106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1203 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1203  hypothetical protein  100 
 
 		 453 aa  937    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000129823 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1627  regulator of polyketide synthase expression  48.75 
 
 		 276 aa  150  5e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1808  putative transcriptional regulator, PucR family  44.12 
 
 		 397 aa  114  3e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.583872  normal  0.0100346 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2149  transcriptional regulator, CdaR  40.44 
 
 		 408 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09330  hypothetical protein  44.37 
 
 		 400 aa  107  4e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.484292  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3753  hypothetical protein  39.49 
 
 		 428 aa  104  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.144369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3363  hypothetical protein  37.58 
 
 		 428 aa  103  6e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.20255  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3425  hypothetical protein  37.58 
 
 		 428 aa  103  6e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3374  hypothetical protein  37.58 
 
 		 428 aa  103  6e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.238884  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2723  putative transcriptional regulator, PucR family  50.96 
 
 		 429 aa  102  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1972  hypothetical protein  43.8 
 
 		 373 aa  102  2e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10300  regulator of polyketide synthase expression  44.6 
 
 		 413 aa  102  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.10355 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14120  transcriptional regulator, CdaR family  45.38 
 
 		 397 aa  102  2e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.261126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3342  putative transcriptional regulator, PucR family  45.3 
 
 		 425 aa  101  3e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.455149  normal  0.209688 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1514  putative transcriptional regulator, PucR family  38.06 
 
 		 419 aa  101  3e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0197746 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2134  putative transcriptional regulator, PucR family  49 
 
 		 394 aa  101  3e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12271  hypothetical protein  37.97 
 
 		 414 aa  100  4e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000339947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2780  hypothetical protein  36.31 
 
 		 428 aa  100  6e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.311956  normal  0.906979 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2204  putative transcriptional regulator, PucR family  40.6 
 
 		 414 aa  99.4  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000832377 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1328  putative transcriptional regulator, PucR family  36.31 
 
 		 393 aa  99.8  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3509  putative transcriptional regulator, PucR family  38.85 
 
 		 392 aa  99.4  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2465  hypothetical protein  44.66 
 
 		 426 aa  97.1  6e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00557093  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3377  hypothetical protein  40.85 
 
 		 473 aa  97.1  6e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.541372  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2368  putative PucR family transcriptional regulator  46.73 
 
 		 425 aa  96.3  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00862332 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7053  transcriptional regulator, CdaR  28.03 
 
 		 404 aa  95.1  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259086  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2948  putative transcriptional regulator, PucR family  37.5 
 
 		 420 aa  93.2  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0167209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1642  putative transcriptional regulator, PucR family  34.15 
 
 		 393 aa  93.2  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.275459  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3619  PucR family transcriptional regulator  51.04 
 
 		 408 aa  92.4  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000689812 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2052  putative transcriptional regulator, PucR family  39.63 
 
 		 429 aa  91.3  3e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.171524  decreased coverage  0.00281905 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3120  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  41.67 
 
 		 418 aa  91.3  3e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.550646  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0879  hypothetical protein  46.15 
 
 		 384 aa  90.9  4e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0278062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6808  putative transcriptional regulator, PucR family  36.76 
 
 		 421 aa  86.7  8e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1991  CdaR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 403 aa  85.9  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540017  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1266  PucR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 479 aa  85.5  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.330502 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4807  putative transcriptional regulator, PucR family  42.73 
 
 		 386 aa  85.1  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.525155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3480  regulator of polyketide synthase expression-like  41.38 
 
 		 539 aa  84  0.000000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12040  transcriptional regulator, CdaR family  41.75 
 
 		 393 aa  79.3  0.0000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0292097  normal  0.187885 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2125  CdaR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 553 aa  56.2  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2051  PucR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 526 aa  55.8  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.4241 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3449  transcriptional regulator, CdaR  27.27 
 
 		 398 aa  55.5  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00146797  hitchhiker  0.00488503 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3970  putative transcriptional regulator, PucR family  41.03 
 
 		 406 aa  53.1  0.000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00695384  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  32.04 
 
 		 405 aa  52.4  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23280  hypothetical protein  35.44 
 
 		 512 aa  51.2  0.00004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.122242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 563 aa  50.8  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2867  transcriptional regulator, CdaR  21.53 
 
 		 407 aa  50.4  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0936  hypothetical protein  33 
 
 		 412 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1045  transcriptional regulator, CdaR  35.38 
 
 		 350 aa  49.7  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204704  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2967  transcriptional regulator, PucR family  41.79 
 
 		 486 aa  49.7  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2412  hypothetical protein  36.9 
 
