More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4823 on replicon NC_008697
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  100 
 
 		 563 aa  1133    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  85.81 
 
 		 305 aa  521  1e-147  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4829  hypothetical protein  77.61 
 
 		 286 aa  419  1e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.768669 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  26.18 
 
 		 555 aa  134  5e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0046  transcriptional regulator, CdaR  31.93 
 
 		 665 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.541147  normal  0.0349089 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  31.07 
 
 		 645 aa  127  5e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  31.93 
 
 		 648 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  29.81 
 
 		 558 aa  122  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  30.32 
 
 		 619 aa  120  9e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 564 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  25.06 
 
 		 553 aa  111  3e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  30.28 
 
 		 637 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  27.83 
 
 		 627 aa  106  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  32.4 
 
 		 518 aa  106  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3051  hypothetical protein  23.61 
 
 		 740 aa  104  5e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  27.91 
 
 		 407 aa  98.2  4e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  27.23 
 
 		 553 aa  97.4  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  29.47 
 
 		 614 aa  97.4  7e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2278  putative transcriptional regulator, PucR family  22.14 
 
 		 739 aa  96.3  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  26.77 
 
 		 525 aa  94.7  3e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1796  transcriptional regulator, CdaR  28.69 
 
 		 644 aa  94  7e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.220013  hitchhiker  0.00020327 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  32.46 
 
 		 562 aa  93.6  8e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  30.73 
 
 		 647 aa  93.2  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  27.27 
 
 		 525 aa  91.3  5e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  35.58 
 
 		 405 aa  87.8  5e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5254  putative transcriptional regulator, PucR family  32.08 
 
 		 415 aa  86.7  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1380  CdaR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 403 aa  86.7  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000902469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  26.23 
 
 		 493 aa  86.3  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2232  PucR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 537 aa  85.9  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.129404 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.13 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2216  transcriptional regulator, PucR family  28.67 
 
 		 542 aa  84.7  0.000000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  28.41 
 
 		 410 aa  84  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1318  transcriptional regulator, PucR family  27.66 
 
 		 537 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000441454  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0778  transcriptional regulator, PucR family  28 
 
 		 425 aa  82.8  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0658648  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  28.8 
 
 		 385 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  29.09 
 
 		 410 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  29.09 
 
 		 410 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  28.8 
 
 		 385 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.8 
 
 		 385 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.8 
 
 		 376 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.8 
 
 		 385 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  29.09 
 
 		 410 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  29.09 
 
 		 410 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  29.09 
 
 		 410 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  29.09 
 
 		 410 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.16 
 
 		 385 aa  82  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.16 
 
 		 385 aa  82  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.16 
 
 		 385 aa  82  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.16 
 
 		 385 aa  81.3  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4866  CdaR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 466 aa  81.6  0.00000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.16 
 
 		 385 aa  81.3  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  28.48 
 
 		 385 aa  81.3  0.00000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  28.48 
 
 		 385 aa  81.3  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1896  transcriptional regulator, CdaR  30.79 
 
 		 434 aa  80.9  0.00000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.612834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3449  transcriptional regulator, CdaR  29.58 
 
 		 398 aa  80.9  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00146797  hitchhiker  0.00488503 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  35.94 
 
 		 616 aa  80.9  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.56 
 
 		 385 aa  80.1  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 552 aa  79  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5017  transcriptional regulator, PucR family  31.56 
 
 		 510 aa  79.3  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  21.84 
 
 		 562 aa  78.6  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1806  GAF domain-containing protein  28.3 
 
 		 639 aa  78.6  0.0000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4405  transcriptional regulator, CdaR  35.94 
 
 		 402 aa  78.2  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0545  transcriptional regulator, CdaR  27.83 
 
 		 547 aa  77.8  0.0000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2569  putative transcriptional regulator, PucR family  37.5 
 
 		 501 aa  77.4  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0873115  normal  0.990739 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0495  CdaR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 645 aa  76.3  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1742  transcriptional regulator, CdaR  32.59 
 
 		 520 aa  75.5  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.33 
 
 		 385 aa  74.7  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.33 
 
 		 385 aa  74.3  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0637  purine catabolism PurC domain-containing protein  27.62 
 
 		 486 aa  73.9  0.000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  26.95 
 
 		 705 aa  73.6  0.000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1633  purine catabolism PurC domain-containing protein  26.76 
 
 		 601 aa  73.6  0.000000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.154035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7392  putative transcriptional regulator, PucR family  29.39 
 
 		 362 aa  73.2  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1043  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.32 
 
 		 385 aa  73.6  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2205  putative transcriptional regulator, PucR family  34.97 
 
 		 505 aa  72.8  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0290612  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  29.1 
 
 		 385 aa  73.6  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0484  transcriptional regulator, CdaR  24.33 
 
 		 404 aa  73.6  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2516  transcriptional regulator CdaR  23.82 
 
 		 650 aa  73.2  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.664559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  29.58 
 
 		 514 aa  72.4  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  23.31 
 
 		 600 aa  72  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3295  purine catabolism PurC domain-containing protein  27.24 
 
 		 492 aa  71.6  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.159277 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3284  purine catabolism PurC-like protein  27.24 
 
 		 502 aa  71.2  0.00000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0796347  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4149  purine catabolism PurC domain-containing protein  34.69 
 
 		 509 aa  71.6  0.00000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3346  purine catabolism PurC domain-containing protein  27.24 
 
 		 492 aa  71.6  0.00000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.728632  normal  0.0930873 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4109  PucR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 477 aa  70.1  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.222567  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0431  putative PucR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 514 aa  70.1  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.517464  normal  0.914585 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2555  PucR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 524 aa  70.1  0.0000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.13215  normal  0.819457 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5712  putative transcriptional regulator, PucR family  26.63 
 
 		 537 aa  69.7  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.857659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1861  CdaR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 361 aa  69.7  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0198483  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  34.55 
 
 		 442 aa  69.7  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3188  hypothetical protein  26.2 
 
 		 389 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.295168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0495  transcriptional regulator, PucR family  29.86 
 
 		 492 aa  69.3  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.579171  normal  0.289183 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0388  purine catabolism PurC domain-containing protein  40 
 
 		 379 aa  69.3  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000701457  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2969  transcriptional regulator, CdaR  24.88 
 
 		 538 aa  68.9  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00320725  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2528  PucR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 405 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0819646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 390 aa  68.6  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4325  hypothetical protein  27.62 
 
 		 602 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0842061 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  27.39 
 
 		 554 aa  68.2  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6672  putative transcriptional regulator, PucR family  25.9 
 
 		 520 aa  67.8  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0255343  normal  0.214426 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1957  putative transcriptional regulator, PucR family  40.23 
 
 		 485 aa  67.4  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.665292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0740  hypothetical protein  33.93 
 
 		 399 aa  67  0.0000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000706323  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>