218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3970 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_3970  putative transcriptional regulator, PucR family  100 
 
 
406 aa  800    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00695384  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6696  putative transcriptional regulator, PucR family  38.11 
 
 
410 aa  233  5e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.944538  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2011  putative transcriptional regulator, PucR family  40.26 
 
 
408 aa  224  2e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5870  putative transcriptional regulator, PucR family  37.72 
 
 
402 aa  201  1.9999999999999998e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5004  putative transcriptional regulator, PucR family  36.54 
 
 
404 aa  179  5.999999999999999e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.351377  normal  0.990518 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23030  hypothetical protein  32.95 
 
 
418 aa  136  6.0000000000000005e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.131719 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1467  putative PucR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
408 aa  129  8.000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4680  putative transcriptional regulator, PucR family  34.04 
 
 
405 aa  124  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3032  putative transcriptional regulator, PucR family  32.6 
 
 
399 aa  118  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.173584  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3161  putative transcriptional regulator, PucR family  30.59 
 
 
414 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0100012  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0761  putative transcriptional regulator, PucR family  34.38 
 
 
400 aa  106  7e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7076  PucR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
421 aa  99  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1477  transcriptional regulator, CdaR  31.21 
 
 
422 aa  95.1  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0631045  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2802  Fis family transcriptional regulator  27.13 
 
 
384 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2769  putative transcriptional regulator, PucR family  29.13 
 
 
389 aa  76.6  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.245793  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1836  CdaR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
384 aa  74.7  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2612  putative PucR family transcriptional regulator  25.67 
 
 
462 aa  74.7  0.000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.164197 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  39.37 
 
 
558 aa  73.6  0.000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1274  putative transcriptional regulator, PucR family  27.33 
 
 
420 aa  69.7  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2218  PucR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
414 aa  67.8  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.025406  normal  0.163117 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5059  putative transcriptional regulator, PucR family  29.32 
 
 
395 aa  67.4  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09280  Fis family regulatory protein  25.25 
 
 
411 aa  63.9  0.000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.739433  normal  0.888606 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0936  hypothetical protein  39.29 
 
 
412 aa  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2411  putative transcriptional regulator, PucR family  26.45 
 
 
417 aa  63.2  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000974619  hitchhiker  0.000254155 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2075  hypothetical protein  37.36 
 
 
414 aa  63.2  0.000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.300029  normal  0.31372 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1657  hypothetical protein  31.44 
 
 
419 aa  62  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1876  putative transcriptional regulator, PucR family  37.78 
 
 
487 aa  60.1  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1003  PucR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
516 aa  59.3  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.481265  normal  0.280145 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4482  hypothetical protein  26.38 
 
 
389 aa  58.5  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.606872  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3342  putative transcriptional regulator, PucR family  53.06 
 
 
425 aa  58.2  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.455149  normal  0.209688 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1328  putative transcriptional regulator, PucR family  45.59 
 
 
393 aa  56.6  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2495  putative transcriptional regulator, PucR family  28.21 
 
 
399 aa  56.6  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.591683  normal  0.122494 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0851  putative carbohydrate diacid regulator  38.98 
 
 
353 aa  56.2  0.0000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0844  putative carbohydrate diacid regulator  38.98 
 
 
353 aa  56.2  0.0000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.171192  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2630  transcriptional regulator, PucR family  38.46 
 
 
528 aa  56.2  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0196857  normal  0.48093 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3509  putative transcriptional regulator, PucR family  54.17 
 
 
392 aa  55.8  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0117  transcriptional regulator, CdaR  26.09 
 
 
411 aa  55.8  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.646192  normal  0.0132298 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1305  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  40 
 
 
540 aa  56.2  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3619  PucR family transcriptional regulator  42.11 
 
 
408 aa  55.8  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000689812 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2412  hypothetical protein  42.86 
 
 
386 aa  55.1  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1111  hypothetical protein  39.56 
 
 
328 aa  55.1  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3284  putative transcriptional regulator, PucR family  36 
 
 
447 aa  55.5  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.946669  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1722  transcriptional regulator, PucR family  48.28 
 
 
502 aa  54.7  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4754  putative transcriptional regulator, PucR family  29.45 
 
 
416 aa  54.7  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1093  transcriptional regulator, CdaR  43.75 
 
 
428 aa  54.7  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10300  regulator of polyketide synthase expression  39.47 
 
 
413 aa  54.3  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.10355 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0602  DNA-binding protein  34.65 
 
 
410 aa  54.3  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.386136  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2223  transcriptional regulator, CdaR  40.62 
 
 
520 aa  54.3  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.14509  hitchhiker  0.000308823 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2334  DNA-binding protein  34.65 
 