 		 386 aa  48.9  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2653  hypothetical protein  25.7 
 
 		 313 aa  48.5  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  21.55 
 
 		 555 aa  49.3  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1394  transcriptional regulator, CdaR  46.55 
 
 		 393 aa  48.9  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.684667  hitchhiker  0.0014878 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1083  putative transcriptional regulator, PucR family  37.84 
 
 		 512 aa  48.5  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0393  putative transcriptional regulator, PucR family  28.47 
 
 		 418 aa  48.5  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.580173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2339  hypothetical protein  25.7 
 
 		 313 aa  48.5  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3610  transcriptional regulator, CdaR  21.72 
 
 		 362 aa  48.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5477  transcriptional regulator, CdaR  33.33 
 
 		 377 aa  48.5  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.116097  decreased coverage  0.00742174 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2535  transcriptional regulator, PucR family  28.89 
 
 		 505 aa  48.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.295371 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3378  purine catabolism PurC domain-containing protein  35.38 
 
 		 445 aa  47.8  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.264385  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3595  putative transcriptional regulator, PucR family  44.44 
 
 		 529 aa  47.8  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.15656  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2139  putative transcriptional regulator, PucR family  28.99 
 
 		 514 aa  47.8  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.351371 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5614  putative DNA-binding protein  45.28 
 
 		 515 aa  47  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.3289 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5234  putative DNA-binding protein  45.28 
 
 		 515 aa  47  0.0007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.198671  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5322  putative DNA-binding protein  45.28 
 
 		 515 aa  47  0.0007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.266784 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0761  putative transcriptional regulator, PucR family  26.38 
 
 		 400 aa  47  0.0007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8813  putative transcriptional regulator, PucR family  36.62 
 
 		 417 aa  46.6  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.652147  normal  0.896825 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1657  hypothetical protein  37.74 
 
 		 419 aa  46.6  0.0009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 305 aa  46.2  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4866  CdaR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 466 aa  46.2  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1019  transcriptional regulator, CdaR  30.09 
 
 		 371 aa  46.2  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3335  PucR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 517 aa  46.2  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3032  putative transcriptional regulator, PucR family  28.91 
 
 		 399 aa  46.2  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.173584  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4288  transcriptional regulator, CdaR  47.06 
 
 		 387 aa  46.2  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.743775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  29.67 
 
 		 637 aa  45.8  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1211  transcriptional regulator  27.43 
 
 		 371 aa  45.1  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1189  carbohydrate diacid regulator  27.43 
 
 		 371 aa  45.1  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 494 aa  45.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1310  transcriptional regulator  27.43 
 
 		 371 aa  45.1  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2522  hypothetical protein  31.75 
 
 		 616 aa  45.8  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5594  PucR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 410 aa  45.4  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1387  putative carbohydrate diacid regulator  27.43 
 
 		 371 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1802  transcriptional regulator, CdaR  21.32 
 
 		 364 aa  45.8  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000701672  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3379  putative transcriptional regulator, PucR family  29.41 
 
 		 412 aa  45.8  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.670117  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0117  transcriptional regulator, CdaR  26.96 
 
 		 411 aa  45.4  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.646192  normal  0.0132298 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1035  PucR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 502 aa  45.1  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0689331 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0193  CdaR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 429 aa  44.7  0.003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2703  transcriptional regulator, CdaR  39.62 
 
 		 383 aa  44.7  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.601624  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1957  putative transcriptional regulator, PucR family  38.03 
 
 		 485 aa  45.1  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.665292  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 552 aa  45.1  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  38.6 
 
 		 562 aa  44.3  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09280  Fis family regulatory protein  27.27 
 
 		 411 aa  44.3  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.739433  normal  0.888606 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2411  putative transcriptional regulator, PucR family  31 
 
 		 417 aa  44.7  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000974619  hitchhiker  0.000254155 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4527  hypothetical protein  41.67 
 
 		 525 aa  43.9  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.354978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3995  putative carbohydrate diacid regulator  28.32 
 
 		 371 aa  43.9  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.859873 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1213  transcriptional regulator, CdaR  32.76 
 
 		 371 aa  43.9  0.006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1349  putative carbohydrate diacid regulator  32.76 
 
 		 371 aa  43.9  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2908  transcriptional regulator, CdaR  32.81 
 
 		 359 aa  43.9  0.006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1191  carbohydrate diacid regulator  26.55 
 
 		 371 aa  43.5  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2346  regulator of polyketide synthase expression-like protein  25.62 
 
 		 681 aa  43.9  0.007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520289  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1305  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  40.43 
 
 		 540 aa  43.9  0.007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>