118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4866 on replicon NC_008697
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008697  Noca_4866  CdaR family transcriptional regulator  100 
 
 		 466 aa  920    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2867  transcriptional regulator, CdaR  54.2 
 
 		 407 aa  385  1e-106  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2940  transcriptional regulator, CdaR  46.23 
 
 		 405 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.837438  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1896  transcriptional regulator, CdaR  41.28 
 
 		 434 aa  234  3e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.612834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3449  transcriptional regulator, CdaR  42.28 
 
 		 398 aa  231  3e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00146797  hitchhiker  0.00488503 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7392  putative transcriptional regulator, PucR family  38.87 
 
 		 362 aa  194  4e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2051  PucR family transcriptional regulator  56.34 
 
 		 526 aa  152  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.4241 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4823  CdaR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 563 aa  86.3  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4831  CdaR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.558318 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1394  transcriptional regulator, CdaR  30.79 
 
 		 393 aa  73.6  0.000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.684667  hitchhiker  0.0014878 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1182  transcriptional regulator, CdaR  24.1 
 
 		 555 aa  72.8  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000261051  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0948  transcriptional regulator, CdaR  26.2 
 
 		 436 aa  71.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.640596  normal  0.171254 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0143  transcriptional regulator, CdaR  23.44 
 
 		 388 aa  71.2  0.00000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2204  putative transcriptional regulator, PucR family  42.16 
 
 		 414 aa  65.5  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000832377 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4574  transcriptional regulator, CdaR  29.73 
 
 		 407 aa  63.9  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.325044  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1808  putative transcriptional regulator, PucR family  41.35 
 
 		 397 aa  63.5  0.000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.583872  normal  0.0100346 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2465  hypothetical protein  40.38 
 
 		 426 aa  63.2  0.000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00557093  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0207  transcriptional regulator  25.56 
 
 		 558 aa  60.8  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000326759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5477  transcriptional regulator, CdaR  30.06 
 
 		 377 aa  60.8  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.116097  decreased coverage  0.00742174 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0174  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  23.61 
 
 		 385 aa  58.2  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0231  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  24.32 
 
 		 385 aa  58.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.982671 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0247  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  24.32 
 
 		 385 aa  58.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0233  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  24.32 
 
 		 385 aa  58.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0249  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  24.32 
 
 		 385 aa  58.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0230  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  24.32 
 
 		 385 aa  58.2  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5017  transcriptional regulator, PucR family  29.63 
 
 		 510 aa  57.8  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.147211 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2149  transcriptional regulator, CdaR  36.2 
 
 		 408 aa  57.8  0.0000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3621  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  22.92 
 
 		 384 aa  57.8  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0879  hypothetical protein  39.25 
 
 		 384 aa  56.2  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0278062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0172  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  23.26 
 
 		 385 aa  56.2  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1514  putative transcriptional regulator, PucR family  40.59 
 
 		 419 aa  56.6  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0197746 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00161  DNA-binding transcriptional activator  23.26 
 
 		 385 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2368  putative PucR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 425 aa  55.8  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00862332 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0589  hypothetical protein  34.19 
 
 		 408 aa  55.8  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12271  hypothetical protein  34.85 
 
 		 414 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000339947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0166  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  23.26 
 
 		 385 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0167  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  23.26 
 
 		 376 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00160  hypothetical protein  23.26 
 
 		 385 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3440  transcriptional regulator, CdaR  23.63 
 
 		 385 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3497  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  23.63 
 
 		 385 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1991  CdaR family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 403 aa  54.3  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.540017  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0702  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  23.97 
 
 		 385 aa  54.3  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2351  CdaR family transcriptional regulator  24.01 
 
 		 390 aa  53.5  0.000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000556727  normal  0.18392 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2017  CdaR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 564 aa  53.5  0.000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.294249  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6808  putative transcriptional regulator, PucR family  38.68 
 
 		 421 aa  53.5  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4754  putative transcriptional regulator, PucR family  33.07 
 
 		 416 aa  53.9  0.000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1323  transcriptional regulator, CdaR  34.75 
 
 		 554 aa  53.5  0.000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3185  transcriptional regulator, CdaR  30.23 
 
 		 518 aa  53.1  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.731568 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2804  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  27.24 
 
 		 385 aa  53.1  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3095  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.95 
 
 		 385 aa  52.8  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5661  CdaR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 494 aa  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3480  regulator of polyketide synthase expression-like  35.85 
 
 		 539 aa  52.4  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3342  putative transcriptional regulator, PucR family  39.42 
 