 
410 aa  53.9  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0865  DNA-binding protein  34.65 
 
 
410 aa  54.3  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1119  putative purine catabolism transcriptional regulator  34.65 
 
 
410 aa  54.3  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1033  putative purine catabolism transcriptional regulator  34.65 
 
 
410 aa  53.9  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1832  putative purine catabolism transcriptional regulator  34.65 
 
 
410 aa  54.3  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00249141  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1333  transcriptional regulator, PucR family  39.13 
 
 
558 aa  54.3  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1640  DNA-binding protein  34.85 
 
 
410 aa  53.9  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0331425  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3753  hypothetical protein  41.79 
 
 
428 aa  53.9  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.144369  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8813  putative transcriptional regulator, PucR family  25.07 
 
 
417 aa  53.9  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.652147  normal  0.896825 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1808  putative transcriptional regulator, PucR family  40.48 
 
 
397 aa  53.9  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.583872  normal  0.0100346 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12271  hypothetical protein  42.19 
 
 
414 aa  53.5  0.000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000339947  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4395  transcriptional regulator, CdaR  26.54 
 
 
403 aa  53.5  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1203  hypothetical protein  41.03 
 
 
453 aa  53.1  0.000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000129823 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2307  putative transcriptional regulator, PucR family  40 
 
 
365 aa  53.1  0.000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0332  hypothetical protein  34.85 
 
 
379 aa  53.1  0.000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2052  putative transcriptional regulator, PucR family  49.12 
 
 
429 aa  52.4  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.171524  decreased coverage  0.00281905 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0042  purine catabolism PurC domain-containing protein  37.14 
 
 
459 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.250157 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2723  putative transcriptional regulator, PucR family  39.24 
 
 
429 aa  52.8  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  27.34 
 
 
493 aa  52.4  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3449  transcriptional regulator, CdaR  28.21 
 
 
398 aa  52.8  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00146797  hitchhiker  0.00488503 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4487  transcriptional regulator, CdaR  38.71 
 
 
458 aa  52.8  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.93269 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6547  CdaR family transcriptional regulator  24.19 
 
 
413 aa  52  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.362364 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4027  hypothetical protein  38.71 
 
 
554 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5287  CdaR family transcriptional regulator  41.79 
 
 
429 aa  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1991  CdaR family transcriptional regulator  34.44 
 
 
403 aa  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540017  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4102  hypothetical protein  38.71 
 
 
554 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.471493  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5376  CdaR family transcriptional regulator  41.79 
 
 
429 aa  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1854  purine catabolism PurC domain-containing protein  44.07 
 
 
501 aa  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.160669  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4257  hypothetical protein  38.71 
 
 
554 aa  52.4  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0586368 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5666  CdaR family transcriptional regulator  41.79 
 
 
429 aa  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0801  transcriptional regulator, CdaR  37.31 
 
 
454 aa  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.140313  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6808  putative transcriptional regulator, PucR family  45.61 
 
 
421 aa  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3770  transcriptional regulator, CdaR  28.07 
 
 
404 aa  51.6  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1795  helix-turn-helix, Fis-type  35.29 
 
 
519 aa  51.2  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3363  hypothetical protein  41.79 
 
 
428 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.20255  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3120  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  40.68 
 
 
418 aa  51.6  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.550646  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3793  putative transcriptional regulator, PucR family  28.4 
 
 
415 aa  51.2  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.254116  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3425  hypothetical protein  41.79 
 
 
428 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435185  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3374  hypothetical protein  41.79 
 
 
428 aa  51.6  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.238884  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3377  hypothetical protein  39.47 
 
 
473 aa  51.6  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.541372  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1035  PucR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
502 aa  51.2  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0689331 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13710  sugar diacid utilization regulator  30.68 
 
 
393 aa  51.2  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1957  putative transcriptional regulator, PucR family  45.16 
 
 
485 aa  51.6  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.665292  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000884  sugar diacid utilization regulator SdaR  27.54 
 
 
380 aa  51.2  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4185  transcriptional regulator, CdaR  26.58 
 
 
392 aa  51.2  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.848458 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23270  hypothetical protein  40.3 
 
 
430 aa  50.8  0.00004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06864  transcriptional regulator  37.5 
 
 
376 aa  50.8  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1514  putative transcriptional regulator, PucR family  47.37 
 
 
419 aa  50.8  0.00004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0197746 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3595  putative transcriptional regulator, PucR family  40.74 
 
 
529 aa  50.8  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.15656  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1869  transcriptional regulator, PucR family  32.85 
 
 
609 aa  50.4  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  22.22 
 
 
553 aa  50.4  0.00005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4527  hypothetical protein  45 
 
 
525 aa  50.4  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.354978  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>