0.000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  26.81 
 
 
305 aa  64.3  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3443  transcriptional regulator, CdaR  27.36 
 
 
741 aa  63.9  0.000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4288  transcriptional regulator, CdaR  43.96 
 
 
387 aa  63.5  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.743775  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1857  putative GAF sensor protein  26.04 
 
 
194 aa  63.9  0.000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  37.69 
 
 
505 aa  62.8  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  28.14 
 
 
601 aa  63.2  0.00000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  41.76 
 
 
552 aa  63.2  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2209  PucR family transcriptional regulator  28.89 
 
 
405 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.75848 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0204  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  25.95 
 
 
748 aa  62.4  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3188  hypothetical protein  29.7 
 
 
389 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295168  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00968  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  27.98 
 
 
748 aa  62  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4926  transcriptional regulator, CdaR  57.14 
 
 
395 aa  62  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.378586  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  42.31 
 
 
501 aa  61.6  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  24.16 
 
 
518 aa  62  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2528  PucR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
405 aa  60.8  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0819646  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2264  putative GAF sensor protein  23.27 
 
 
236 aa  60.8  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3391  putative PAS/PAC sensor protein  29.76 
 
 
1301 aa  60.5  0.00000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0258089  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0393  putative transcriptional regulator, PucR family  40.86 
 
 
418 aa  60.1  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.580173  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2479  putative phytochrome sensor protein  23.39 
 
 
189 aa  60.1  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004430  phosphocarrier protein kinase/phosphorylase nitrogen regulation associated  26.79 
 
 
748 aa  59.3  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000755885  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  32.89 
 
 
410 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  32.89 
 
 
410 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  24.02 
 
 
371 aa  58.9  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  32.89 
 
 
410 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  32.89 
 
 
410 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  32.89 
 
 
410 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  32.89 
 
 
410 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1388  transcriptional regulator, PucR family  40.57 
 
 
543 aa  58.9  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00311345 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3631  signal transduction histidine kinase  27.37 
 
 
666 aa  58.2  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281267  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0982  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  26.63 
 
 
748 aa  58.5  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152583  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  37.19 
 
 
486 aa  58.5  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  25.94 
 
 
564 aa  58.2  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  24.69 
 
 
538 aa  58.2  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0117  transcriptional regulator, CdaR  32.86 
 
 
411 aa  58.2  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.646192  normal  0.0132298 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1756  PTSINtr with GAF domain, PtsP  21.55 
 
 
781 aa  57.8  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0090097  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39770  putative regulatory protein  41.03 
 
 
515 aa  57.8  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  40.74 
 
 
404 aa  57.8  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3278  PucR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
405 aa  57.8  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.698814  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3271  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  27.22 
 
 
748 aa  57.8  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00557677  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2905  putative GAF sensor protein  22.97 
 
 
782 aa  57.8  0.0000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000121326  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1023  putative transcriptional regulator, PucR family  20.96 
 
 
518 aa  57.4  0.0000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0774134  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  25 
 
 
425 aa  57.4  0.0000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  32.84 
 
 
410 aa  57.4  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1034  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  26.63 
 
 
748 aa  57  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.320203  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  31.27 
 
 
514 aa  56.2  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2598  transcriptional regulator CdaR  31.39 
 
 
511 aa  56.2  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3747  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  24.54 
 
 
762 aa  56.2  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0123181  hitchhiker  0.00359985 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  28.34 
 
 
1629 aa  57  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  39.06 
 
 
353 aa  56.6  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  39.06 
 
 
353 aa  56.6  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4829  hypothetical protein  39.22 
 
 
286 aa  56.2  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.768669 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  24.84 
 
 
562 aa  56.6  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3240  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  26.51 
 
 
746 aa  56.6  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000481736  normal  0.153134 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3823  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  26.04 
 
 
748 aa  56.2  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00003425  normal  0.576063 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02677  fused PTS enzyme: PEP-protein phosphotransferase (enzyme I)/GAF domain containing protein  26.04 
 
 
748 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000782292  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0862  PTSINtr with GAF domain, PtsP  26.04 
 
 
748 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000264028  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3217  transcriptional regulator, CdaR  55.17 
 
 
431 aa  56.2  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0250091  normal  0.197749 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1382  transcriptional regulator, CdaR  42.39 
 
 
400 aa  55.8  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2975  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  26.04 
 
 
748 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000036967  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3866  transcriptional regulator, PucR family  34.31 
 
 
557 aa  56.2  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1201  metal dependent phosphohydrolase  30 
 
 
719 aa  55.5  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3033  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  26.04 
 
 
748 aa  55.8  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139862  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0886  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  26.04 
 
 
748 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000319257  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  16.74 
 
 
740 aa  55.8  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4095  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  26.04 
 
 
748 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000034293  normal  0.0472053 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2976  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  26.04 
 
 
748 aa  56.2  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000163219  decreased coverage  0.00191611 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3149  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  26.04 
 
 
748 aa  56.2  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000354225  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02638  hypothetical protein  26.04 
 
 
748 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000495879  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3106  transcriptional regulator, PucR family  27.34 
 
 
618 aa  55.5  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.411475  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0186  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.86 
 
 
857 aa  55.5  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>