 		 425 aa  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.455149  normal  0.209688 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2347  transcriptional regulator, CdaR  21.9 
 
 		 408 aa  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00870953  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3120  Regulator of polyketide synthase expression- like protein  32.74 
 
 		 418 aa  52.4  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.550646  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1642  putative transcriptional regulator, PucR family  36.79 
 
 		 393 aa  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.275459  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14120  transcriptional regulator, CdaR family  35.51 
 
 		 397 aa  52.4  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.261126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7053  transcriptional regulator, CdaR  34.65 
 
 		 404 aa  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8813  putative transcriptional regulator, PucR family  34.27 
 
 		 417 aa  52.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.652147  normal  0.896825 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10300  regulator of polyketide synthase expression  39.18 
 
 		 413 aa  51.6  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.10355 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2134  putative transcriptional regulator, PucR family  40.22 
 
 		 394 aa  51.6  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1801  transcriptional regulator, PucR family  23.18 
 
 		 562 aa  51.2  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1182  carbohydrate diacid transcriptional activator CdaR  25.61 
 
 		 385 aa  50.8  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1266  PucR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 479 aa  50.4  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.330502 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09330  hypothetical protein  39.39 
 
 		 400 aa  50.8  0.00006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.484292  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7915  putative phytochrome sensor protein  29.76 
 
 		 647 aa  50.4  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1972  hypothetical protein  35.24 
 
 		 373 aa  50.4  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1328  putative transcriptional regulator, PucR family  38.61 
 
 		 393 aa  50.4  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  30.3 
 
 		 619 aa  50.1  0.00009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4276  CdaR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 552 aa  49.3  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.416478  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2331  transcriptional regulator, CdaR  22.65 
 
 		 406 aa  49.3  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1203  hypothetical protein  33.33 
 
 		 453 aa  48.9  0.0002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000129823 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0097  regulator of polyketide synthase expression-like  31.29 
 
 		 524 aa  48.9  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2205  putative transcriptional regulator, PucR family  27.61 
 
 		 505 aa  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0290612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5503  putative transcriptional regulator, PucR family  36.51 
 
 		 600 aa  48.5  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160149 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2052  putative transcriptional regulator, PucR family  38.32 
 
 		 429 aa  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.171524  decreased coverage  0.00281905 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2723  putative transcriptional regulator, PucR family  35.65 
 
 		 429 aa  47.8  0.0004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3963  putative transcriptional regulator, PucR family  32.35 
 
 		 429 aa  47.8  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3377  hypothetical protein  39.18 
 
 		 473 aa  47.4  0.0006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.541372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1388  transcriptional regulator, CdaR  36 
 
 		 493 aa  47.4  0.0006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4621  hypothetical protein  28.47 
 
 		 430 aa  47  0.0007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2592  carbohydrate diacid regulator (sugar diacid regulator)  24.71 
 
 		 381 aa  47  0.0007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2948  putative transcriptional regulator, PucR family  35.58 
 
 		 420 aa  47  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0167209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  40.26 
 
 		 637 aa  47  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3363  hypothetical protein  35.25 
 
 		 428 aa  45.8  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.20255  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1241  PucR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 552 aa  46.2  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0259232 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3425  hypothetical protein  35.25 
 
 		 428 aa  45.8  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.435185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  27.17 
 
 		 553 aa  46.2  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3374  hypothetical protein  35.25 
 
 		 428 aa  45.8  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.238884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0141  transcriptional regulator, CdaR  28.38 
 
 		 525 aa  46.6  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2800  transcriptional regulator, PucR family  27.44 
 
 		 478 aa  46.2  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125039 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12040  transcriptional regulator, CdaR family  33.33 
 
 		 393 aa  46.2  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0292097  normal  0.187885 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3341  transcriptional regulator, CdaR  31.41 
 
 		 442 aa  45.8  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  hitchhiker  0.00355427  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4807  putative transcriptional regulator, PucR family  33.66 
 
 		 386 aa  45.4  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.525155  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3284  putative transcriptional regulator, PucR family  30 
 
 		 447 aa  45.4  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.946669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3753  hypothetical protein  32.16 
 
 		 428 aa  45.4  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.144369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4407  putative GAF sensor protein  32.26 
 
 		 562 aa  45.8  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.543064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0390  transcriptional regulator, CdaR  27.7 
 
 		 525 aa  45.4  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292319 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1140  transcriptional regulator, CdaR  31.5 
 
 		 377 aa  45.8  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000252697 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2288  PucR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 597 aa  45.8  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0468789 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>